From bernard at creatis.insa-lyon.fr Wed Jan 22 08:07:44 2025 From: bernard at creatis.insa-lyon.fr (olivier Bernard) Date: Wed, 22 Jan 2025 08:07:44 +0100 Subject: Newsletter du laboratoire CREATIS Message-ID: FAITS MARQUANTS 2024 Voir dans le navigateur [1] L'?DITO Chers coll?gues, En ce d?but d'ann?e civile et apr?s cette p?riode de f?tes pass?e pour la plupart en famille ou entre amis, je vous pr?sente, au nom de tous les membres de CREATIS, mes meilleurs v?ux pour l'ann?e 2025 accompagn?s de notre carte de v?ux 2025 pr?sente en bas de ce mail et illustr?e avec l'image de l'ann?e 2024 ?lue par les membres de CREATIS. Je souhaite ? toutes et tous une belle ann?e scientifique avec des r?ussites ? la fois individuelles et surtout collectives accompagn?es d'aventures humaines enrichissantes. Le domaine de l'imagerie m?dicale dans lequel nous ?voluons est passionnant. Chacun, quel que soit son emploi ou sa fonction au laboratoire, y participe d'une mani?re ou d'une autre. Que ce soit par notre contribution aux savoirs, les progr?s en sant? ou la transmission des connaissances, notre mission, au carrefour de l'ing?nierie, des sciences informatiques et de la sant?, est d'?tre au service de la soci?t? dans le cadre d'un d?veloppement durable. Je vous souhaite une belle et heureuse ann?e 2025 ! Olivier Beuf pour le laboratoire CREATIS ? LA UNE Laur?ats Membre IUF Carole Frindel, ma?tre de conf?rences au laboratoire CREATIS et enseignante ? l'INSA de Lyon, est laur?ate au titre de la chaire fondamentale de l'Institut Universitaire de France (IUF). ? compter du 1?? octobre 2024, elle est nomm?e membre junior de l'Institut universitaire de France, pour cinq ans. Son projet vise ? faire progresser l'IA ?thique dans le domaine de la neuroimagerie en cr?ant des m?thodologies innovantes d'apprentissage automatique. En savoir plus [2] CONCOURS INNOVATION D'ETAT I-PHD Beno?t Allignet est laur?at du Concours d'Innovation d'Etat i-PhD. Cette distinction met en lumi?re l'excellence de son projet innovant de biopsie virtuelle et biomarqueurs IRM, r?alis? au sein de l'?quipe MAGICS en collaboration avec les ?quipes du Centre L?on B?rard et du Centre de Recherche en Canc?rologie de Lyon. En savoir plus [3] PRIX D'EXCELLENCE DE L'UCB LYON 1 Fr?d?ric Cervenansky ing?nieur de recherche et responsable du service informatique et d?veloppement du laboratoire CREATIS, est laur?at du Prix de l'excellence BIATSS d?cern? par l'Universit? Claude Bernard Lyon 1. Ce prix r?compense les personnels BIATSS des laboratoires de l'universit? pour leurs contributions remarquables au soutien et au d?veloppement de la recherche scientifique. En savoir plus PRIX DE TH?SE Une mention sp?ciale Innovation a ?t? d?cern?e par la soci?t? fran?aise du g?nie biologique et m?dicale (SFGBM) en Juin 2024 ? Paul NOBRE pour ses travaux intitul?s "Sondes et capteurs de champs ?lectromagn?tiques ? liaisons optiques pour la s?curit? en IRM". En savoir plus [4] PR?SIDENCE DE LA SFSEP Fran?oise Durand Dubief, neurologue dans le service de neurologie des HCL, responsable du centre de comp?tence des leucodystrophies et leucoenc?phalopathies rares et responsable du projet transversal MUSIC au sein de CREATIS, a ?t? ?lue pr?sidente de la Soci?t? Francophone de Scl?rose en Plaques (SFSEP). La SFSEP joue un r?le essentiel en soutenant la recherche, en