Contexte du stage
Ce stage concerne la segmentation multi-organes d'images médicales. Le but est de générer rapidement des modèles patient-spécifiques 3D, propices au diagnostic, la simulation ou la planification opératoire. La figure de droite montre le cas de la segmentation d'un tronc humain : plusieurs organes/tissus sont extraits simultanément : os, poumons, cœur, estomac, foie, reins... |
Une approche de segmentation interactive multi-organes a été conçue au laboratoire CREATIS [1]. Cette approche est basée sur un partitionnement de l'image suivi par une approche « coupe de graphes » [2]. Le but de ce stage est la proposition d'un algorithme plus rapide, avec une perte minime de précision sur la localisation des organes. Plusieurs pistes sont envisageables, telles que :
- Réduire la complexité du problème en séparant le volume original en plusieurs sous-blocs qui seront recalés sur un modèle générique
- Proposer approche de minimisation plus rapide que la coupe de graphes.
Mise en œuvre
Une première plateforme basée sur une interface web http://www.creatis.insa-lyon.fr/site/desk [3] est déjà utilisable, et les algorithmes issus de [1] sont déjà disponibles.
Compétences requises :
Le candidat aura des connaissances en traitement des images et du signal. Les langages de programmation sont le C++ (obligatoire) et Javascript (facultatif pour l'étudiant)
Période
6 mois en 2013-2014
Contacts
Sébastien Valette sebastien.valette@creatis.insa-lyon.fr
Rémy Prost remy.prost@creatis.insa-lyon.fr
Références
[1] R. Kéchichan, S. Valette, M. Desvignes, and R. Prost, "Shortest-Path Constraints for 3D Multiobject Semiautomatic Segmentation via Clustering and Graph Cut", IEEE Transactions on Image Processing, vol. 22, no. 11, pp. 4224--4236, 2013
[2] Interactive Organ Segmentation Using Graph Cuts. Yuri Boykov and Marie-Pierre Jolly. Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, (MICCAI), pp. 276-286, 2000. [3] H. Jacinto, R. Kéchichan, M. Desvignes, R. Prost, and S. Valette, "A Web Interface for 3D Visualization and Interactive Segmentation of Medical Images", 17th International Conference on 3D Web Technology (Web 3D 2012), Los-Angeles, USA, pp. 51-58, 2012