·Peer reviewed journal papers
[J-16] Germain C., Breton V., Clarysse P., Gaudeau
Y., Glatard T., Jeannot E., Legré Y., Loomis C., Montagnat J., Moureaux
J-M., Osorio A., Pennec X., Texier R., Grid-enabling medical image analysis, Journal
of Clinical Monitoring and Computing, Special Issue, A paraitre.
[J-15] P. Clarysse, F.
Frouin, M. Garreau, A. Lalande, J. Rousseau, D. Sarrut, and C. Vasseur,
"Intégration de Connaissances et Modélisation en Imagerie
Médicale," Innovations et Technologies en Biologie et
Médecine - RBM, 25(3), pp. 139-149, 2004
[J-14] Mäkelä T., Pham Q-C, Clarysse P.,
Nenonen J., Lötjönen J., Sipilä O., Hänninen H., Lauerma
K., Knutti J., Katila T., Magnin I.E. A 3D model-based registration approach
for the PET, MR and MCG cardiac data fusion, Medical Image Analysis, Vol. 7, N° 3 , pp. 377-389, September 2003.
[J-13] Clarysse P., Han M.,
Croisille P., Magnin I. E., Exploratory analysis of the spatio-temporal
deformation of the myocardium during systole from tagged MRI, IEEE Trans. Biomed.
[J-12] Mäkelä,
T., Sipilä, O, Clarysse, P., Pauna, N., Pham, Q-C., Katila, T.,
Magnin, I.E. A review of cardiac registration methods, IEEE Trans. Med. Imaging., Vol. 21,
N° 9, September 2002
[J-11] Clarysse P., Basset C.,
Khouas L., Croisille P., Friboulet D., Odet C. and Magnin I.E. (2000) 2D
spatial and temporal displacement and
deformation field fitting from cardiac MR tagging. Medical
Image Analysis, 4, pp. 253-268, 2000.
[J-10] Verhnet, H., Revel D.,
Arteaga C., Clarysse P., Sottilini F., Roux J.P., Canet E., Predictive
value of regional left ventricular circumferential shortening in jeopardized
myocardium : a 2D SPAMM Cine-MR imaging study in a canine model, Invest Radiol,
Vol. 34, N° 10, pp. 621-628, 1999.
[J-9] Khouas, L., Clarysse,
P., Friboulet, D. and Odet, C. (1998) Fast 2D
vector field visualization using a 2D texture synthesis based on an
autoregressive filter. Application to cardiac imaging.
Machine GRAPHICS & VISION, 7, 4, 751-764.
[J-8] Han, M., Clarysse,
P., Croisille, P., Magnin, I.E., Revel, D. (1998) Aide à l'analyse
de l'évolution spatio-temporelle de la déformation du myocarde.
ITBM, 19, 5, 379-388.
[J-7] Clarysse P.,
Friboulet D., Magnin I. E., "New shape descriptors for 3D deformable object
tracking. Application to the left-ventricular surface of the
heart", IEEE T. Med. Imaging, Vol. 16, N°4, pp. 392-404, 1997.
[J-6] Reissman P-J., Clarysse
P., Magnin I.E., "Modélisation et mise en correspondance avec
la pyramide neuractive", Traitement du Signal, Vol. 14, N°4, pp.
395-403, 1997.
[J-5] Orkisz M., Clarysse
P., "Estimation du flot optique en présence de
discontinuités: une revue", Traitement du Signal, Vol. 13, N°5,
pp. 489-513, 1996.
[J-4] Rousseau J., Clarysse
P., Blond S., Gibon D., Vasseur C., Marchandise X., "Validation of a
new method for stereotactic localization using MR Imaging", Journal of
Computer Assisted Tomography, Vol. 15, N°2, pp. 291-296, March/April 1991
[J-3] Clarysse P.,
Gibon D., Rousseau J., Blond S., Vasseur C., Marchandise X., "A computer
assisted system for 3D frameless localization in stereotaxic MRI", IEEE
Trans. Medical Imaging, Vol. 10, N°4, pp. 523-529, December 1991
[J-2] Rousseau J., Gibon D., Clarysse
P., Pruvo J.P., Blond S., Marchandise X., "Une méthode de repérage
stéréotaxique par IRM", J. Med. Nucl. Biophy., Vol.
16, N°4, pp. 374-379, 1992
[J-1] Rousseau J., Clarysse
P., Gibon D., Blond S., Bradaï N., Marchandise X., "A frameless
method for 3D MRI- and CT- guided stereotaxic localization",
Neuroradiology, Vol. 2, pp. 35-41, 1992
·Proceedings of organized Workshops
[FIMH-01]
Proceedings
of the First international Workshop on Functional Imaging and Modeling of the
Heart (FIMH), T. KATILA, I.E. MAGNIN, P. CLARYSSE, J. MONTAGNAT, et J. NENONEN
editors, Springer, Lecture Notes in
Computer Science, vol. 2230, ISBN 3-540-42861-5, nov 2001.