publiant des ressources scientifiques et en proposant des formations pour accompagner les professionnels de sant? et sensibiliser le public. En savoir plus [5] PR?SIDENCE DE LA SFRMBM Olivier Beuf, directeur de recherche au CNRS et directueur du laboratoire, a ?t? ?lu pr?sident de la Soci?t? Fran?aise de R?sonance Magn?tique en Biologie et M?decine (SFRMBM). La SFRMBM est une organisation qui regroupe des chercheurs, cliniciens et industriels int?ress?s par le d?veloppement et l'application de la r?sonance magn?tique dans les domaines de la biologie et de la m?decine. En savoir plus [6] PRIX DU MEILLEUR POSTER Matthis Manthe a re?u le prix du meilleur poster lors de la conf?rence IABM 2024 pour son travail intitul? "Radiomique du cerveau entier pour une personnalisation f?d?r?e par cluster dans la segmentation des tumeurs c?r?brales". En savoir plus [7] ?V?NEMENTS INTERNATIONAL CONFERENCE ON THE USE OF COMPUTERS IN RADIATION THERAPY - ICCR 2024 L'?dition 2024 de la conf?rence ICCR s'est tenue du 8 au 11 juillet au centre de congr?s de Lyon et a ?t? co-organis?e par deux membres de CREATIS (D. Sarrut et S. Rit). Plusieurs chercheurs et doctorants ont ?t? impliqu?s dans l'organisation. Cette conf?rence, qui a lieu tous les trois ans, attire des physiciens m?dicaux, des cliniciens et des scientifiques universitaires du monde entier qui utilisent des outils informatiques pour faire progresser la radioth?rapie. En savoir plus [8] DEEP LEARNING FOR MEDICAL IMAGING SCHOOL - DLMI 2024 Plusieurs membres de CREATIS se sont impliqu?s dans l'organisation et l'animation de la 5?me ?dition de l'?cole LabEx PRIMES sur l'apprentissage profond pour l'imagerie m?dicale qui s'est d?roul?e ? Montr?al au Canada. Plus de soixante-dix participants de plusieurs pays ont particip? ? cet ?venement. En savoir plus [9] VIE DU LABORATOIRE ARRIV?ES Le laboratoire s'est renforc? cette ann?e avec l'int?gration de 8 nouvelles personnes: Paul Nobre, ma?tre de conf?rences ? l'INSA de Lyon et enseignant au d?partement FIMI Valentine Wargnier-Dauchelle, ma?tre de conf?rences ? l'INSA Lyon et enseignante au d?partement FIMI Arthur Gautheron, ma?tre de conf?rences ? CPE Lyon Valentin Debarnot, chaire de professeur junior (CPJ) ? l'INSA Lyon et enseignant au d?partement FIMI Johan Landry, assistant ing?nieur UCBL en mesures physiques Mira Cassan et Noura Bouhila, techniciennes en gestion respectivement administrative UCBL et financi?re CNRS Pushot Angalan, adjoint technique intervenant sur la plateforme d'imagerie PILoT. S?MINAIRE LABORATOIRE Le s?minaire du laboratoire a eu lieu les 23 et 24 septembre 2024 au sein du domaine Saint Joseph. Il a r?uni 115 participants pour ?changer autour du futur projet du laboratoire et passer du temps ensemble dans un environnement privil?gi?. Ce s?minaire a ?galement ?t? l'opportunit? de lancer le processus de pr?paration de l'?valuation HCERES. ACTIONS PARIT? & ?GALIT? En 2024, plusieurs initiatives ont ?t? mises en place par les correspondants Pauline Muleki Seya et Fr?d?ric Cervenansky afin de promouvoir la parit? et l'?galit?. Ces actions visaient ? favoriser un environnement plus inclusif et ? r?pondre aux besoins sp?cifiques des femmes au sein du laboratoire. En savoir plus [11] ACTIONS ?CO-RESPONSABLES LIFE est un groupe du laboratoire, majoritairement compos? de doctorantes