5ème VIP Workshop du 19 novembre 2018

Presents : Denis Friboulet, Carole Lartizien, Olivier Bernard, Patrick Clarysse, Laurent Mahieu-Williame, Frédéric Cervenansky, Hélène Ratiney, Axel Bonnet, Sorina Pop

Programme
- des nouvelles de VIP des six derniers mois
- retour sur le projet CAD Epilepsie et l'exploitation de GPU à travers VIP
- discussion sur l'utilisation des GPU à travers VIP : cas d'usage et solutions possibles
- retour sur l'interfaçage VIP - Girder
- perspectives d'automatisation des traitements VIP depuis Grirder
- VIP, science reproductible et OpenAire Connect
- tour de table des participants 

Discussions GPU
- actuellement accès à un seul GPU sur le CLoud EGI en Slovaqie
- quelle politique pour la suite ? accès à quels autres GPUs ?
	-> negociations/discussions au cas par cas (pas beaucoup de GPUs disponibles actuellement "gratuitement")
- infos en CD sur la création d'un mésocentre CNRS
- usage des GPUs en mode prod et balayage de params (pas pour le développement)
	-> importance de bien mettre les paramètres dans une application pour la porter sur VIP
- intérêt de VIP pour la formation sur GPU
- la possibilité d'ordonnancement de plusieurs tâches sur un même GPU dépend des possibilités du batch scheduler qui gère les ressources GPU (à Creatis, par ex, Torque PBS sera probablement remplacé par SLURM)
- proposition de séparer à CREATIS des ressources GPU de développement et de production

Discussions
- neuro : création d'une bibliothèque ? Carole et Hélène intéressées par Freesurfer et FSL
- penser à rajouter de la doc pour l'utilisation des applis

Présentations et Demo Girder 
- le plugin Girder-VIP est dispo pour toutes les données de toutes les collections Girder 
	-> améliorations possibles : l'associer à un certain type de fichiers ou limiter d'une autre façon
- applications ayant des entrées multiples
- présence de Daniel pour un lancement automatique des jobs sur VIP lors des upload des données (Fred)

Discussions
Carole : est-ce qu'on demande aux medecins de se créer un/plusiuers comptes sur VIP ET Girder ?
Fred : actuellement 6-7 instances Girder
Quelle est la stratégie pour la création de nouvelles instances Girder et des comptes ?
Une instance Girder pour démonstrateur VIP-Girder

Tour de table
Olivier: 
- usage de VIP pour challenges
- nouveau challenge avec Pierre et Magalie sur la segmentation du myocarde en IRM
	-> deadline : mars
	-> en rediscuter
- brainstorming avec la nouvelle direction sur la suite de VIP

Carole: 
- finaliser le demonstrateur CAD epilepsie sur VIP
- encourager les medecins à utiliser les outils
- stage pour la suite du code de Zara

Hélène:
- beta user Freesurfer/FSL
- projet Nima deep-learning (besoin de le recoder) - collaboration Allemagne
	-> plateforme de test des différentes approches deep-learning pour la spectroscopie
- problème de reproductibilité pour les méthodes en spectroscopie 
- VIP pour des prochains challenges ?
- invitation pour une présentation en réunion d'équipe 
- nouveaux utilisateurs de l'équipe 5 (Benjamin Leporq) ?

Laurent :
- nouvelle version MCR et CoilCharact

Patrick : 
- invitation pour une présentation en réunion d'équipe 
- un dépôt Girder dans l'équipe
- intérêt potentiel pour les GPUs
- Monica Sigovan - ANR service VIP Insa-Valor