CR workshop VIP du 27 juin 2022

Présents : Olivier Bernard, Frédéric Cervenansky, Philippe Delachartre, Hélène Ratiney, Morgane Des Ligneris, Alexandre Cornier, Axel Bonnet, Gaël Vila, Sorina Pop
Présents en visio : François Varray, Antoine Fraissenon, Laurent Mahieu-Williame, Sandesh Patil

Ordre du jour
- Tour de table (10')
- Courte introduction et nouvelles de VIP, par Sorina Pop (10')
- Exécution des pipelines d'analyse disponibles dans VIP depuis l'outil de gestion de données Girder, par Axel Bonnet (20')
- Projet ReproVIP, par Gaël Vila (20')
- Reproductibilité avec VIP dans le cadre de segmentation de tumeurs de la base du crâne, par Morgane Des Ligneris (20')
- Table ronde et discussions : comment est-ce que VIP peut vous aider dans la reproductibilité de vos travaux scientifiques ? (30')
- Divers (10')

Discussions
Au sujet du lancement des pipelines depuis Girder
- il serait intéressant de pouvoir le faire sur toute une série de fichiers en entrée (avec eventuellement le placement des résultats au même niveau que les entrées)
- plusiures personnes seraient inetréssées par cette fonctionalité, à étudier rapidement
Au sujet de ReproVIP
- quelles limitations de l'approche proposée ?
- y réfléchir par rapport à l'application
- pour la segmentation, nous pourrions prendre en compte la variabilité des experts
Au sujet du Hackathon 
- prendre un exemple concret et expliquer en quoi consisterait le travail d'intégration dans VIP ; présentation de Nolann prévue au prochain workshop
Au sujet des tutoriaux VIP avec des applications dévéloppées à Creatis
- que peut-on proposer de concret ?
- l'intégration des applications dans VIP et leur mise à disposition en mode public ou privé
- pour les applications "deep learning", il est de plus en plus courant (voire requis ? ) de mettre le code sur github. Un lien vers l'application déployée dans VIP pourrait être un plus
- le déploiement sur VIP aurait plusiures avantages : garantir un certain niveau de reproductibilité, avoir accès à l'application en tant que service (pas besoin d'installation) et avoir accès aux ressources de calcul
Au sujet de la mise en valeur de l'apport d'un algo publié (Antoine)
- serait-il possible d'intégrer dans VIP des applications du type de celle montrée pour le calcul de l'age osseux ? Le but serait de montrer l'apport d'un algo publié et permettre aux medecins de le tester facilement/rapidement
- techniquement cela semble possible, mais cela risque de poser problème au niveau de la confidentialité des données, car les médecins risqueraient d'utiliser des données patient qui ne devraient pas transiter sur VIP
- il faudrait privilégier une solution type JavaScript pour faire les calcul en local (et éviter les transferts des données)
Au sujet des paramètres définis dans des fichiers de configuration
- il serait intéressant de pouvoir les exposer/modifier à travers le formulaire de soumission VIP. 
- à première vue, cela pourrait se faire au cas par cas, en les définissant comme entrées dans le descripteurs Boutiques
- Hélène se demande s'il n'y a pas un moyen plus générique ; à discuter/réfléchir
Philippe pense que les fonctionalités démontrés (surtout les exécutions depuis Girder) pourraient intéresser plusiurs collègues médecins. Plusiuers comptes VIP pourraient être créés prochainement sur VIP (sans aucun problème :-)) 
olivier évoque un pojet qui nécessiterait de réaliser un très grand nombre de simulations réalistes à partir des séquences ultrason (avec le simulateur de Damien Garcia). Le travail préparatoire devrait avoir lieu entre septembre et décembre 2022. Il y aurait plusiures applications à intégrer et faire tourner dans VIP (post-traitement et simulation).

Actions :
Sorina/Axel : étudier rapidement la possibilité de lancer des traitements sur une série de fichiers en entrée depuis Girder 
Sorina/Hélène : prendre rdv avec Benjamin pour leur application en radiomique (portage sur VIP + exécution sur série de fichiers)
Sorina : prévoir une présentation VIP lors d'un prochain Club des developpeurs
Sorina/Axel : réfléchir à une solution générique qui permettrait l'exposition/modification des paramètres définis à l'intérieur d'un fichier de paramètres
Olivier : revenir vers l'équipe VIP dès que le travail préparatoire pour les simulations peut commencer