Spectroscopie de Résonance Magnétique: Prétraitement et Interface Graphique
Recrutement: 
Recrutement en cours/passé: 
Recrutement en cours
Periode: 
2018

Keywords MR spectroscopy, signal processing, Graphical User Interface

Contexte Le logiciel cQuest 1 (Custom - QUantitation based on semi-parametric QUantum ESTimation ) réalisela quantification de signaux de spectroscopie de résonance magnétique, c’est-à-dire qu’il permet d’extraire desparamètres physiques du signal, notamment la contribution (directement liée à la concentration) de moléculesrésonantes. L’utilisateur est à même de faire le design de sa stratégie de quantification et de contrôler les contraintesappliquées au moment de l’ajustement. Le principal avantage du logiciel est sa modularité : l’utilisateur peut, viaun fichier de paramètre de contraintes alimenter avec des connaissances a priori et ajuster le modèle qui sera utilisépour analyser les données de spectroscopie. Ainsi il a le potentiel de s’adapter à tout type d’acquisition (tout typede noyaux, d’organes, de techniques de spectroscopie RMN). De plus, il s’agit d’un logiciel en ligne de commandequi peut être lancé sur un cluster de calcul pour quantifier en série de nombreux signaux.

 

Objectifs L’objectif de ce stage est de rendre plus facile l’utilisation de cette méthode en lui associant une interfacegraphique qui permettra à l’utilisateur de

  1. faire les prétraitements en mode interactif pour préparer le signal à l’étape de quantification
  2. créer aisément le fichier de paramètres et connaissance a priori utilisé par le logiciel de quantification
  3.  visualiser et manipuler les résultats de quantification

Il est proposé de développer cette interface en Python, en partant notamment du module nmrglue 2 . Il s’agitd’un logiciel opensource sous nouvelle license BSD.Cette base offre des routines de lecture de plusieurs formats defichiers et des routines de visualisation de spectres 1D et 2D.On évaluera au cours du stage la possibilité de faire une deuxième version en javascript qui pourra être utilisévia une interface web.

Candidature Pour le stage, il sera demandé au candidat sérieux et autonomie ainsi que:

  • de bonnes capacités de programmation
  • des connaissances en python
  • des connaissances en javascript
  • des notions de traitement du signal

Les candidats intéressés enverront tout document adéquat (lettre de motivation, CV, lettres de référence, relevéde notes, ... à:michael.sdika[at]creatis.insa-lyon.fr et helene.ratiney[at]creatis.insa-lyon.fr.

Lieu, Durée, Indemnités

  • Laboratoire CREATIS3 , Lyon, France
  • Les candidatures pour des stages de 3 ou 6 mois seront évaluées
  • Environ 500 euros / mois.

 

Region Auvergne Rhone Alpes
CNRS

Dans le cadre des Contrats de Plan Etat-Région 2015-2020, la région Auvergne-Rhône-Alpes soutient l’acquisition d’un système d’imagerie et de spectroscopie de Résonance Magnétique à champ magnétique élevé de 11,7T pour contribuer à la recherche et l’innovation. Cet équipement est cofinancé par la Délégation Régionale à la Recherche et à la Technologie et le Centre National de la Recherche Scientifique. Cet équipement sera acquis par l’INSA de Lyon et opérée par la plateforme PILoT du laboratoire CREATIS située sur le campus LyonTech-La Doua pour permettre d’accroître les capacités d'imagerie en recherche fondamentale et préclinique de l’Université de Lyon et de la région Auvergne-Rhône-Alpes.