<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div>I would suggest to open a draft PR on the <a href="https://vv.creatis.insa-lyon.fr/">GitHub repo</a> with your code to see if we can reproduce (and hopefully fix) the problem on Linux.</div><div>Cheers,</div><div>Simon</div></div><br><div class="gmail_quote gmail_quote_container"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Nov 13, 2025 at 8:32 AM Jerome Lesaint <<a href="mailto:lesaint.jerome@gmail.com">lesaint.jerome@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi all,</div><div>I am trying to add an Nexus/HDF5 file reader in vv but am struggling with the build configuration. The error I get at the end of the compilation is :</div><div><br></div><div>================<br>[100%] Linking CXX executable ../bin/<a href="http://vv.app/Contents/MacOS/vv" target="_blank">vv.app/Contents/MacOS/vv</a><br>Undefined symbols for architecture arm64:<br>  "_H5check_version", referenced from:<br>      rtk::NexusHdf5ImageIO::ReadImageInformation() in libclitkCommon.a[17](rtkNexusHdf5ImageIO.cxx.o)<br>      rtk::NexusHdf5ImageIO::CanReadFile(char const*) in libclitkCommon.a[17](rtkNexusHdf5ImageIO.cxx.o)<br>      rtk::NexusHdf5ImageIO::Read(void*) in libclitkCommon.a[17](rtkNexusHdf5ImageIO.cxx.o)<br>  "_H5open", referenced from:<br>      rtk::NexusHdf5ImageIO::ReadImageInformation() in libclitkCommon.a[17](rtkNexusHdf5ImageIO.cxx.o)<br>      rtk::NexusHdf5ImageIO::CanReadFile(char const*) in libclitkCommon.a[17](rtkNexusHdf5ImageIO.cxx.o)<br>      rtk::NexusHdf5ImageIO::Read(void*) in libclitkCommon.a[17](rtkNexusHdf5ImageIO.cxx.o)<br>  "H5::DSetAccPropList::DEFAULT", referenced from:<br>      rtk::NexusHdf5ImageIO::ReadImageInformation() in libclitkCommon.a[17](rtkNexusHdf5ImageIO.cxx.o)<br>      rtk::NexusHdf5ImageIO::ReadImageInformation() in libclitkCommon.a[17](rtkNexusHdf5ImageIO.cxx.o)<br>      rtk::NexusHdf5ImageIO::Read(void*) in libclitkCommon.a[17](rtkNexusHdf5ImageIO.cxx.o)<br>  "H5::FileAccPropList::DEFAULT", referenced from:<br>      rtk::NexusHdf5ImageIO::ReadImageInformation() in libclitkCommon.a[17](rtkNexusHdf5ImageIO.cxx.o)<br>      rtk::NexusHdf5ImageIO::CanReadFile(char const*) in libclitkCommon.a[17](rtkNexusHdf5ImageIO.cxx.o)<br>      rtk::NexusHdf5ImageIO::Read(void*) in libclitkCommon.a[17](rtkNexusHdf5ImageIO.cxx.o)<br>  "H5::FileCreatPropList::DEFAULT", referenced from:<br>      rtk::NexusHdf5ImageIO::ReadImageInformation() in libclitkCommon.a[17](rtkNexusHdf5ImageIO.cxx.o)<br>      rtk::NexusHdf5ImageIO::CanReadFile(char const*) in libclitkCommon.a[17](rtkNexusHdf5ImageIO.cxx.o)<br>      rtk::NexusHdf5ImageIO::Read(void*) in libclitkCommon.a[17](rtkNexusHdf5ImageIO.cxx.o)<br>  "H5::DSetMemXferPropList::DEFAULT", referenced from:<br>      rtk::NexusHdf5ImageIO::ReadImageInformation() in libclitkCommon.a[17](rtkNexusHdf5ImageIO.cxx.o)<br>      rtk::NexusHdf5ImageIO::ReadImageInformation() in libclitkCommon.a[17](rtkNexusHdf5ImageIO.cxx.o)<br>      rtk::NexusHdf5ImageIO::Read(void*) in libclitkCommon.a[17](rtkNexusHdf5ImageIO.cxx.o)<br>  "H5::PredType::NATIVE_FLOAT", referenced from:<br>      rtk::NexusHdf5ImageIO::ReadImageInformation() in libclitkCommon.a[17](rtkNexusHdf5ImageIO.cxx.o)<br>      rtk::NexusHdf5ImageIO::ReadImageInformation() in libclitkCommon.a[17](rtkNexusHdf5ImageIO.cxx.o)<br>ld: symbol(s) not found for architecture arm64<br>clang++: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)<br>make[2]: *** [bin/<a href="http://vv.app/Contents/MacOS/vv" target="_blank">vv.app/Contents/MacOS/vv</a>] Error 1<br>make[1]: *** [vv/CMakeFiles/vv.dir/all] Error 2</div><div>===========</div><div><br></div><div>What I've done :</div><div>- added files common/rtkNexusHdf5ImageIO.cxx(and .h) and common/rtkNexusHdf5ImageIOFactory.cxx( and .h)</div><div>- added #include <H5Cpp.h> in the common/rtkNexusHdf5ImageIO.h</div><div>- updated clitkIO.cxx and (root) CMakeLists.txt.</div><div><br></div><div>If I run `file /opt/homebrew/opt/hdf5/lib/libhdf5_cpp.dylib`, I get `/opt/homebrew/opt/hdf5/lib/libhdf5_cpp.dylib: Mach-O 64-bit dynamically linked shared library arm64`.</div><div><br></div><div>I guess the ITK - HDF5 installation interferes badly somewhere, but cannot figure it out properly.</div><div>Any help would be much appreciated.</div><div>Thanks in advance,</div><div>Jerome</div><div><br></div></div>
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