Contexte : La microtomographie par rayonnement synchrotron permet d’imager en 3D des échantillons biologiques jusqu’à une résolution spatiale submicrométrique et avec un très bon rapport signal sur bruit. Ce stage aura lieu dans l’équipe 7 du laboratoire CREATIS qui développe en collaboration avec l’ESRF (European Synchrotron Radiation Facility) de Grenoble, cette technique pour l’imagerie d’échantillons osseux. Il s’inscrit également dans une collaboration avec le Laboratoire d’Imagerie Paramètrique (LIP), Paris spécialiste de méthodes acoustiques de caractérisation.
L’objectif du stage est la quantification de microfissures dans des échantillons de tissu osseux soumis à des contraintes mécaniques à partir d’images 3D acquises en microtomographie synchrotron.
Méthodologie : Des échantillons d’os cortical (2 x 2 x 10 mm3) été préparées par le LIP et endommagées suivant un protocole précis. Des images 3D de différentes régions de ces échantillons ont déjà été acquises en microtomographie synchrotron. Il s’agira de mettre en œuvre une méthode efficace afin de segmenter les microfissures qui apparaissent comme des porosités planes, fines et de faible contraste, et d’en extraire quantitatifs. Cette méthode s’appuie sur un algorithme déjà développé dans l’équipe nécessitant le réglage de paramètres d’entrée. Chaque image représentant 4 Goctets de données (2048x2024x1024 voxels), il s’agira d’automatiser au mieux le traitement et de proposer une méthode pour choisir les paramètres adéquats pour chaque volume. Ces méthodes seront appliquées à une série de 40 images. Une synthèse des résultats ainsi que des visualisations 3D des structures segmentées (logiciel AVIZO) devront être réalisées. Les paramètres quantitatifs morphologiques extraits sur les images seront corrélés aux paramètres acoustiques mesurés au LIP.
Compétences requises : Le candidat devra avoir des connaissances en traitement d’image et en programmation (en particulier Matlab, C, C++ ). Il devra également avoir la capacité de s’adapter dans un contexte de recherche pluridisciplinaire (imagerie, biomédical, physique).
Ce stage se déroulera sur le site de l’ESRF de Grenoble.
site web equipe : http://www.creatis.insa-lyon.fr/site/en/node/36190