[Vv] VV pour appliquer une rotation à une série dicom
Thomas BAUDIER
thomas.baudier at creatis.insa-lyon.fr
Wed May 23 14:54:18 CEST 2018
Bonjour Giorgio,
Merci de t'intéresser à vv !
Je vais essayer de répondre à toutes tes questions:
- vv ne lit pas les DicomDir, mais directement la série Dicom en
utilisant le Dicom Series Selector (File / Open Dicom)
- Tu as bien compris, clitkAffineTransform ainsi que la majorité des
outils clitk ne lisent pas les Dicom, on préfère travailler en .mhd/.raw
- Pour utiliser clitkDicom2Image, voici un exemple (je ne sais pas si
la wildcard * fonctionne sous Windows) :
clitkDicom2Image E:\DICOM_IMAGES\DCM_1132160646\DICOM\S00001\SER00002\*
-o E:\DICOM_IMAGES\DCM_1132160646\DICOM\S00001\image.mhd
Quelle est on message d'erreur dans ton cas ?
- Après avoir fait ça, tu peux utiliser clitkAffineTransform pour
appliquer la transformation puis clitkWriteDicomSeries pour reconvertir
en Dicom. Mais ce dernier outil, a besoin de se baser sur une série
dicom pré-existante avec le même nombre de slice. Or après une rotation,
le nombre de slice va varier et donc cet outil devient inefficace.
- Par contre, je peux te conseiller de changer directement les tags
Dicom :
(0020,0032) ?? (DS) [-250\-182\-56 ] # 14,3
Image Position (Patient)
(0020,0037) ?? (DS) [0\1\0\-1\0\0] # 12,6
Image Orientation (Patient)
Tu peux applique la translation sur le premier champ et la rotation sur
le 2e. Pour ce faire:
clitkDicom2Image E:\DICOM_IMAGES\DCM_1132160646\DICOM\S00001\SER00002\*
-o E:\DICOM_IMAGES\DCM_1132160646\DICOM\S00001\image.mhd
MKDIR E:\DICOM_IMAGES\DCM_1132160646\DICOM\S00001\output
clitkWriteDicomSeries -i
E:\DICOM_IMAGES\DCM_1132160646\DICOM\S00001\image.mhd -d
E:\DICOM_IMAGES\DCM_1132160646\DICOM\S00001\SER00002\ -o
E:\DICOM_IMAGES\DCM_1132160646\DICOM\S00001\output -k '0020|0037' -t
'0\1\0\-1\0\0'
Dans vv, tu peux ouvrir cette nouvelle série Dicom en sélectionnant bien
"Patient Coordinate System" dans le Dicom Series Selector
Bonne journée
Thomas
PS: we can speach in English if you prefer
On 2018-05-20 10:24, Giorgio De Nunzio wrote:
> Je m'excuse, j'ai envoyé le message ci-dessous directement à David
> Sarrut parce-que je n'avais pas vu l'adresse dédié a VV.
>
> Merci.
>
> Giorgio De Nunzio
>
> -------- Messaggio Inoltrato --------
>
> OGGETTO:
> VV pour appliquer une rotation à une série dicom
>
> DATA:
> Sun, 20 May 2018 09:34:20 +0200
>
> MITTENTE:
> Giorgio De Nunzio <giorgio.denunzio at unisalento.it>
>
> A:
> David Sarrut <david.sarrut at creatis.insa-lyon.fr>
>
> CC:
> Giorgio De Nunzio <giorgio.denunzio at unisalento.it>
>
> Cher Dr Sarrut,
>
> je suis en chercheur en physique pour la médicine, je travaille à
> l'Université du Salento, in Lecce, Sud d'Italie. Je vous écris à
> propos
> de VV.
>
> A présent j'ai besoin d'appliquer des transformations affines (en
> particulier des rotations arbitraires dans l'espace, pour commencer)
> à
> des series DICOM (des CT sous forme de dicomdir): (1) ouvrir la serie,
>
> (2) mettre le volume dans une variable, (3) appliquer la
> transformation
> en choisissant le centre, la matrice, et la méthode d'interpolation,
> (4)
> sauver sous le meme format de dicomdir (tout cela naturallement en
> faisant attention au référentiel de coordonnées).
>
> J'ai déja fait ce genre de choses dans le passé, en matlab, mais -
> au
> lieu de chercher mon vieux code qui avait d'ailleurs des problèmes
> avec
> les formats d'images lus - je voudrais voir s'il existe déja des
> systèmes software open source pour le faire rapidement.
>
> J'ai trouvé VV (que j'utiliserais sous Windows 10 64bit). J'ai vu que
> je
> peux utilizer vv.exe pout ouvrir les series dicom (apparemment vv ne
> lit
> pas le dicomdir, donc je dois le faire pointer directement au dossier
> qui contien la série dicom). Puis j'ai vu clitkAffineTransform.exe:
>
> "Resample with or without affine transform of 2D, 3D, 4D images or
> vector fields"
>
> Bingo, j'ai dit. J'imaginais quelque chose comme ceci:
>
> clitkAffineTransform --input="mon_image" --output="resultat"
> --matrix="ma_matrice_de_rotation" --interp=2
>
> Questions:
>
> 1) j'ai essayé le simple
>
> clitkAffineTransform --input="E:\DICOM_IMAGES\DCM_1132160646\dicomdir"
>
> --output="pippo" --verbose
>
> mais rien n'arrive. J'imagine que je ne peux pas utiliser le dicomdir
> comme input.
>
> 2) puis-je appliquer directement clitkAffineTransform à une série
> dicom?
> comment?
>
> 3) si je ne peux pas, (ce que je pense), je dois d'abord convertir la
> série dicom vers un format différent, e.g. hdf5, par
> clitkDicom2Image,
> puis utilizer clitkAffineTransform sur le hdf5, finalement convertir
> l'image (sauvé après rotation et slicing) vers le dicom avec
> clitkWriteDicomSeries (et je n'aurais de toute facon droit à une
> dicomdir).
>
> Lorsque j'essaye sur une slice:
>
> clitkDicom2Image
> E:\DICOM_IMAGES\DCM_1132160646\DICOM\S00001\SER00002\I00001
> --output="pippo.hdf5" --verbose
>
> tout va bien, mais si j'essaye de convertir la série complète:
>
> clitkDicom2Image E:\DICOM_IMAGES\DCM_1132160646\DICOM\S00001\SER00002\
>
> --output="pippo.hdf5" --verbose
>
> ou
>
> clitkDicom2Image
> E:\DICOM_IMAGES\DCM_1132160646\DICOM\S00001\SER00002\*
> --output="pippo.hdf5" --verbose
>
> rien ne marche.
>
> Or, je voudrais svp quelque conseil et des examples complets, si
> possible.
>
> Merci d'avance! Excusez svp mes fautes de francais (et le manque de
> cédille e d'accent circonflexe sur mon clavier!)
>
> Giorgio
>
> --
> Giorgio De Nunzio PhD
> Researcher and adjunct professor
> Dipart. di Matematica e Fisica "Ennio De Giorgi", Univ. del Salento
> INFN Sezione di Lecce
> DReAM (Laboratorio Diffuso di Ricerca Interdisciplinare Applicata alla
> Medicina)
> giorgio.denunzio at unisalento.it
> tel +39 0832 297084-297051
> mobile +39 320 3829845
> http://orcid.org/0000-0002-1998-0286
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> "The whole problem with the world is that fools and fanatics are
> always so certain of themselves, but wiser people so full of doubts."
> Bertrand Russell
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