Séminaires passés et présentations à CREATIS

Date Titre Lieu / Résumé
28/06/2018 - 15:00 Recent research on brain-inspired Modeling and its applications

Given a few labelled samples, semi-supervised learning generally performs much better than supervised learning, semi-supervised learning algorithms are more robust to noise. Label Prediction via Deformed Graph Laplacian for Semi-supervised Learning is presented.  A novel curriculum learning approach, dubbed multi-modal curriculum learning, to optimize the quality of semi-supervised image classification is proposed.

NeuCube, a spiking neural network architecture, is presented for FMRI data analysis of Brain cognition, and for obstacle avoidance in prosthetic vision.

22/06/2018 - 10:00 Blood flow dynamics in cerebral aneurysms: numerical and experimental models based on 4D Flow MRI

Cerebral aneurysms are dilatations of arteries feeding the brain that can present a danger of rupture, brain compression, and thrombotic occlusion of downstream vessels. A number of studies demonstrated that progression of cerebral aneurysms is affected by hemodynamic forces. Intra-aneurysmal flow dynamics can be quantified with in vivo MRI velocimetry (4D Flow MRI) or with patient-specific models based on imaging data.

14/06/2018 - 14:00 Modèles physiques de séparation de phase pour la segmentation : application à l’échographie 3D

Nous proposons un nouvel algorithme de segmentation pour des images échographiques 3D reposant sur la méthode dite des champs de phase. Pour cela, nous considérons un modèle variationnel dont le terme de régularisation est donné par l’équation de réaction-diffusion d’Allen-Cahn. Cette équation vise à modéliser les processus de séparation de phases, par exemple dans les fluides binaires.

28/06/2018 - 13:30 Analyse multirésolution et optimisation non lisse pour la segmentation de texture/Combining multiresolution analysis and non-smooth optimization for texture segmentation

Résumé : La segmentation d'images texturées continue de présenter un challenge majeur en traitement d'images quand les textures rencontrées sont de type stochastiques. Dans cet exposé, nous aborderons cette question par le couplage entre analyse multirésolution et outils d’optimisation non lisse. Nous présenterons tout d'abord les approches usuelles en deux temps estimation/segmentation puis nous expliciterons les modèles développés permettant d'effectuer les deux étapes de façon jointe.

31/05/2018 - 09:00 Journée des Doctorants de première Année
09h00-09h20: Charly Caredda: Imagerie optique hyper-spectrale clinique et préclinique(Dir : B.Montcel, R.Sablong (équipe 5)

09h20-09h40  Maryam Hammami: Segmentation automatique de masses d’images médicales 3D via apprentissage et vision

par ordinateur (Dir: D. Friboulet, R.Kechichian) (équipe 2)

01/06/2018 - 18:46 CLUB des Développeurs

12h12-13h13

How to make the most of MUST? par Damien Garcia (Chargé de Recherche à CREATIS).

Quelques aspects méconnus de GDB : break conditions, break commands, watchpoints, convenience variables, altering execution… par Fabrice Bellet (Ingénieur de Recherche à CREATIS).

Page intranet du CLUB des Développeurs.

04/05/2018 - 12:12 CLUB des Développeurs

12h12-13h13

Comment exploiter à distance vos résultats du cluster sur votre poste de travail? (résultats de calcul, VTK, 2D, 3D, web) par Eduardo Davila (Ingénieur de Recherche à CREATIS).

Building software with CMake par David Parsons (Ingénieur de Recherche chez INRIA).

Page intranet du CLUB des Développeurs.

