8ème VIP Workshop du 16 Novembre 2020 Presents : Carole Frindel, Tiphaine Diot, Frédéric Cervenansky, Axel Bonner, Hélène Ratiney, Laurent Mahieu-Williame, Alexandre Bani-Sadr, Nicolas Pinon, Olivier, Beuf, Carole Lartizien, Odyssée Merveille, Antoine Naegel (à confirmer), Sorina Pop Programme Courte introduction (Sorina Pop) Tour de table, présentation des attentes de chacun (tous) Préparation de données "images" pour la prédiction de la lésion finale en AVC (Carole Frindel) Quelques outils pour la neuro (Carole Lartizien) Suivi par IRM multiparamétrique sur un modèle animal des phases de démyelinisation/remyelinisation :  les besoins en traitement d'images et applications potentielles sur VIP (Hélène Ratiney) Science reproductible et l’exemple ReproNim pour la neuro (Sorina Pop) Discussions et conclusions Tour de table rapide Carole Frindel : MC INSA, neuro imagerie, machine learning, IRM de diffusion et perfusion Carole Lartizien : CR Creatis, eq MYRIAN, pour le diagnostique et prognostique, imagerie cancer et neuro, appli epilepsie et coma Tiphaine Diot : projet transverse COVID, partage des algos Hélène Ratiney : CR CNRS, eq MAGICS, developpements de méthodes en IRM et spectro pour +eurs applis : neuro (IRM 11T), applis lipides et nvelles séquences IRM Laurent Mahieu-Williame : IR plateforme PILOT, soutien realisation manips et données optiques et IRM Olivier Beuf : DR CNRS, directeur Creatis, recherche IRM clinique ou pas cliniques,présent pour suivre les activités plateforme VIP Nicolas Pinon : thèse avec Carole L, s'intéresse à la detection de très petites lésions Alexandre BENI-SADR : medecin et en 2ème année de thèse à Creatis Frédéric Cervenansky : IR Creatis, responsable du service info-dev, intervient dans VIP et la gestion de données Odyssée Merveille : MC Creatis, travaille sur l'anayse des reseaux vasculaires cerebraux Axel Bonnet : IR VIP Sorina POP : IR CNRS, responsable VIP Carole F : Données images pour la prédiction en AVC - retrouver la lesion finale entourée par les experts (vérité terrain), segmentée sur une IRM de type FLAIR, environ 7 jours après l'admission - à l'admission, on a d'autres images IRM : perfusion (cartographies temporelles), diffusion (analysées par rapport à l'ADC) - pour faire la prédection : modèle d'apprentissage automatique Etapes - extraction de la boite cranienne sur différentes modalités IRM avec des outils tels que FSL BET et HD-BET - FSL à reimporter dans VIP ? - importer eventuellement HD-BET - segmentation des tissus - FSL FAST et Freesurfer - recalage en aigu (H0) - FSL FLIRT et ANTS - recalage longitudinal (non linéaire, possibles déformations) et sur atlas - FSL FNIRT - ANTS Carole Lartizien Objectifs du projet présente : à partir des IRMs FLAIR et T1, détécter des petites lésions (imagerie diagnostique) résponsables de crises d'épilepsie - régions pas visibles à l'oeil nu - préprocessing (normalisation) - approche : modèle de détection d'anomalie, le modèle est entrainé sur une base de patients sains, ensuite on détécte pour chaque pixel s'il appartient à un classe "sain" ou pas - même étapes que dans la présentation de Carole F, mais pas d'extraction de la boîte cranienne - recalage de toutes les images sur la T1 - des fonctions SPM (avec des paramètrs codés en dur) equivalentes aux outils FSL présentés par Carole F - besoins : apporter de la modularité aux outils SPM existants + mutualiser Hélène Ratiney Présentation du projet qui vient d'être financé sur la Sclerose en plaques (SEP) - modèle animal dev par F Chauveau - tester de nouvelles seq d'acqusition IRM 11T et des marqueurs, suivi sur 6 mois des animaux - protocole IRM - DTI in et ex-vivo - beaucoup d'animaux à traiter -> automatiser les traitements, sortir des analyses statistiques -> participation à la mise en place des pipelines - travail sur Mrtrix3 (avec Denis Grenier) - echanges avec des colègues de Strasbourg ayant suggeré plusiures outils : - conversion de format (dicomifier) - extraction de cerveau : FSL BET ou HDBET, bien adapté au cerveau humain, alors que celui du rat est plus allongé - correction de mouvement et recalage : FSL Flirt et ANTs - spectroscopie : voxels très grossiers (FSL FAST et SPM) - reprendre un atlas de souris, segmenter les structures cérébrale et redonner le % de cortex, ventricules, etc pour une analyse plus propre - en résumé : même outils adaptés aux spécificités du petit animal Sorina Pop Présentation rapide du thème de la reproductilibilté, avec l'example du projet ReproNim Différents termes pour différents niveaux de reproductibilité. 