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Journal Article

  1. [BOUI-13]G. Bouilhol, Ayadi, M., Rit, S., Thengumpallil, S., Schaerer, J., Vandemeulebroucke, J., Claude, L., et Sarrut, D., « Is abdominal compression useful in lung stereotactic body radiation therapy? A 4DCT and dosimetric lobe-dependent study. », Physica medica, vol. 29, nᵒ 4, p. 333-40, 2013.
    http://www.creatis.insa-lyon.fr/~srit/biblio/bouilhol2013.pdf
  2. [SCHA-12]J. Schaerer, Fassi, A., Riboldi, M., Cerveri, P., Baroni, G., et Sarrut, D., « Multi-dimensional respiratory motion tracking from markerless optical surface imaging based on deformable mesh registration », Physics in Medicine and Biology, vol. 57, p. 357-373, 2012.PDF icon Schaerer et al._2011_Multi-dimensional respiratory motion tracking from markerless optical surface imaging based on deformable mesh registration.pdf (2.04 MB)
    http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut/articles/Schaerer2011.pdf
  3. [FASSI-12]A. Fassi, Riboldi, M., Baroni, G., Schaerer, J., et Sarrut, D., « In Regard to Yang et al », International Journal of Radiation Oncology * Biology * Physics, vol. 84, 2012.PDF icon Fassi et al._2012_In regard to Yang et al.pdf (45.89 KB)
  4. [BARB-12a]D. C. Barbosa, Dietenbeck, T., Schaerer, J., D'hooge, J., Friboulet, D., et Bernard, O., « B-Spline Explicit Active Surfaces: An efficient framework for real-time 3D region-based segmentation », IEEE Transactions on Image Processing, vol. 21, p. 241-251, 2012.
  5. [SCHA-10]J. Schaerer, Casta, C., Pousin, J., et Clarysse, P., « A dynamic elastic model for segmentation and tracking of the heart in MR image sequences », Med Image Anal, vol. 14, p. 738-749, 2010.
  6. [ROUC-07]Y. Rouchdy, Pousin, J., Schaerer, J., et Clarysse, P., « A nonlinear elastic deformable template for soft structure segmentation: application to the heart segmentation in MRI », Inverse Problems, vol. 23, p. 1017–1035, 2007.