et doctorants qui ont pris l'initiative d'essayer de changer les pratiques de la recherche pour les rendre plus ?co-responsables. En 2024, plusieurs actions ont ?t? men?es dans le but de mettre CREATIS, ? terme, sur une trajectoire carbone respectant les accords de Paris. En savoir plus [12] IMAGE DE L'ANN?E 2024 Les membres du laboratoire ?lisent chaque ann?e la plus belle image cr??e au sein du laboratoire au cours de l'ann?e ?coul?e. L'image 2024 laur?ate est issue de travaux men?s en imagerie cardiovasculaire et montre la dynamique complexe de l'?coulement sanguin chez un patient avec une valve aortique bicuspide. Cette image met en ?vidence une plage dynamique ?tendue des vitesses en systole et diastole et un rapport vitesse-bruit ?lev?, permettant une analyse d?taill?e des caract?ristiques h?modynamiques ? travers diff?rentes vitesses d'?coulement. Lien vers l'image haute r?solution [13] EQUIPEMENTS _INFORMATIQUES_ Le laboratoire a renforc? la puissance de calculs de son cluster interne avec l'achat de 2 nouveaux serveurs, chacun avec 2 CPU Intel Xeon Gold 24 cores et 2 cartes GPU NVIDIA A6000 48GB, portant sa capacit? totale ? 27 machines, 744 CPUs, 12 TB de RAM cumul?e et 29 GPUs. Le cluster permet une centralisation interne de la puissance de calculs et offre ? ses membres une diversification de l'acc?s aux ressources CPU / GPU avec d'autres services tels que les centres de calculs de l'IN2P3 et Jean Zay. _EXPERIMENTAUX_ Avec le concours du LabEx PRIMES, du CNRS et de l'INSA, la plateforme PILoT a investi dans deux nouveaux r?sonateurs double accord permettant d'?toffer les noyaux cibl?s sur l'IRM 11,7T en mettant l'accent sur le suivi de l'activit? m?tabolique: un r?sonateur volumique 1H/31P compatible souris/t?te de rat et un r?sonateur volumique 1H/2H compatible souris/rat avec d?couplage actif. D'ici peu, avec le concours de l'UCBL la plateforme devrait finaliser l'achat de deux combinateurs lasers afin de pouvoir am?liorer la sp?cificit? des exp?riences en spectroscopie optique. OUTILS INFORMATIQUES _GATE_ GATE est une plateforme de simulation Monte Carlo open-source d?di?e ? la mod?lisation et ? la simulation des syst?mes d'imagerie m?dicale, de la radioth?rapie et de la dosim?trie des rayonnements. Largement utilis?e dans la recherche en physique m?dicale, GATE prend en charge des applications avanc?es telles que la TEP, la TEMP, le scanner CT, ainsi que la radioth?rapie avec faisceaux internes et externes. Ce projet, impliquant des membres du laboratoire CREATIS d?s son lancement, continue de b?n?ficier de leur forte implication dans son d?veloppement. R?cemment, la version GATE 10 a ?t? publi?e, marquant une avanc?e majeure. Fruit de quatre ann?es de travail, cette nouvelle version repose sur un red?veloppement complet et une modernisation significative de la plateforme. Site web GATE [14] FOCUS SUR QUELQUES TRAVAUX PUBLI?S EN 2024 OUVRAGE : ? _TRUSTWORTHY AI IN MEDICAL IMAGING_ ? Elsevier a publi? ce livre auquel plusieurs membres du laboratoire (C. Frindel, M. Sdika, A. Bonnet, S. Pop) ont contribu?. Cet ouvrage permet d'acqu?rir les notions de base sur la fiabilit? en intelligence artificielle et de comprendre ses applications concr?tes en imagerie m?dicale. Il aide ?galement ? identifier les points sensibles et les solutions pour am?liorer la fiabilit? des