9ème VIP Workshop du 7 Juin 2021

Presents : Guillaume Vanel, Axel Bonnet, Frédéric Cervenansky, Gaulthier Martin, Hélène Ratiney, Laurent Mahieu-Williame, Elisabeth Brusseau, Sorina Pop, Michaël Sdika

Programme

- Courte introduction et nouvelles de VIP, par Sorina Pop
- MicroVIP : simulateur de microscopie sur VIP, par Guillaume Vanel
- Intégration dans VIP d'une pipeline de préprocessing pour la neuro, par Axel Bonnet
- Tour de table et discussions

Présentation Sorina
- pas de questions

Présentation Guillaume
- question RH - différentes couleurs : pas encore implémenté
- question sur l'utilisation de microVIP par les participants au tuto ISBI et les partenaires PROCHIP
	- à suivre et renforcer
- question sur la possibilité de pousser les images produites sur Girder ; Guillaume se renseigne auprès de Carole

Présentation Axel
- question sur la possibilité de traiter toute une base de données (eg, 1000 patients) à la fois
	- un répértoire par patient (avec 3 images dans le répértoire) ; chque répertoire peut être traité indépendamment
	- possible, à discuter et définir
- T1/T2/FLAIR
	- sur d'autres bases on peut avoir que 2 images sur les 3
- attention, le pipeline actuel n'est pas compatible avec des images de diffusion/perfusion (cela peut concerner Carole)
- Hélène aurait peut-être un beta-testeur en décembre (collaboration avec un psychiatre)
- Remarque Fred usage des données : contrat à mettre en place avec le fournisseur de calcul
	- Fred/Michaël nous tiennent au courant du contrat mis en place avec Jean Zay
	- Sorina se rapprochera ensuite d'EGI pour voir si on peut l'intégrer dans la SLA biomed
	- pas de contrat à mettre en place pour le traitement des images "libres"/publiques ou produites par Creatis 
	- pour l'instant, le pipeline tourne sur les serveurs de Creatis, donc aucun problème vis à vis des données
- pour l'instant, le pipeline tourne sur CPU (la seule partie qui necessiterait du GPU est HDBET, mais il y a un flag qui permet l'utilisation du CPU)	
	
	
Tour de table

Gaulthier 
- en stage VIP ; déploiement continu sur plusieurs environements

Hélène
- thèse d'Antoine : il a tout automatisé, mais il y a encore le phasage automatique à finaliser 
	- Ces traitements pourraient profiter à plusieurs projets en recherche clinique sur le muscle squelettique portés par Pierre et Magalie sur le CHUSE.
- l'étude neuro sur le préclinique commence ; protocole finale arrêté le 20 mai 2021
	- traitement pas encore défini ; surement de la segmentation, de la diffusion et de la spectroscopie
	- les données seront sur Girder
	
Laurent 
- travaille sur un programme automatique pour pousser les données sur Girder
	- finalisation d'ici fin juin
	- le proposera à Hélène qui en est intéressée
- content de voir l'interface Girder-VIP

Fred
- VIP et GPU
	- pas de use-case récent défini à Creatis
	- mais usage de GPUs prévu pour le challenge MSSEG2
- possibilité d'utiliser le cluster

Michaël
- pas beaucoup de place sur le cluster du labo
- pas dans une optique de lancer trop de choses pour controler/limiter l'usage
- avec pythorch, il faut prévoir (quelques lignes de code supplémentaires) si on veut faire l'entraienment sur GPU et le test sur CPU

Guillaume
- souci de transfert d'un grand nombre de fichiers en cours de résolution avec l'équipe VIP


Actions
- poursuivre avec les actions évoquées dans les présentations et discussions
- organisation du hackathon à discuter au prochain workshop
- prochain workshop à prévoir en novembre