[FIMH-03]
Proceedings
of the Second international Workshop on Functional Imaging and Modeling of the
Heart (FIMH’03), I.E. MAGNIN, J. MONTAGNAT, P. CLARYSSE, J. NENONEN et T.
KATILA, editors, Springer, Lecture Notes
in Computer Science, vol. 2674, ISBN 3-540-40262-4, 2003.
·Invited talks
Clarysse P.
« Fusion d’images : applications en imagerie
cardio-vasculaire », Journées de Recherche en Imagerie
Médicale, 12ème Forum des Jeunes Chercheurs en GBM,
Nantes, 21-23 Mai 2003.
Clarysse
P. "Overview of Medical Image Processing" dans le cadre de la 8th
Summer School on Image Processing, Zagreb, Croatia, July 7-16, 2000.
Clarysse
P. Revel D., Magnin I.E., "Segmentation d’images par résonance
magnétique multi-phases et multi-coupes du cœur par une approche de
régions déformables", Rencontre Annuelle du Futuroscope
"Les techniques d’imagerie cardiovasculaire du futur",
Poitiers, 1997
Clarysse
P., "Recent and future trends in cardiac image processing", 2nd
IEEE EMBS International Summer School on Biomedical Imaging, Ile de Berder,
1996
·Communications at international
conferences with long papers
[C-33] Rana Haddad, Patrick Clarysse, Maciej
Orkisz, Pierre Croisille, Didier Revel, Isabelle E. Magnin, A realistic
anthropomorphic numerical model of the beating heart, accepté à
FIMH’05.
[C-32] Bertrand
Delhay, Patrick Clarysse, Jyrki Lötjönen, Toivo Katila and
Isabelle E. Magnin, Evaluation of two free form deformation based motion
estimators in cardiac and chest imaging, accepté
à FIMH’05.
[C-31] Germain C., Breton V., Clarysse P., Gaudeau Y.,
Glatard T., Jeannot E., Legré Y., Loomis C., Montagnat J., Moureaux
J-M., Osorio A., Pennec X., Texier R., Grid-enabling medical image analysis,
accepté à BIOGRID’05.
[C-30] B. Delhay, P. Clarysse, S.
Bonnet, P. Grangeat, and I. E. Magnin, "Combined 3D object motion
estimation in medical sequences," International Conference on Image
Processing (ICIP),
[C-29] Qiu B., Clarysse P., Montagnat
J., Janier M., Vray D., Comparison of 3D Deformable Models For in vivo
Measurements of Mouse Embryo from 3D Ultrasound Images, IEEE International
Ultrasonics Symposium, Montréal (Canada), August 24-27, 2004
[C-28] J. Milles, P. Clarysse, A.
van Susteren, P. Croisille, I. E. Magnin, and T. Arts, "Automatic 2D
segmentation of the left ventricle in tagged cardiac MRI using motion
information," IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI),
Arlington, VA, USA, pp. 153-156, 2004
[C-27] M. Pollari, J. Lötjönen,
T. Mäkelä, N. Pauna, A. Reilhac, and P. Clarysse,
"Evaluation of cardiac PET-MRI registration methods using a numerical
breathing phantom," IEEE International Symposium on Biomedical Imaging
(ISBI), Arlington, VA, USA, pp. 1447-1450, 2004
[C-26] N. Pauna, P. Croisille, N. Costes,
A. Reilhac, T. Mäkelä, O. Cozar, M. Janier, P. Clarysse,
« A Strategy to quantitatively evaluate MRI/PET cardiac rigid
registration methods using a Monte Carlo simulator », Springer
LNCS 2674, Proceedings
of FIMH’03, Lyon, France, pp. 194-204, Juin 2003
[C-25] T. Mäkelä, M. Pollari, J.
Lötjönen, N. Pauna, A. Reilhac, P. Clarysse, I. Magnin, T.
Katila, , « Evaluation and comparison of surface and intensity based
rigid registration methods for thorax and cardiac MR and PET
images », Springer LNCS 2674, Proceedings of FIMH’03, Lyon, France, pp.
224-233, Juin 2003
[C-24] I. Dydenko, S. Chehbi, D.
Friboulet, P. Clarysse, I. E. Magnin, "Using an elastic deformable
template for the segmentation of ultrasound cardiac radio frequency images
based on the velocity information", IEEE International Ultrasonics
Symposium, München, Germany, pp. 1749-1752, october 2002.
[C-23] D. Vray, A. Discher, J.