applications dans ce domaine. . Il s'adresse autant aux ?tudiants en licence, master et doctorat qu'aux enseignants-chercheurs/chercheurs sp?cialis?s en IA pour l'imagerie m?dicale. En savoir plus [15] ARTICLE : ? _STRAT?GIE MID-P VERSUS STRAT?GIE DE VOLUME CIBLE INTERNE DANS LE CANCER DU POUMON AVEC DES CELLULES QUI NE SONT PAS DE PETITE TAILLE ET LOCALEMENT AVANC?ES: R?SULTATS CLINIQUES DE L'?TUDE DE PHASE II RANDOMIS?E NON COMPARATIVE MID-P_ ? Les cancers du poumon non ? petites cellules et localement avanc?es (LA-NSCLC) pr?sentent des taux de survie ? 5 ans faibles avec des r?cidives fr?quentes. Cette ?tude clinique a compar? l'efficacit? et la tol?rance de la strat?gie "Mid-position" (Mid-P) ? celle du volume cible interne conventionnel (ITV) chez des patients atteints de LA-NSCLC trait?s par radioth?rapie conformale d?finitive. L'approche Mid-P a n?cessit? la mise en routine d'outils de recalage d?formable et de traitement d'images d?velopp?s dans l'?quipe. Les r?sultats montrent que le contr?le local et la survie restent faibles avec la strat?gie Mid-P, qui ne peut ?tre recommand?e en dehors des essais cliniques en raison de sa complexit? et de son int?gration limit?e dans les logiciels courants. En savoir plus [16] ARTICLE : ? _?LASTOGRAPHIE PAR R?SONANCE MAGN?TIQUE ? TEMPS D'?CHO ULTRA-COURT POUR LA QUANTIFICATION DES PROPRI?T?S M?CANIQUES DES TISSUS ? T2 COURT VIA DES IMPULSIONS RADIOFR?QUENCE BAS?ES SUR LE CONTR?LE OPTIMAL_ ? Cette ?tude vise ? d?montrer la faisabilit? d'utiliser des impulsions radiofr?quence g?n?r?es via un algorithme de contr?le optimal pour l'?lastographie par r?sonance magn?tique (ERM) appliqu?e ? la quantification des propri?t?s m?caniques de mat?riaux ou tissus aux temps de relaxation transverses tr?s courts (T2 < 5 ms). Les impulsions de contr?le optimal permettent de s?lectionner les tranches et d'encoder les mouvements sans avoir besoin de gradients d'encodage de mouvement suppl?mentaires, ce qui permet de r?duire les temps d'?cho. Les exp?riences men?es sur des fant?mes d'agar ? T2 tr?s court et sur un tendon de bovin ex vivo ont montr? que les s?quences ? temps d'?cho ultra courts pr?par? pour l'elastographie par contr?le optimal fournissent les meilleures images et le meilleur rapport signal/bruit, d?montrant ainsi leur capacit? ? caract?riser les tissus ? T2 court, avec des r?sultats en accord avec les valeurs de la litt?rature et les mesures de rh?om?trie. En savoir plus [17] ARTICLE : ? _R?SEAUX NEURONAUX GUID?S PAR LA PHYSIQUE POUR LA CARTOGRAPHIE DU FLUX VECTORIEL INTRAVENTRICULAIRE_ ? La cartographie du flux vectoriel intraventriculaire (iVFM) vise ? am?liorer et quantifier le Doppler couleur en imagerie cardiaque. Cette ?tude propose des alternatives ? l'optimisation traditionnelle de l'iVFM en utilisant des r?seaux neuronaux inform?s par la physique (PINNs) et une approche supervis?e bas?e sur nnU-Net guid?e par la physique. Les ?valuations sur des images Doppler couleur simul?es et des acquisitions Doppler in vivo montrent que les deux approches offrent des performances de reconstruction comparables ? l'algorithme iVFM original, avec une efficacit? accrue des PINNs gr?ce ? une optimisation en deux ?tapes, tandis que la m?thode nnU-Net excelle par ses capacit?s de g?n?ralisation et sa production de r?sultats en temps r?el. En savoir