Séminaires passés et présentations à CREATIS

Date Titre Lieu / Résumé
30/11/2017 - 11:00 Recent advances at the VITALab : solving video analytic and medical imaging problems trough deep learning methods

This presentation summarizes the latest scientific advances that occurred at the VITALab (Sherbrooke, Canada) and underline unsolved questions that we ought to work on in the upcoming years.  In the last two years, the VITALab (like a large proportion of the digital imaging community) has been carried by the deep learning wave.  Work has been done in various areas of video analytics as well as medical imaging.  This includes traffic analytics, motion detection, background estimation, brain tumor segmentation, and MRI cardiac analysis.

01/12/2017 - 12:12 CLUB des Développeurs

12h12-13h13

Reprise du CLUB des Développeurs. Venez exprimer vos attentes et vos propositions de contenu pour l'année à venir!

Retour d'expérience par Bertrand David (ingénieur au Laboratoire des Matériaux Avancés) :

Etat de l'art des forges logicielles par Claire Mouton (ingénieur à CREATIS) : Panorama et description des usages collaboratifs et des solutions d'hébergement

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23/11/2017 - 14:00 Elastographie par Résonance Magnétique : nouvelle méthode d’acquisition fondée sur le contrôle optimal et comparaison de l’ERM avec une technique de rhéologie haute-fréquence

Compostion du Jury :

Mme BENSAMOUN Sabine Chargée de Recherche CNRS (HDR) (Rapporteur)

M. FRANCONI Jean-Michel Professeur des Universités (Rapporteur)

M. SAINT-JALMES Hervé Professeur des Universités Praticien Hospitalier (Examinateur)

M. TSE VE KOON Kévin Maître de Conférences (Encadrant)

Mme BRUSSEAU Elisabeth Chargée de Recherche CNRS (Encadrant)

15/11/2017 - 14:00 Machine learning from heterogeneous descriptors of cardiac function for the characterization of heart failure patients
13/11/2017 - 09:00 Journée des Doctorants de Troisième annéee

Programme de la journée

09:00 - 09:25 RUMINDO Gerardo Kenny Cardiac modeling for the study and following of reversible/irreversible myocardial injuries (CLARYSSE Patrick, OHAYON Jacques, CROISILLE Pierre )

09:25-09:50 GERBAYAntoine Approche multiparametrique de la viabilité myocardique en IRM: nouveaux bio-marqueurs  (CROISILLE Pierre )

09:50-10:15 BADESCU Emilia Ultrafast strategies for cardiac motion estimation (LIEBGOTT Hervé, FRIBOULET Denis )

16/11/2017 - 12:00 Évaluation de l'intégrité du muscle strié squelettique par imagerie et spectroscopie de résonance magnétique

Cette présentation exposera les résultats d’une étude évaluant l’impact de dommages musculaires induits par électrostimulation neuromusculaire sur la structure et le métabolisme énergétique du muscle strié squelettique au regard des capacités de production de force. Les perspectives d’une évaluation de l’intégrité des tissus seront illustrées par de récentes acquisitions multimodales sur un imageur clinique à 7T.

 

27/10/2017 - 13:30 Dual-energy cone-beam CT for proton therapy

Composition du Jury :

PARODI Katia: Professeur des Universités (Rapporteur)

VERHAEGEN Frank: Professeur des Universités (Rapporteur)

DAUVERGNE Denis: Directeur de Recherche (Examinateur)

BISTON Marie-Claude: Docteur (Examinateur)

LETANG Jean Michel: Maître de Conférences HDR (Directeur de thèse)

RIT Simon: Chargé de Recherche (Co-Directeur de thèse)

27/10/2017 - 15:00 Single-pixel imaging: development and applications of adaptive methods

Composition du Jury :

M. BARANIUK Richard Professeur des Universités Rapporteur

M. SOUSSEN Charles Professeur des Universités Rapporteur

M. ARRIDGE Simon Professeur des Universités Examinateur

MME TARONI Paola Professeur des Universités Examinateur

23/10/2017 - 10:30 Recalage de groupes d’images médicales 3D par extraction de points d’intérêt

Composition du Jury :