11/12/2017 - 14:00 Spectroscopie de fluorescence et imagerie optique pour l'assistance à la résection de gliomes: conception et caractérisation de systèmes de mesure et modèles de traitement des données associées, sur fantômes et au bloc opératoire

Composition du jury :

- Mme DA SILVA Anabela, Chargée de Recherche, CNRS Marseille; (Rapporteur)

-M. GIOUX Sylvain, Professeur des Universités, Université de Strasbourg; (Rapporteur )

-Mme LAHRECH Hana, Chargée de Recherche, INSERM Grenoble; (Examinateur)

-Mme LE BOUQUIN JEANNES Régine, Professeure des Universités, Université de Rennes 1; (Examinateur)

18/04/2018 - 13:30 Evaluation de la recanalisation au cours des accidents ischémiques cérébraux : intérêt de la séquence IRM en T2* et de la spectroscopie de proche infra-rouge

Composition du Jury :

Pr Yannick BEJOT (Université de Bourgogne / CHU de Dijon) Rapporteur

Pr Mikaël MAZIGHI (Université Paris 7 / AP HP) Rapporteur

Pr Emmanuelle CANET SOULAS (Université Lyon 1) Examinatrice

Dr Anne Claire LUKASZEWICZ (Université Lyon 1 / CHU de Lyon) Examinatrice

Pr Tarek SHARSHAR (Université Versailles Saint Quentin / AP HP) Examinateur

06/04/2018 - 12:12 CLUB des Développeurs

12h12-13h13

GitLab/GitHub : Etat de l'art des forges logicielles par Claire Mouton (Ingénieur de Recherche à CREATIS). Panorama et description des usages collaboratifs et des solutions d'hébergement

Utilisation des conteneurs dans la recherche : de Docker à Singularity par Sorina Pop (Ingénieur de Recherche à CREATIS).
 
09/03/2018 - 12:12 CLUB des Développeurs
12h12-13h13
 
Outils pour le développement et l'utilisation de codes de calcul scientifique par Anne Cadiou (Ingénieur de Recherche au LMFA – Ecole Centrale Lyon). 
Les GPUs à l'épreuve de la métrologie par Emmanuel Quemener (Ingénieur de Recherche au Centre Blaise Pascal – ENS Lyon).
 
23/11/2017 - 14:00 Elastographie par Résonance Magnétique : nouvelle méthode d’acquisition fondée sur le contrôle optimal et comparaison de l’ERM avec une technique de rhéologie haute-fréquence

Compostion du Jury :

Mme BENSAMOUN Sabine Chargée de Recherche CNRS (HDR) (Rapporteur)

M. FRANCONI Jean-Michel Professeur des Universités (Rapporteur)

M. SAINT-JALMES Hervé Professeur des Universités Praticien Hospitalier (Examinateur)

M. TSE VE KOON Kévin Maître de Conférences (Encadrant)

Mme BRUSSEAU Elisabeth Chargée de Recherche CNRS (Encadrant)

21/03/2018 - 14:00 Environmental Multiway data mining

Although array factorization methods have been vastly investigated as a source separation tool in disparate areas like chemometrics or remote sensing, studying multiple data set simultaneously, factorizing very large data set and identifying the extracted components solely from their spectra remain challenging tasks.

19/09/2017 - 14:00 Analyse de la microstructure 3D du tissu cardiaque humain à l’aide de la micro-tomographie à rayons X par contraste de phase.

Composition du Jury :

 

M. Bart BIJNENS Professeur, Université POMPEU-FABRA Rapporteur

Mme Christine FERNANDEZ-MALOIGNE Professeur, Université de POITIERS Rapporteur

M. Theo ARTS Professeur, Université de MAASTRICHT Examinateur

M.  Patrick CLARYSSE Directeur de Recherche CNRS, laboratoire CREATIS Examinateur

M.Pierre-Simon JOUK PUPH, Université JOSEPH FOURIER Examinateur

11/09/2017 - 14:00 Unsupervised Models forWhite Matter Fiber-Bundles Analysis in Multiple Sclerosis

Composition du Jury :

Thiran Jean-Philippe                                                                      Rapporteur

Professeur, École polytechnique fédérale de Lausanne

Achard Sophie                                                                                Rapporteur

