<div dir="ltr"><div>Hi Mathé,</div><div>Nice to hear that RTK is useful. I have CCed the RTK user mailing list, you'll probably have faster answers with it in the future. Luckily this time, I'm back from my annual leave today!</div><div>I bet the problem is the hard coded step length in the GPU ray casting. There's been an update since v2.7.0 to fix this issue</div><div><a href="https://github.com/RTKConsortium/RTK/commit/990ae96992529ca8f54abe4c1ab48e40950a8092">https://github.com/RTKConsortium/RTK/commit/990ae96992529ca8f54abe4c1ab48e40950a8092</a></div><div>See <a href="https://docs.openrtk.org/en/latest/documentation/docs/rtk_3_migration_guide.html#cuda-forward-ray-cast-step-size-default">https://docs.openrtk.org/en/latest/documentation/docs/rtk_3_migration_guide.html#cuda-forward-ray-cast-step-size-default</a>.</div><div>Can you try setting the --step option to 0.08 to see if it helps? This would be the new default of the new version.</div><div>I hope it helps,</div><div>Simon</div><div><br></div><div>PS: sorry about the --config, it's already been merged <a href="https://github.com/RTKConsortium/RTK/commit/d0f15386cbc1c89376753469eea23debcdf78a3f">https://github.com/RTKConsortium/RTK/commit/d0f15386cbc1c89376753469eea23debcdf78a3f</a>. The goal was to uniformize the Python and C++ applications. Will that be a big issue for you? If yes, please open an issue to trigger a conversation.</div></div><br><div class="gmail_quote gmail_quote_container"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Aug 17, 2026 at 1:51 PM Mathé Zeegers <<a href="mailto:M.Zeegers@milabs.com">M.Zeegers@milabs.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="msg1265020004409550929">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
Dear Simon Rit and/or other RTK developers,</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
I am writing you to ask for your suggestions as I am stuck with an RTK-related problem for a long time now. I am not sure if I have used the right e-mail address, so my apologies if I have not.</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
Since more than a year, I am working for MILabs as the X-ray CT developer.</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
For a long time, we have used RTK for GPU-based FDK reconstructions, and we have only used an SART in its CPU-based version. We are now looking into integrating (more) GPU-based iterative methods.</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
I have implemented a GPU-based version of CGLS using the templates from the RTK github repository (version 2.7.0, commit eb3fd5b). I use this in combination with ITK 5.7.0 and ITKCudaCommon 2.1.0. The problem that keeps coming up is that my reconstructions
 do not look at all like what they are supposed to look like with the GPU-based reconstruction. I have attached an image to this mail to clarify this.</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
In my reconstruction, I use 720 images with the default settings from the rtkprojectors_section.ggo file. The number of CGLS iterations is set to 30 and the voxel size is set to 0.08.</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
When I run CGLS with forward projector CudaRayCast and backprojector CudaRayCast, the result is very grainy and unsharp.</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
When I change the backprojector to CudaVoxelBased, the result initially looks better with a very low number of iterations, but with more iterations the reconstruction volume rapidly becomes very stripy and the details disappear as well. As a reference, I also
 ran the CPU reconstruction and the results look totally fine in this case.</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
I have tried to switch to the RTK implementation of SART/OSSART/SIRT, but I encounter the same problem there as well.</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
To double check, I have also used the ASTRA and TIGRE GPU-reconstructions and these give correct results. Still, I would like to get this GPU-reconstruction to run with RTK since in my opinion it is a more comprehensive toolbox, and the GPU reconstruction is
 much faster than the CPU reconstruction.</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
Do you know what the problem is here and how this can be resolved?</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
Please let me know if something is unclear or if additional information is required.</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
Thank you in advance.</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
Kind regards,</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
Mathé Zeegers</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0)">
PS: In the RTK v3 migration guide it is stated that the -config command-line option will be removed because it was not known to be used in practice. I would like to let you know that we actually use that feature very frequently.</div>
<div id="m_-6505260438397447093Signature">
<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:11pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<p style="margin:0cm;font-family:Aptos,sans-serif;font-size:12pt">
<span style="font-family:Verdana,sans-serif;font-size:10pt"><img width="157" height="76" style="width: 157px; height: 76px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" size="21780" src="cid:ii_1a00fc2f82dcb971f161"></span></p>
<p style="margin:0cm;font-family:Aptos,sans-serif;font-size:12pt">
<span style="font-family:Verdana,sans-serif;font-size:10pt"> </span></p>
<p style="margin:0cm;font-family:Aptos,sans-serif;font-size:12pt">
<span style="font-family:Verdana,sans-serif;font-size:10pt"><b>Mathé Zeegers</b></span></p>
<p style="margin:0cm;font-family:Aptos,sans-serif;font-size:12pt">
<span style="font-family:Verdana,sans-serif;font-size:10pt">Preclinical X-ray CT Specialist
</span></p>
<p style="margin:0cm;font-family:Aptos,sans-serif;font-size:12pt">
<span style="font-family:Verdana,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(0,110,119)"><a href="mailto:m.zeegers@milabs.com" id="m_-6505260438397447093OWAfac71517-beb2-1815-ab90-289ddb6d7ac7" style="color:rgb(0,110,119);margin-top:0px;margin-bottom:0px" target="_blank"><u>m.zeegers@milabs.com</u></a></span></p>
<p style="margin:0cm;font-family:Aptos,sans-serif;font-size:12pt">
<span style="font-family:Verdana,sans-serif"> </span></p>
<p style="margin:0cm;font-family:Aptos,sans-serif;font-size:12pt">
<span style="font-family:Verdana,sans-serif;font-size:8pt;color:rgb(102,102,102)">This message may contain confidential information and is intended exclusively for the addressee. If you receive this message unintentionally, please do not use the contents
 but notify the sender immediately by return e-mail. MILabs B.V. is a legal person by public law and is registered at the Chamber of Commerce for Midden-Nederland under no. 302.075.15.</span></p>
<p style="margin:0cm;font-family:Aptos,sans-serif;font-size:12pt">
 </p>
</div>
</div>

</div></blockquote></div>