plus [18] ARTICLE : ? _LA CARTOGRAPHIE DE LA FRACTION D'EXTRACTION D'OXYG?NE SUR L'IRM ? L'ADMISSION PEUT PR?DIRE LA R?CUP?RATION DES L?SIONS C?R?BRALES ISCH?MIQUES HYPERAIGU?S APR?S UNE THROMBECTOMIE R?USSIE : UNE ?TUDE OBSERVATIONNELLE R?TROSPECTIVE_ ? Cette ?tude a cherch? ? comprendre comment un marqueur de la privation d'oxyg?ne dans le cerveau, appel? la fraction d'extraction d'oxyg?ne (OEF), influence la r?cup?ration des l?sions c?r?brales apr?s un AVC trait? par thrombectomie (une intervention pour d?boucher une art?re obstru?e). Pour ce faire, des chercheurs du laboratoire ont utilis? deux types d'IRM pour analyser les patients avant et apr?s le traitement. Ils ont constat? que dans les zones du cerveau pr?sentant des l?sions (mesur?es par l'imagerie de diffusion), celles o? l'OEF ?tait ?lev? avaient plus de chances de se r?parer avec le temps. Concr?tement, les patients dont les l?sions avaient un OEF plus ?lev? ont montr? une r?duction du volume des l?sions au bout de 6 jours, par rapport ? ceux dont l'OEF ?tait faible. Cela sugg?re que l'OEF pourrait ?tre un indicateur utile pour pr?dire quelles l?sions c?r?brales ont plus de chances de r?cup?rer apr?s un AVC trait?, ce qui pourrait aider ? mieux guider le traitement des patients. Cet article a fait la couverture de la revue internationale STROKE, mettant en ?vidence le caract?re novateur et le fort potentiel de cette ?tude. En savoir plus [19] [21] [22] [23] [24] [25] CREATIS [26] | Contact INSA LYON B?t. L?onard de Vinci, 21 Avenue Jean Capelle, 69621 Villeurbanne Cedex Directeur de publication: Olivier Beuf CREATIS (c) 2025 Links: ------ [1] https://www.creatis.insa-lyon.fr/newsletter/externe/2024/index.html [2] https://www.iufrance.fr/les-membres-de-liuf/membre/2710-carole-frindel.html [3] https://www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/benoit-allignet-laureat-du-concours-dinnovation-detat-i-phd-2024 [4] https://www.sfgbm.fr/archives/11569 [5] https://sfsep.org/presentation-de-la-sfsep/ [6] https://sfrmbm.fr/home-2/ [7] https://iabm2024.sciencesconf.org/?lang=fr [8] https://iccr2024.org/index.html [9] https://event.fourwaves.com/dlmi2024/ [10] https://www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/conference-le-jeune-au-dela-des-prejuges-un-outil-efficace-de-sante-et-prevention [11] https://www.creatis.insa-lyon.fr/newsletter/externe/2024/page-parite-egalite.html [12] https://www.creatis.insa-lyon.fr/newsletter/externe/2024/page-life.html [13] https://www.creatis.insa-lyon.fr/newsletter/imgs/creatis-image-annee-2025-full.jpg [14] http://www.opengatecollaboration.org/ [15] https://shop.elsevier.com/books/trustworthy-ai-in-medical-imaging/lorenzi/978-0-443-23761-4 [16] https://www.thegreenjournal.com/article/S0167-8140(24)00705-9/abstract [17] https://hal.science/CREATIS/hal-04646232v1 [18] https://hal.sorbonne-universite.fr/I3M_UMR5149/hal-04627945v1 [19] https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39391984/ [20] https://www.unlayer.com [21] https://www.rhone-auvergne.cnrs.fr/fr [22] https://www.inserm.fr/ [23] https://www.insa-lyon.fr/ [24] https://www.univ-lyon1.fr/ [25] https://www.univ-st-etienne.fr/ [26] https://www.creatis.insa-lyon.fr/site7/fr -------------- next part -------------- An HTML attachment was scrubbed... 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