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Journal Article

  1. [GAIG-14]A. Gaignard, Montagnat, J., Gibaud, B., Forestier, G., et Glatard, T., « Domain-specific summarisation of Life-Science e-experiments from provenance traces », Journal of Web Semantics, vol. 29, p. 19--30, 2014.
  2. [GIBA-14]B. Gibaud, Forestier, G., Benoit-Cattin, H., Cervenansky, F., Clarysse, P., Friboulet, D., Gaignard, A., Hugonnard, P., Lartizien, C., Liebgott, H., Montagnat, J., Tabary, J., et Glatard, T., « OntoVIP: an ontology for the annotation of object models used for medical image simulation », Journal of Biomedical Informatics, vol. 52, p. 279-292, 2014.
  3. [GLAT-13]T. Glatard, Lartizien, C., Gibaud, B., Ferreira da Silva, R., Forestier, G., Cervenansky, F., Alessandrini, M., Benoit-Cattin, H., Bernard, O., Camarasu-Pop, S., Cerezo, N., Clarysse, P., Gaignard, A., Hugonnard, P., Liebgott, H., Marache, S., Marion, A., Montagnat, J., Tabary, J., et Friboulet, D., « A Virtual Imaging Platform for multi-modality medical image simulation », IEEE Transactions on Medical Imaging, vol. 32, p. 110-118, 2013.PDF icon tmi-2012.pdf (487.25 KB)
  4. [ROGE-13]D. Rogers, Harvey, I., Huu, T. T., Evans, K., Glatard, T., Kallel, I., Taylor, I., Montagnat, J., Jones, A., et Harrison, A., « Bundle and Pool Architecture for Multi-Language, Robust, Scalable Workflow Executions », Journal of Grid Computing , vol. 11, p. 457-480, 2013.
    http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs10723-013-9267-2
  5. [LING-09a]D. Lingrand, Glatard, T., et Montagnat, J., « Modeling the latency on production grids with respect to the execution context », Parallel Computing, vol. 35, p. 493-511, 2009.PDF icon lingrand-glatard-etal_2009.pdf (1.13 MB)
    http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0167819109000829
  6. [MONT-08a]J. Montagnat, Glatard, T., Campos, I., Castejon, F., Pennec, X., Giuliano, T., Voznesensky, V., et Vuerli, C., « Workflow-based data parallel applications on the EGEE production grid infrastructure », Journal of Grid Computing, vol. 6, p. 369–383, 2008.
    http://www.springerlink.com/content/n44056t50613p235/
  7. [GLAT-08i]T. Glatard, Montagnat, J., Lingrand, D., et Pennec, X., « Flexible and efficient workflow deployment of data-intensive applications on grids with MOTEUR », Journal of High Performance Computing and Applications, vol. 22, p. 347–360, 2008.
    http://rainbow.polytech.unice.fr/publis/glatard-montagnat-etal:2008.pdf
  8. [GLAT-08j]T. Glatard, Montagnat, J., Emsellem, D., et Lingrand, D., « A Service-Oriented Architecture enabling dynamic services grouping for optimizing distributed workflows execution », Future Gener Comp Sy, vol. 24, p. 720–730, 2008.
    http://dx.doi.org/10.1016/j.future.2008.02.011
  9. [FLOR-07b]L. Flórez-Valencia, Montagnat, J., et Orkisz, M., « 3D models for vascular lumen segmentation in MRA images and for artery-stenting simulation », Innov Tech Biol Med - RBM, vol. 28, p. 65-71, 2007.
  10. [MONT-07]J. Montagnat, Glatard, T., et Lingrand, D., « Texture-based Medical Image Indexing and Retrieval on Grids », Medical Imaging Technology, vol. 25, 2007.
    http://rainbow.polytech.unice.fr/publis/montagnat-glatard-etal:2007.pdf
  11. [MONT-05f]J. Montagnat, Breton, V., et Magnin, I. E., « Partitioning medical image databases for content-based queries on a grid », Methods Inf Med, vol. 44, p. 154-160, 2005.