Chargé de Recherche CNRS, Université Grenoble Alpes

Cotton François                                                                              Examinateur

19/05/2017 - 10:00 « Accelerated Clinical Prompt Gamma simulations for Proton Therapy »

The first part of this PhD program is the development, analysis and release of a variance reductionmethod for the simulation of prompt gammas (PGs) in clinical proton therapy simulations. Thevariance reduction method (named vpgTLE) is a two-stage track length estimation methoddeveloped to estimate the PG yield in voxelized volumes. As primary particles are propagatedthroughout the patient CT, the PG yields are computed at each step, resulting in a voxelized imageof PG production yield.

05/04/2017 - 10:30 Conception et développement d'une sonde portable universelle pour l’imagerie optoacoustique-ultrasonore 3D

 L'hybridation de l'imagerie optoacoustique et de l'imagerie ultrasonore pourrait fournir, en plus des informations morphologiques, des informations fonctionnelles et métaboliques des tissus. Cette thèse est principalement consacrée à la conception et à la caractérisation d'une sonde universelle pour l'imagerie volumétrique optoacoustique-ultrasons et le développement d'un algorithme de reconstruction adapté aux contraintes physiques provenant de la conception du système.

27/10/2017 - 13:30 Dual-energy cone-beam CT for proton therapy

Composition du Jury :

PARODI Katia: Professeur des Universités (Rapporteur)

VERHAEGEN Frank: Professeur des Universités (Rapporteur)

DAUVERGNE Denis: Directeur de Recherche (Examinateur)

BISTON Marie-Claude: Docteur (Examinateur)

LETANG Jean Michel: Maître de Conférences HDR (Directeur de thèse)

RIT Simon: Chargé de Recherche (Co-Directeur de thèse)

23/10/2017 - 10:30 Recalage de groupes d’images médicales 3D par extraction de points d’intérêt

Composition du Jury :

M. Adrien BARTOLI Professeur des Universités Rapporteur

M. Fabrice HEITZ Professeur des Universités Examinateur

M. Xavier PENNEC Directeur de Recherche Rapporteur

MME Jocelyne TROCCAZ Directeur de Recherche Examinateur

M. Sébastien VALETTE Chargé de Recherche Examinateur

09/02/2018 - 12:12 CLUB des Développeurs
12h12-13h13
 
Fitting curves using Excel par Maciej Orkisz.
 
Disruptif or not disruptif, the GPU ? par Emmanuel Quemener (Centre Blaise Pascal – ENS Lyon).
 
08/02/2018 - 16:38 Assemblée Générale du Laboratoire

Programme :

8h30-9h00 : Informations unités- Informations générales (O. BEUF) (10’+5’)- Présentation du budget exécuté 2017 et prévisionnel 2018 (S. VIGNON) (10’+5’)

9h00-9h30 : Profils et projets de recherche des chercheurs ou enseignants chercheurs recrutés en 2017- Damien GARCIA : Évaluation de la fonction diastolique par caractérisation 3-D de l’écoulement intracardiaque (20’+10’)

02/02/2018 - 14:30 Towards model-assisted clinical decision making in cardiac disease

Diagnosis of cardiac disease in the clinic remains difficult due to limited possibilities to extract data from a patient and problems in translating clinical data into the underlying pathological tissue properties. Consequently, diagnosis is based on combining limited patient information with general knowledge on pathophysiology, past experience with similar patients, and clinical guidelines.

23/10/2017 - 14:00 Machine learning for classifying abnormal brain tissue progression based on multi-parametric Magnetic Resonance data

Composition du Jury :

Monsieur J. VANDEWALLE , Igénieur de Recherche (Président ) 

Madame S. VAN HUFFEL, Igénieur de Recherche, (superviseur) 

Monsdieur D. SAPPEY-MARINIER, Maitre de Conférence, (Directeur de Thèse) 

Monsieur D.M. SIMA, Ingénieur de Recherche (co-superviseur) 

Madame C. Frindel, Maitre de Conférence, (Co Directeur de Thèse) 

01/12/2017 - 12:12 CLUB des Développeurs

12h12-13h13

Reprise du CLUB des Développeurs. Venez exprimer vos attentes et vos propositions de contenu pour l'année à venir!

