3ème VIP Workshop du 21 novembre 2017

Présents : Laurent Mahieu-Williame, Pascal Girard, Olivier Bernard, Fred Cervenansky, Claire Mouton, François Varray, Carole Lartizian, Thomas Baudier, Maryam Hammami, Sofiane Dhouib, Noëlie Debs, Anchen Chai, Hélène Ratiney, Thomas Grenier, , Michaël Sdika, Sorina Pop

I. Introduction et nouvelles de VIP - données par Sorina Pop (voir présentation attachée)

II. Tour de table

Laurent Mahieu-Williame
-> Travaille sur la plateforme pilot
-> A devéloppé un outil de caracterisation RF IRM (efficacité d'un IRM)
	-> étude multicentrique : 14 centres en France
-> Attentes en lien avec VIP : lien VIP avec Shanoir et Archimed
-> Contact avec Jean-Marie Verret (REMI) : intégration d'autres outils qui necessiteraient des interfaces graphiques

Pascal Girard
-> ingénieur VIP, en poste au CITI depuis le 13 novembre

Olivier Bernard
-> Utilisation VIP : Field et Odin -> simu réaliste cardiaque 
-> Attentes : continuer sur la simu pour intégrer le flux sanguin

Fred Cervenansky
-> entrepots de données
-> lier de manière intéligente Girder et VIP
-> intégrer des applis dans VIP

Claire Mouton
-> compil de Gate sur VIP

François Varray
-> a utilisé VIP pour école d'été PRIMES 
-> Attentes : GPU, interaction avec des BD

Carole Lartizian
-> implication initiale dans l'ANR VIP
-> valoriser le travail de thèse de Zara (deep learning)
	-> syst d'aide au diagnostic	
	-> cas d'étude (demonstrateur) : un medecin pousserait une image dans Girder et la traiterait dans VIP 
-> sujet de stage déposé
-> financement 6 moins ingé à la suite de la thèse de Zara
	
Thomas Baudier
-> ingénieur au CLB
-> premiers tests de VIP pour GATE SPECT n'ont pas été concluents
-> utilisation du CC IN2P3 pour GATE
-> travaille sur un viewer JS (présentation à prévoir quand ça sera plus avancé) 

Maryam Hammami
-> travaille sur la segmentation
-> intérêt pour le Big Data, Hadoop

Sofiane Dhouib
-> simularity and transfer learning

Noëlie Debs
-> utilisation du simulateur de Mathilde qui a été porté dans VIP	
	-> parallelisation sur les params -> à voir avec Sorina

Anchen Chai
-> Doctorant Labex Primes WP5
-> thèse sur la simulation de l'exécution distribuée des applications d'imagerie médicale à travers VIP

Hélène Ratiney
-> souhaite intégrer dans VIP une méthode de quatification de signaux de spéctroscopie
-> api client pour lancer le calcul ou client JS
-> ODIN -> imagerie spectroscopique
-> technique de controle optimale -> IRM de diffusion -> temps très long (une semaine) -> parallelisable ?
-> retour sur l'appli SuperRésolution : pb de délai ?

Thomas Grenier
-> Lien avec les BD
-> Software as a Service
-> GPU pourquoi pas ?

Michaël Sdika
-> possibilités GPU (deep learning)


III. Présentations courtes
Fred Cervenansky : Girder
-> plug-ins accessibles
-> server Python CherryPy
-> MongoDB
-> un stagiaire pour travailleur sur le lien Girder - VIP

Olivier Bernard : 
-> Ecole d'hiver
	-> projet Cardiofunxion : https://www.upf.edu/web/cardiofunxion/-/cardiofunxion-winter-school-2018-19-22-feb-?inheritRedirect=true&redirect=%2Fweb%2Fcardiofunxion%2Fnews#.WhPskmdm-1k
	-> une semaine à partir du 19 fev
-> Simulation 
	-> IRM ODIN + Field US
	-> Simulateur de Damien Garcia à intégrer (plusiuers versions envisageables: distribuables ou GPU-based)
	
IV. Discussions
-> demande de présentation + TD/TP  de VIP + girder + import applis : TODO Sorina refaire un point début mars
-> Todo Sorina : rédiger sujet stage sur l'interfacage VIP - Girder
-> TODO all : ne pas hésiter à contacter vip-support@creatis.insa-lyon.fr pour toute question relative à VIP (on peut construire les conteneurs Docker ensemble :-) )
-> TODO all : vérifier si son adresse email est sur la liste https://www.creatis.insa-lyon.fr/logs/mailman/transverse-vip . Si ce n'est pas le cas, demander l'enregistrement à Florine (avec Sorina en copie)