Lefloc’h, W. Mai, P. Clarysse, Q.C. Pham, J. Montagnat, M. Janier,
"3D Quantification of Ultrasound Images : Application to Mouse Embryo
Imaging In Vivo", IEEE International Ultrasonics Symposium, Munich,
Germany, pp. 1557-1560, October 2002.
[C-22] P. Clarysse, P. Croisille,
L. Bracoud and
[C-21] T.
Mäkelä, Q. C. Pham, P. Clarysse, J. Lötjönen, K.
Laeuerma, H. Hänninen, J. Knuuti, T. Katila, I. Magnin, "A 3D
model-based approach for the PET-functional and MR-anatomical cardiac imaging
data fusion", Springer LNCS 2230, FIMH'01, November 15-16, 2001, pp.
83-90, 2001
[C-20] T.
Mäkelä, P. Clarysse, J. Lötjönen, O. Sipilä, K.
Lauerma, H. Hänninen, J. Nenonen, J. Knuuti, T. Katila, and I. E. Magnin,
“A new method for the registration of cardiac PET and MR images using
deformable model based segmentation of the main thorax structures,”
Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI 2001),
Utrecht, The Netherlands, pp. 557-564, 2001
[C-19] P. Clarysse, C. Lavorel, A.
Glière, P. Grangeat, I. E. Magnin, "Un modèle de thorax
respirant pour l'évaluation d'algorithmes de reconstruction d'organes en
mouvement par tomographie virtuelle", GRETSI'01, Toulouse, France, 10-13
Septembre 2001
[C-18] Q.C. Pham, F. Vincent, P.
Clarysse, P. Croisille, I.E. Magnin, "A FEM-Based Deformable Model for
the 3D Segmentation and Tracking of the Heart in Cardiac MRI", ISPA-2001,
[C-17] QC. Pham, F. Vincent, P.
Clarysse, P. Croisille, I.E. Magnin, "Heart segmentation in MRI using
A 3D prior biventricular deformable model", Forum des Jeunes Chercheurs en GBM 2001, Compiègne,
France, 5-6 Juin 2001, pp.70-71, 2001.
[C-16] T.
Mäkelä, P. Clarysse, J. Lötjönen, O. Sipilä, H.
Hänninen, J. Nenonen, K. Lauerma, J. Knuuti, T. Katila, and I. E. Magnin,
“A method for registration of cardiac Magnetic Resonance and Positron
Emission Tomography images for assessing myocardial viability,” in Understanding Cardiac Imaging Techniques
from Basic Pathology to Image Fusion, vol. 332, NATO Science Series - Life and Behavourial Sciences, P. Marzullo,
Ed., Proceedings of the NATO Advanced Research Workshop on Understanding
Cardiac Imaging Techniques : From Basic Pathology to Image Fusion ed. Pisa,
Italy: IOS Press, 2001, pp. 155-165.
[C-15] Vincent F., Clarysse P.,
Croisille P. and Magnin I.E. (2000) An
elasticity-based region model and its application to the estimation of the
heart deformation in tagged MRI. accepté
à ICIP-2000,
[C-14] Vincent F., Clarysse P.,
Croisille P. and Magnin I.E. (1999) Segmentation et suivi de mouvement d'objets
déformables par région active. GRETSI'99,
[C-13] Benoit-Cattin H., Planat A.,
Joachimsmann P., Baskurt A., Clarysse P., Magnin I. E. "On the
coding of active quadtree mesh", IEEE International Conference on Image
Processing, Washington, Illinois, USA, October 4-7, 1998.
[C-12] Han M., Clarysse P.,
Croisille P., Behloul F., Magnin I. E., Revel D. "Computer aided diagnosis
of the myocardial ischemia based on a spatio-temporal deformation features
analysis", Computers In Cardiology, Cleveland, Ohio, USA, September 13-16,
pp.749-752, 1998.
[C-11] Han M., Clarysse P.,
Croisille P., Magnin I. E., Revel D. "Aide à l’analyse de
l’évolution spatio-temporelle de la déformation du
myocarde", 9ième Forum Jeunes Chercheurs GBM,
[C-10] Clarysse P., Reismann P-J.,
Lefebvre S., Baudin O., Revel D. "Region-based segmentation of multi-slice
and multi-phase cardiac Magnetic Resonance Images", World Congress On
Medical Physics and Biomedical Engineering, Vol. 35, N°2, p. 684, Nice,
France, September 14-19, 1997
[C-9] Boudraa A., Clarysse
P. "Fast fuzzy gray level image segmentation method", World
Congress On Medical Physics and Biomedical Engineering, Vol. 35, N°2, p.
686, Nice, France, September 14-19, 1997
[C-8] Sottilini F., Clarysse
P., Revel D., Magnin I. E., "LV myocardial wall motion estimation with
tagged cine MRI (SPAMM)", Computers In Cardiology, Vienna, Austria, pp.