M. Adrien BARTOLI Professeur des Universités Rapporteur

M. Fabrice HEITZ Professeur des Universités Examinateur

M. Xavier PENNEC Directeur de Recherche Rapporteur

MME Jocelyne TROCCAZ Directeur de Recherche Examinateur

M. Sébastien VALETTE Chargé de Recherche Examinateur

05/10/2017 - 10:00 Traitement et simulations d’images d’IRM de perfusion pour la prédiction de l’évolution de la lésion ischémique dans l’AVC

Composition du Jury :

Mme. Su RUAN PR. Univ ROUEN, rapporteuse

M. Olivier MICHEL PR. Univ GRENOBLE, rapporteur

Mme Stéphanie ALLASSONNIERE PR. Ecole POLYTECHNIQUE, examinatrice

Mme Carole FRINDEL MCF, INSA LYON, co-encadrante

M. Emmanuel GRENIER DR. ENS LYON, co-directeur

M. David ROUSSEAU PR. Université d'ANGERS, Directeur de Thèse

 

19/09/2017 - 14:00 Analyse de la microstructure 3D du tissu cardiaque humain à l’aide de la micro-tomographie à rayons X par contraste de phase.

Composition du Jury :

 

M. Bart BIJNENS Professeur, Université POMPEU-FABRA Rapporteur

Mme Christine FERNANDEZ-MALOIGNE Professeur, Université de POITIERS Rapporteur

M. Theo ARTS Professeur, Université de MAASTRICHT Examinateur

M.  Patrick CLARYSSE Directeur de Recherche CNRS, laboratoire CREATIS Examinateur

M.Pierre-Simon JOUK PUPH, Université JOSEPH FOURIER Examinateur

19/09/2017 - 10:00 Where computational techniques meet clinical practice: understanding the working of the heart in health and disease

Contemporary research in cardiovascular medicine is aimed at both the understanding of the fundamental properties of the cardiovascular system and its changes with disease, as well as providing evidence-based guidelines towards best clinical practice. Linking basic understanding with clinical practice is the objective of translational biomedicine, in which "reality-driven" research is key, underlining the concept that direct human observations are essential for the study of hypotheses relevant to human reality [Mankoff S, Journal of Translational Medicine 2004].

11/09/2017 - 14:00 Unsupervised Models forWhite Matter Fiber-Bundles Analysis in Multiple Sclerosis

Composition du Jury :

Thiran Jean-Philippe                                                                      Rapporteur

Professeur, École polytechnique fédérale de Lausanne

Achard Sophie                                                                                Rapporteur

Chargé de Recherche CNRS, Université Grenoble Alpes

Cotton François                                                                              Examinateur

29/11/2016 - 10:00 Optimisation et pilotage de sondes parcimonieuses 2D pour l’imagerie ultrasonore 3D temps-réel

Résumé : "Aujourd’hui l’utilisation de l’échographie 3D en cardiologie est limitée car l’imagerie de la totalité du myocarde sur un cycle cardiaque, sans apnée, reste un défi technologique. Une solution consiste à réduire le nombre de capteurs dans les sondes échographiques matricielles afin d'alléger le procédé d’acquisition: ces sondes sont dites parcimonieuses.

02/06/2017 - 12:00 CLUB des Développeurs

12h-13h

Développement ultra rapide d'une interface Matlab pour tester les paramètres numériques d'une fonction par Clément Daviller (développeur dans l'industrie puis doctorant à CREATIS).

Session interactive : lambda-calcul ou comment compiler des programmes avec du papier et votre crayon (à amener!) par Pierre Gueth.

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19/05/2017 - 10:00 « Accelerated Clinical Prompt Gamma simulations for Proton Therapy »

The first part of this PhD program is the development, analysis and release of a variance reductionmethod for the simulation of prompt gammas (PGs) in clinical proton therapy simulations. Thevariance reduction method (named vpgTLE) is a two-stage track length estimation methoddeveloped to estimate the PG yield in voxelized volumes. As primary particles are propagatedthroughout the patient CT, the PG yields are computed at each step, resulting in a voxelized imageof PG production yield.

19/05/2017 - 12:00 CLUB des Développeurs

12h-13h

GitHub et l'intégration continue (Travis/Appveyor) par Eric Boix (ingénieur de recherche au LIRIS).

AddressSanitizer & ThreadSanitizer, des alternatives rapides à valgrind par Fabrice Bellet (ingénieur de recherche à CREATIS).