Retour d'expérience par Bertrand David (ingénieur au Laboratoire des Matériaux Avancés) :

Etat de l'art des forges logicielles par Claire Mouton (ingénieur à CREATIS) : Panorama et description des usages collaboratifs et des solutions d'hébergement

Page intranet du CLUB des Développeurs.

12/01/2018 - 12:12 CLUB des Développeurs

12h12-13h13

Démonstration et session pratique : Générateur, promesse et calcul asynchrone en javascript par Pierre Gueth.

Parallel image reconstruction for ultrasound echography, in the: MATLAB, UNIX shell, pbs job scheduler and CREATIS cluster environments par Denis Bujoreanu

Page intranet du CLUB des Développeurs.

18/12/2017 - 09:00 Exploitation des effets électro-optiques pour la sécurité en IRM : applications des liaisons optiques pour des capteurs RF endoluminaux et des sondes de mesure du TAS

Composition du jury :

- Monsieur LEVEQUE Philippe, Directeur de recherche CNRS, Université de Limoges; (Rapporteur)

-Monsieur SAINT-JALMES Hervé, Professeur et Praticien Hospitalier, Université de Rennes; (Rapporteur)

-Madame COURJAL Nadège, Maître de conférences, Université Franche-Comté; (Examinateur)

22/12/2017 - 10:00 Imagerie ultrasonore ultra-rapide dédiée à la quantification 3D du mouvement cardiaque

Composition du jury :

Monsieur PERNOT Mathieu, Directeur de Recherche, INSERM Paris ; (Examinateur)

Madame PETITJEAN Caroline, Maître de Conférences - HDR, Université de Rouen ; (Rapporteur)

Monsieur SARRY Laurent, Professeur des Universités, Université Clermont Auvergne ; (Rapporteur)

Monsieur LIEBGOTT Hervé, Professeur des Universités, Université Lyon 1 ;

30/11/2017 - 10:30 L'imagerie ultrasonore de la thrombolyse ultrasonore

Composition du jury :

- Madame ALBOUY-KISSI Adelaide, Maître de Conférences, Université d'Auvergne (Examinatrice)

Monsieur AUBRY Jean-Francois, Directeur de Recherche, CNRS PARIS (Rapporteur)

Monsieur BERA Jean-Christophe, Professeur des Universités, Université Lyon 1 (co-Directeur de Thèse)

Madame BRIDAL Lori, Directrice de Recherche, CNRS PARIS (Examinatrice)

16/11/2017 - 12:00 Évaluation de l'intégrité du muscle strié squelettique par imagerie et spectroscopie de résonance magnétique

Cette présentation exposera les résultats d’une étude évaluant l’impact de dommages musculaires induits par électrostimulation neuromusculaire sur la structure et le métabolisme énergétique du muscle strié squelettique au regard des capacités de production de force. Les perspectives d’une évaluation de l’intégrité des tissus seront illustrées par de récentes acquisitions multimodales sur un imageur clinique à 7T.

 

30/11/2017 - 11:00 Recent advances at the VITALab : solving video analytic and medical imaging problems trough deep learning methods

This presentation summarizes the latest scientific advances that occurred at the VITALab (Sherbrooke, Canada) and underline unsolved questions that we ought to work on in the upcoming years.  In the last two years, the VITALab (like a large proportion of the digital imaging community) has been carried by the deep learning wave.  Work has been done in various areas of video analytics as well as medical imaging.  This includes traffic analytics, motion detection, background estimation, brain tumor segmentation, and MRI cardiac analysis.

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