Conference Paper

  1. [CAST-11b]C. Casta, Clarysse, P., Pousin, P., Schaerer, J., Croisille, P., et Zhu, Y. M., « Driving Dynamic Cardiac Model Adaptation with MR-Tagging Displacement Information », in FIMH, New-York, USA, 2011, p. 137-144.
  2. [RIT-11b]S. Rit, Pinho, R., Delmon, V., Pech, M., Bouilhol, G., Schaerer, J., Navalpakkam, B., Vandemeulebroucke, J., Seroul, P., et Sarrut, D., « VV, a 4D slicer », in Proceedings of the Fourth International Workshop on Pulmonary Image Analysis, Toronto, Canada, 2011, p. 171–175.
    http://www.creatis.insa-lyon.fr/~srit/biblio/rit2011b.pdf
  3. [SCHA-11]J. Schaerer, Fassi, A., Riboldi, M., Baroni, G., et Sarrut, D., « Time-consistent parametrization from dynamic optical surface detection for respiratory motion recovery in radiation oncology », in ESTRO, 2011, vol. 99, p. S454.
  4. [FASSI-11]A. Fassi, Schaerer, J., Riboldi, M., Sarrut, D., et Baroni, G., « A novel CT-based contrast enhancement technique for markerless lung tumor tracking in X-ray projection images », in ESTRO, 2011, vol. 99, p. S217.
  5. [CASTA-11]C. Casta, Clarysse, P., Pousin, J., Schaerer, J., Croisille, P., et Zhu, Y. M., « Driving Dynamic Cardiac Model Adaptation with MR-Tagging Displacement Information », in FIMH 2011, 2011, p. 137-144.
  6. [CAST-11a]C. Casta, Clarysse, P., Pousin, J., Schaerer, J., Croisille, P., et Zhu, Y. M., « Motion constrained cardiac model retrieval from MR Imaging », in RITS, Rennes, France, 2011.
  7. [GREZ-10]L. Grèzes-Besset, Schaerer, J., Clarysse, P., et Sarrut, D., « Fluoroscopic Block-Matching-based mean position tracking of respiratory motion for lung cancer radiotherapy », in ESTRO, 2010, vol. 96, nᵒ S5-656-S654-Sup1, p. S5-656-S654-Sup1.
    http://download.journals.elsevierhealth.com/pdfs/journals/0167-8140/PIIS0167814010800799.pdf
  8. [VAND-10c]J. Vandemeulebroucke, Rit, S., Schaerer, J., et Sarrut, D., « Deformable image registration with automated motion-mask extraction », in Medical Image Analysis for the Clinic: A Grand Challenge 2010 of the MICCAI Conference, Beijing, 2010.
    http://www.creatis.insa-lyon.fr/~srit/biblio/vandemeulebroucke2010a.pdf
  9. [CAST-10]C. Casta, Clarysse, P., Pousin, J., Schaerer, J., Croisille, P., et Zhu, Y. M., « Incorporating low-level constraints for the retrieval of personalised heart models from dynamic MRI », in Statistical Atlases and Computational Models of the Heart: Mapping Structure and Function (STACOM), MICCAI 2010 Workshop, 2010, vol. LNCS 6364, p. 174-183.
  10. [GREZ-10]L. Grèzes-Besset, Schaerer, J., Clarysse, P., et Sarrut, D., « Apparent motion clustering on Cone-Beam fluoroscopic images for thorax tracking », in International Conference on the Use of Computers in Radiation Therapy (ICCR), Amsterdam, The Netherlands, 2010.PDF icon lgrezesb_paper.pdf (424.91 KB)
  11. [MAHE-09]K. Maheshwari, Glatard, T., Schaerer, J., Delhay, B., Camarasu-Pop, S., Clarysse, P., et Montagnat, J., « Towards Production-level Cardiac Image Analysis with Grids », in HealthGrid'09, Berlin, 2009.PDF icon healthgrid09.pdf (813.4 KB)
  12. [CAST-09]C. Casta, Clarysse, P., Schaerer, J., et Pousin, J., « Evaluation of the Dynamic Deformable Elastic Template model for the segmentation of the heart in MRI sequences », in Midas Journal: MICCAI Workshop - 3D Segmentation in the Clinic: A Grand Challenge III, London, UK, 2009.
  13. [FRIN-09]C. Frindel, Robini, M., Schaerer, J., Croisille, P., et Zhu, Y. M., « Improved global cardiac tractography with simulated annealing », in IEEE ICIP, Cairo, Egypt, 2009, p. 813-816.
  14. [SCHA-08]J. Schaerer, Pousin, J., et Clarysse, P., « A new singular perturbation approach for image segmentation tracking », in Biomedical Imaging: From Nano to Macro, 2008. ISBI 2008. 5th IEEE International Symposium on, 2008, p. 1445–1448.
  15. [SCHA-07b]J. Schaerer, Clarysse, P., et Pousin, J., « A New Dynamic Elastic Model for Cardiac Image Analysis », in Proceedings of the 29th Annual International Conference of the IEEE EMBS, Lyon, France, 2007, p. 4488-4491.
  16. [WANG-07]X. Wang, Schaerer, J., Qian, Z., Metaxas, D., Chen, T., et Axel, L., « Reconstruction of Detailed Left Ventricle Motion Using Deformable Model from Tagged MR Image », in Functional Imaging and Modeling of the Heart, 2007, p. 60-68.
  17. [ROUC-07a]Y. Rouchdy, Pousin, J., Schaerer, J., et Clarysse, P., « A hyperelastic deformable template for cardiac segmentation in MRI », in Functional Imaging and Modeling of the Heart, Salt Lake City, UT, USA, 2007, vol. LNCS 4466, p. 443-452.
  18. [GELA-07a]A. Gelas, Schaerer, J., Bernard, O., Friboulet, D., Clarysse, P., Magnin, I. E., et Prost, R., « Radial Basis Functions Collocation Methods For Model-Based Level-set Segmentation », in IEEE International Conference on Image Processing (ICIP), San Antonio, TX, USA, 2007, vol. 2, p. 237-240.
  19. [SCHA-07a]J. Schaerer, Gelas, A., Prost, R., Clarysse, P., et Magnin, I. E., « Volumetric Mesh Construction From Scattered Prior Data: Application To Cardiac MR Image Analysis », in European Signal Processing Conference, Poznań, Poland, 2007, p. 438-442.
  20. [SCHA-06]J. Schaerer, Qian, Z., Clarysse, P., Metaxas, D., Axel, L., et Magnin, I. E., « Fast and automated creation of patient-specific 3D heart model from tagged MRI », in From Statistical Atlases to Personalized Models: Understanding Complex Diseases in Populations and Individuals, Satellite Workshop MICCAI 2006, Copenhagen, Denmark, 2006, p. 91-94.
  21. [SCHA-05]J. Schaerer, Rouchdy, Y., Clarysse, P., Hiba, B., Croisille, P., Pousin, J., et Magnin, I. E., « Simultaneous Segmentation of the Left and Right Heart Ventricles in 3D Cine MR Images of Small Animals », in Computers In Cardiology, Lyon, France, 2005, p. 231-234.
  22. [POUS-05]J. Pousin, Rouchdy, Y., Picq, M., Schaerer, J., et Clarysse, P., « Constrained 3D elastic model for the segmentation in cardiac MRI », in Computers In Cardiology, Lyon, France, 2005, p. 785-788.

Book Chapter

  1. [GERM-09]C. Germain-Renaud, Breton, V., Clarysse, P., Delhay, B., Gaudeau, Y., Glatard, T., Jeannot, E., Legré, Y., Montagnat, J., Moureaux, J. M., Osorio, A., Pennec, X., Schaerer, J., et Texier, R., « Grid Analysis of Radiological Data », in Handbook of Research on Computational Grid Technologies for Life Sciences, Biomedicine and Healthcare, M. Cannataro IGI, 2009.

Thesis

  1. [SCHA-08b]J. Schaerer, « Segmentation et suivi de structures par modèle déformable élastique non-linéaire. Application à l'analyse automatisée de séquences d'IRM cardiaques », INSA Lyon, 2008.
    P. Clarysse (dir.), I. Magnin (co-dir.), L. Najman (Prés.), J. Pousin, L. Axel, A. Montenvert (rap.) et H. Delingette (rap.)