529-532, September 10-13, 1995
[C-7] Clarysse P.,
Poupon F., Barbier B., Magnin I.E, "3D boundary extraction of the left ventricle
by a deformable model with a priori information", IEEE International
Conference on Image Processing, Washington, D. C., USA, pp. 492-495, October
22-25, 1995
[C-6] Clarysse P.,
Jaouen O., Magnin I. E., Morvan J-M., "Interpolation 3D des parois cardiaques
à partir de données discrètes", Journées
Thématiques GDR 134-GRAISYHM Région Nord-Pas de Calais.
Thème: Mouvement 3D d'objets non rigides,
[C-5] Clarysse P.,
Friboulet D., Magnin I. E., "Time-evolution analysis of differential
features on 3D surfaces of the heart walls", IEEE Medical Imaging
Conference, Norfolk, Virginia (USA), pp. 1807-1811, November 3-5 1994
[C-4] Gorce J. M., Friboulet
D., Clarysse P., Magnin I. E., "Three-dimensional velocity field
estimation of moving cardiac walls", Proc. Computers In Cardiology,
Bethesda, Maryland(USA), pp. 489-492, September 25-28 1994
[C-3] Clarysse P.,
Jaouen O., Magnin I. E., Morvan J. M., "3D representation and deformation
analysis of the heart walls from X-rays and MR Images", Proc. Computers In
Cardiology, Bethesda, Maryland(USA), pp. 657-660, September 25-28 1994
[C-2] Clarysse P.,
Friboulet D., Magnin I. E., "Curvature assessment of the heart walls in 3D dynamic imaging", Proc.
Computers In Cardiology, London (UK), pp. 607-610, September 5-8, 1993
[C-1] Magnin I. E., Mathieu
C., Friboulet D., Clarysse P., "Intérêt de l'imagerie
cardiaque 3D. Acquisition,
segmentation, quantification", Proc. Symposium Echocardiographie et
analyse d'images ventriculaires, Dijon, France, pp. 119-132, 25-26 Mars 1993
·Short communications
David
Sarrut, Serge Miguet, Fabrice Vincent, Patrick Clarysse, Matthieu Exbrayat,
Lionel Brunie, Markus Fleute, Laurent Desbat, Isabelle Magnin,
"Requêtes complexes et hybrides dans des bases d'images
médicales distantes. Une illustration en imagerie cardiaque",
ASTI'2001,
F. Vincent, P. Clarysse, P. Croisille, and I. E. Magnin,
“Segmentation of the heart from MR image sequences using a 3D active
model,” Biomedical Engineering Society Annual Meeting,
P. Clarysse, M. Han, P. Croisille, and I. E. Magnin,
“Exploratory analysis of the spatio-temporal deformation of the
myocardium during systole from tagged MRI,” Biomedical Engineering Society Annual
Meeting,
Clarysse, P., Canet
E., Croisille P., Janier M., Neyran B. "Imagerie fonctionnelle
multi-modalités de l'ischémie myocardique et de ses
conséquences", VIIème colloque de la section 22 du CNRS, Paris,
Avril 2000.
Clarysse
P., Friboulet D., Magnin I.E., Revel D., "Suivi temporel de surfaces
déformables - Application à la surface endocardique du VG",
VIème Colloque "Thérapeutique et médicaments, de la
recherche à la découverte", section 22 du CNRS,
Clarysse
P., "Applications de la géométrie en traitement
d'images", Journées de Géométrie
Sous-Variétés et Applications, UCB Lyon I, 17-18 Mai 1995
Clarysse
P., "Evolution temporelle de la courbure 3D des surfaces des parois cardiaques",
Vème Colloque "Thérapeutique et médicaments, de la
recherche à la découverte", section 22 du CNRS, Montpellier,
France, pp. 13, 5-6 Décembre 1994
Clarysse
P., Friboulet D., Magnin I. E., "Calcul de la courbure 3D des parois cardiaques en imagerie dynamique",
IVème Colloque "Thérapeutique et médicaments, de la
recherche à la découverte", section 22 du CNRS, Strasbourg,
France, 1-2 Décembre 1993
Clarysse
P., Rousseau J., Blond S., Gibon D., Dubois P., "Méthode de
repérage par IRM", IIème Congrès sur la Recherche en
Imagerie Médicale, Bordeaux, France, 10-12 Octobre 1990
·Seminars
"Traitement
d’images et infographie en imagerie du cœur", Séminaire
du LIGIM, Lyon, 1997.
"Imagerie Médicale : Principes et Aide
à l’interprétation des Images", Ecole Centrale de Lyon, Janvier 2000.