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05/05/2017 - 12:00 CLUB des Développeurs

12h-13h

Retour sur les "bonnes" pratiques de partage de code dans l'équipe 3 par François Varray et Hervé Liebgott.

De l'intérêt du développement en Open Source, l'exemple de GDCM par Jean-Pierre Roux.

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18/04/2017 - 14:00 Simulation numérique de la propagation des ondes dans les tissus mous - Application à l’élastographie transitoire par US
10/04/2017 - 09:00 Journée des Doctorants de Première Année

09h00-09h20 PERROT Vincent : Imagerie ultrasonore rapide et modélisation du mouvement vectoriel de la paroi des vaisseaux et du flux (H.Liebgott, D. Vray) Équipe 3

09h20-09h40 POLICHETTI Maxime : Suivi spatio-temporel 3D de la cavitation par imagerie ultrasonore: application au guidage et contrôle de gestes de thérapie (C.Cachard) Équipe 3

07/04/2017 - 11:00 Clinical quantitative susceptibility mapping (QSM): Biometal imaging and its emerging roles in patient care

Les travaux de recherche du Dr Wang sont centrés sur l'application de la mathématique, de la physique, de l’ingénierie électronique et de l'informatique dans le développement d'outils visant à améliorer le diagnostique clinique.

 http://vivo.med.cornell.edu/display/cwid-yiwang 

07/04/2017 - 12:00 CLUB des Développeurs

Recalage de corps entiers (une centaine de CT-scan 3D) par extraction de points d'intérêt via des optimisations CPU en C/C++ (OpenMP, instructions SIMD, ...) par Rémi Agier.

Comment la documentation peut ressusciter votre code (Elavisu) par Eduardo Davila.

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05/04/2017 - 10:30 Conception et développement d'une sonde portable universelle pour l’imagerie optoacoustique-ultrasonore 3D

 L'hybridation de l'imagerie optoacoustique et de l'imagerie ultrasonore pourrait fournir, en plus des informations morphologiques, des informations fonctionnelles et métaboliques des tissus. Cette thèse est principalement consacrée à la conception et à la caractérisation d'une sonde universelle pour l'imagerie volumétrique optoacoustique-ultrasons et le développement d'un algorithme de reconstruction adapté aux contraintes physiques provenant de la conception du système.

23/03/2017 - 14:00 Séminaire : Estimation du risque de fracture dans le cas d'un os métastasé
24/03/2017 - 12:00 CLUB des Développeurs

Illustration de la Programmation Orientée Objet (POO) en Matlab au travers d'un gestionnaire de figures : création d'un singleton, initialisation des figures, création d’événements communs par Clément Daviller.

Liberté, légalité, efficacité : de Matlab à (num)Python, retour d'expérience par Fabien Millioz.

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10/03/2017 - 12:00 CLUB des Développeurs

Quelques exemples de post-traitement de maillages cardiaques avec VTK par Nicolas Duchateau.

Intégration continue : retour d'expérience suite à la mise en place d'un dashboard CDash s'assurant de la compilation multiplateforme et du passage d'une batterie de tests par Claire Mouto

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14/02/2017 - 08:45 Assemblée Générale du Laboratoire CREATIS

8h45 : Accueil

9h15-10h15 : Informations unités

-Informations générales (O. BEUF) (15’+15’)

-Présentation du budget exécuté 2016 et prévisionnel 2017 (S. VIGNON) (10’+5’)

- Règles et procédures (S. VIGNON) (10’+5’)

10h15-11h15 : Profils et projets de recherche des chercheurs et enseignants chercheurs recrutés en 2016

- Nicolas DUCHATEAU : Traitement d’images multi-modalités/dimensionnelles et modélisation (15’+5’)

10/02/2017 - 12:00 CLUB des Développeurs

Une introduction à Docker par Sorina Pop.

Cas d'utilisation de Docker par Geoffroy Berret.

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27/01/2017 - 12:00 CLUB des Développeurs

Tester la compilation de vos logiciels facilement avec Travis : l'exemple de vv par Thomas Baudier.

Système de Trig respiratoire sur une base Arduino : le temps réel à la rescousse de vos manips par Denis Grenier.

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13/01/2017 - 12:00 CLUB des Développeurs

Using Python from Matlab par Simon Rit.

Finite-element modelling of the left ventricle using Abaqus and object-oriented programming in Matlab par Kenny Rumindo.

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