  12. [MONT-05e]J. Montagnat et Delingette, H., « 4D deformable models with temporal constraints : application to 4D cardiac image segmentation », Med Image Anal, vol. 9, p. 87-100, 2005.
  13. [GERM-05]C. Germain, Breton, V., Clarysse, P., Gaudeau, Y., Glatard, T., Jeannot, E., Legre, Y., Loomis, C., Magnin, I. E., Montagnat, J., Moureau, J. M., Osorio, A., Pennec, X., et Texier, R., « Grid-enabling medical image analysis », J Clin Monit Comput, vol. 19, p. 339-349, 2005.
  14. [FLOR-04b]L. Flórez-Valencia, Montagnat, J., et Orkisz, M., « 3D graphical models for vascular-stent pose simulation », Mach Graph Vision, vol. 13, p. 235-248, 2004.
    http://www.creatis.insa-lyon.fr/~orkisz/articles/florez_MGV_04.pdf
  15. [MONT-04h]J. Montagnat, Bellet, F., Benoit-Cattin, H., Breton, V., Brunie, L., Duque, H., Legre, Y., Magnin, I. E., Miguet, S., Pierson, J. M., Seitz, L., et Tweed, T., « Medical images simulation, storage, and processing on the European DataGrid testbed », Journal of Grid Computing, vol. 2, p. 387-400, 2004.
  16. [MONT-03f]J. Montagnat, Sermesant, M., Delingette, H., et Ayache, N., « 4D cylindrical echocardiographic images anisotropic filtering for model based segmentation », Pattern Recogn Lett, vol. 24, p. 815-828, 2003.
  17. [BRET-03b]V. Breton, Medina, R., et Montagnat, J., « DataGrid, Prototype of a Biomedical Grid », Methods Inf Med, vol. 42, p. 143-148, 2003.

Conference Paper

  1. [CIPI-14]S. Cipière, Ereteo, G., Gaignard, A., Boujelben, N., Gaspard, S., Breton, V., Cervenansky, F., Hill, R. C., Glatard, T., Manset, D., Montagnat, J., Revillard, J., et Maigne, L., « Global Initiative for Sentinel e-Health Network on Grid (GINSENG) Medical data integration and semantic developments for epidemiology », in Workshop on Clusters, Clouds and Grids for Health, In conjunction with CCGrid 2014, 2014.
  2. [GIBA-12]B. Gibaud, Forestier, G., Benoit-Cattin, H., Cervenansky, F., Clarysse, P., Friboulet, D., Gaignard, A., Hugonnard, P., Lartizien, C., Liebgott, H., Montagnat, J., Tabary, J., et Glatard, T., « OntoVIP: an ontology for the annotation of object models used for medical image simulation », in IEEE International Conference on Healthcare Informatics, Imaging and Systems Biology (HISB), La Jolla, California, USA, 2012, p. 110-119.
  3. [MICH-12]F. Michel, Montagnat, J., et Glatard, T., « Technical support for Life Sciences communities on a production grid infrastructure », in HealthGrid 2012, Amsterdam, The Netherlands, 2012, p. 81-90.
    http://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00677839/PDF
  4. [FERR-11]R. Ferreira da Silva, Camarasu-Pop, S., Grenier, B., Hamar, V., Manset, D., Montagnat, J., Revillard, J., Balderrama, J. R., Tsaregorodtsev, A., et Glatard, T., « Multi-infrastructure workflow execution for medical simulation in the Virtual Imaging Platform », in HealthGrid 2011, Bristol, UK, 2011.PDF icon hg11-platform.pdf (856.36 KB)
  5. [MONT-10]J. Montagnat, Glatard, T., Reimert, D., Maheshwari, K., Caron, E., et Desprez, F., « Workflow-based comparison of two Distributed Computing Infrastructures », in 5th Workshop on Workflows in Support of Large-Scale Science (WORKS10), New-Orleans, LA, 2010.PDF icon works10-revision.pdf (345.92 KB)
  6. [MONT-09]J. Montagnat, Isnard, B., Glatard, T., Maheshwari, K., et Blay-Fornarino, M., « A data-driven workflow language for grids based on array programming principles », in Workshop on Workflows in Support of Large-Scale Science(WORKS'09), 2009.