2 identifiés ici : - reproduire les résultats numériques (bit à bit) d'une même appli (même ou différentes versions) sur un même set de données - reproduire les conslusion scietifiques d'une étude menée sur un même jeu de données, mais avec des applications potentiellement différentes Réfléxion en cours pour la soumission d'un projet ANR JCJC ayant comme but : - d'évaluer (définition de métriques) la reproductibilité dans le 1er cas évoqué ci-dessous ; intérêt et challenge d'autant plus important sur VIP, qui utilise des ressources de calcul hétérogènes et distribuées - intégrer des outils permettant d'évaluer et de favoriser la reproductibilité de manière quasi transparente dans VIP Discussions Carole F évoque le groupe de travail neuro imagerie - réunions tous les 2 mois, prochaine au mois de janvier - Sorina propose que un des membres VIP participe à la prochaine réunion Quelles étapes/actions pour avancer - Carole L : la 1ère étape serait de référencer/lister les outils qui existent et en choisir les plus pertinents/parametrables - FSL et Freesurfer identifiés au début par Tristan ; facilité par rapport à l'usage de scripting Carole L évoque le projet ANR en cours de rédaction par M Dojat - Creatis en est au courant depuis peu et sera un des partenaires du projet ANR porté par Michel Dojat - quid des liens avec FLI-IAM groupe petit animal <=> SAIN ? - Sorina propose d'inviter M Dojat ou quelqu'un d'autre du groupe FLI-IAM petit animal pour une intervention dans un prochain workshop VIP afin de présenter les outils déjà intégrés Hélène évoque une certaine difficulté à trouver dans VIP les outils adaptés/pertinents aux besoins - page assez austère - elle propose d'y associer quelque chose de plus pictural pour y intégrer des examples d'utilisation - Sorina propose un hackathon à prévoir fin janvier/début février 2021 - en plus de ce besoin de documenter les applis et leur usage, il faudra identifiér les besoins, les temps HM et les profis nécessaires/visés, projets possibles pour financement => définir de manière plus précise le but du hackathon fin janvier, en fonction des retours de la réunion du groupe neuro et du démarrage de projet d'Hélène Projet reproductibilité : ANR JCJC - Olivier : noter le lien possible avec la reprod de l'acquisition - Carole L - comment se positionner par rapport aux travaux de C Maumet ; réponse Sorina : nous serons complémentaires, avec un focus sur la reproductibilité numérique - l'utilisation/comparaison de ces outils prend du temps ; comment financer la personne chargée de ce travail ? Réponse Sorina : par l'accumulation de plusiuers projets (à présent, seul EGI ACE est accepté) et un arbitrage global, discussions à poursuivre lors du hackathon Actions - Sorina envoie le CR et attend les retours des participants avant la fin de la semaine afin de le mettre ensuite sur la page web de la plateforme (https://www.creatis.insa-lyon.fr/site7/fr/vip) - Sorina travaille sur une proposition de projet ANR JCJC, qu'elle partagera avec Carole F, Carole L et Héléne ; si vous êtes intéressé d'y partciper, merci de vous manifester auprès de Sorina - Carole F met Sorina, Fred et Axel dans la boucle pour l'organisation de la prochaine réunion du groupe de travail neuro, afin que l'un d'entre eux puisse y participer - suite à cette réunion, Sorina organise un hackathon, dont la date et les objectifs exacts restent à définir