    http://rainbow.polytech.unice.fr/publis/montagnat-isnard-etal:2009.pdf
  7. [MAHE-09]K. Maheshwari, Glatard, T., Schaerer, J., Delhay, B., Camarasu-Pop, S., Clarysse, P., et Montagnat, J., « Towards Production-level Cardiac Image Analysis with Grids », in HealthGrid'09, Berlin, 2009.PDF icon healthgrid09.pdf (813.4 KB)
  8. [LING-09]D. Lingrand, Montagnat, J., et Glatard, T., « Modeling user submission strategies on production grids », in International Symposium on High Performance Distributed Computing (HPDC'09), Munchen, Germany, 2009.PDF icon lingrand-montagnat-etal_2009.pdf (374.77 KB)
  9. [GLAT-08b]T. Glatard, Montagnat, J., et Pennec, X., « A probabilistic model to analyse workflow performance on production grids », in IEEE International Symposium on Cluster Computing and the Grid (CCGrid'08), Lyon, France, 2008, p. 510–517.
    http://rainbow.polytech.unice.fr/publis/glatard-montagnat-etal:2008b.pdf
  10. [LING-08]D. Lingrand, Montagnat, J., et Glatard, T., « Estimating the execution context for refining submission strategies on production grids », in Assessing Models of Networks and Distributed Computing Platforms (ASSESS / ModernBio) (CCGrid'08), Lyon, France, 2008, p. 753–758.
    http://rainbow.polytech.unice.fr/publis/lingrand-montagnat-etal:2008.pdf
  11. [GLAT-08e]T. Glatard, Montagnat, J., et Pennec, X., « A framework for evaluating the impact of compression on registration algorithms without gold standard », in International Conference on Image Processing (ICIP'08), San Diego, California, USA, 2008, p. 2912-2915.
    http://staff.science.uva.nl/ glatard/docs/icip08.pdf
  12. [CAMA-08a]S. Camarasu-Pop, Benoit-Cattin, H., Montagnat, J., et Racoceanu, D., « Grids for Content-Based Medical Image Indexing and Retrieval », in ICT4Health, Oncomedia, Manila, The Philippines, 2008.
  13. [GLAT-08c]T. Glatard et Montagnat, J., « Implementation of Turing machines with the Scufl data-flow language », in 3rd International Workshop on Workflow Systems in e-Science (WSES'08), Lyon, France, 2008.
    http://rainbow.polytech.unice.fr/publis/glatard-montagnat:2008.pdf
  14. [GLAT-06a]T. Glatard, Pennec, X., et Montagnat, J., « Performance evaluation of grid-enabled registration algorithms using bronze-standards », in Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention (MICCAI'06), Copenhagen, Denmark, 2006, p. 152–160.
    http://www.i3s.unice.fr/ johan/publis/MICCAI06.pdf
  15. [GLAT-06f]T. Glatard, Montagnat, J., et Pennec, X., « Medical image registration algorithms assessment: Bronze Standard application enactment on grids using the MOTEUR workflow engine », in HealthGrid'06, Valencia, Spain, 2006, p. 93–103.
    http://www.i3s.unice.fr/ johan/publis/HealthGrid06b.pdf
  16. [GLAT-06e]T. Glatard, Montagnat, J., et Pennec, X., « Probabilistic and dynamic optimization of job partitioning on a grid infrastructure », in 14th euromicro conference on Parallel, Distributed and network-based Processing (PDP06), Montbéliard-Sochaux, France, 2006, p. 231–238.
    http://www.i3s.unice.fr/ johan/publis/PDP06.pdf
  17. [MONT-06]J. Montagnat, Glatard, T., et Lingrand, D., « Data composition patterns in service-based workflows », in Workshop on Workflows in Support of Large-Scale Science (WORKS'06), Paris, France, 2006.
    http://rainbow.polytech.unice.fr/publis/montagnat-glatard-etal:2006.pdf
  18. [GLAT-06d]T. Glatard, Montagnat, J., et Pennec, X., « Efficient services composition for grid-enabled data-intensive applications », in IEEE International Symposium on High Performance Distributed Computing (HPDC'06), Paris, France, 2006, p. 333–334.
    http://www.i3s.unice.fr/ johan/publis/HPDC06.pdf
  19. [GLAT-06c]T. Glatard, Emsellem, D., et Montagnat, J., « Generic web service wrapper for efficient embedding of legacy codes in service-based workflows », in Grid-Enabling Legacy Applications and Supporting End Users Workshop (GELA'06), Paris, France, 2006, p. 44–53.
    http://www.i3s.unice.fr/ johan/publis/GELA06.pdf
  20. [GLAT-06b]T. Glatard, Montagnat, J., et Pennec, X., « An experimental comparison of Grid5000 clusters and the EGEE grid », in Workshop on Experimental Grid testbeds for the assessment of large-scale distributed applications and tools (EXPGRID'06), Paris, France, 2006.
    http://www.i3s.unice.fr/ johan/publis/EXPGRID06.pdf
  21. [GLAT-05a]T. Glatard, Montagnat, J., et Pennec, X., « Grid-enabled workflows for data intensive medical applications », in 18th IEEE International Symposium on Computer-Based Medical Systems (CBMS), Dublin, Ireland, 2005, p. 537-542.
    http://www.i3s.unice.fr/ johan/publis/CBMS05.pdf
  22. [VARE-05]S. Varette, Georget, S., Montagnat, J., Roch, J. L., et Leprevost, F., « Distributed Authentication in GRID5000 », in Grid Computing and its Application to Data Analysis (GADA'05), Agia Napa, Chyprus, 2005.
  23. [PIER-05]J. M. Pierson, Seitz, L., Duque, H., et Montagnat, J., « MetaData for Efficient, Secure and Extensible Access to Data in a Medical Grid », in Database and Expert System Applications (DEXA'04), Zaragoza, Spain, 2005, p. 562-566.
  24. [GERM-05a]C. Germain, Breton, V., Clarysse, P., Gaudeau, Y., Glatard, T., Jeannot, E., Legré, Y., Loomis, C., Montagnat, J., Moureaux, J. M., Osorio, A., et Texier, R., « Grid-enabling medical image analysis », in Biogrid'05, proceedings of the IEEE/ACM International Symposium on Cluster Computing and the Grid, Cardiff, UK, 2005.
    http://www.cse.uconn.edu/ huang/BioGrid-05/
  25. [MONT-04]J. Montagnat, Breton, V., et Magnin, I. E., « Partitionning medical image databases for content-based queries on a grid », in Proc. of Healthgrid'04, Clermont-Ferrand, France, 2004.
  26. [HILL-04]D. Hill, Pennec, X., Burns, M., Parkin, M., Hajnal, J., Stefanescu, R., Rueckert, D., et Montagnat, J., « Intraoperable Medical Image Registration Grid Service », in Proc. of HealthGrid'04, Clermont-Ferrand, France, 2004.
  27. [GLAT-04]T. Glatard, Montagnat, J., et Magnin, I. E., « Texture based medical image indexing and retrieval: application to cardiac imaging », in Proceedings of ACM Multimedia 2004, workshop on Multimedia Information Retrieval (MIR), New York, NY, USA, 2004, p. 135–142.
    http://www.i3s.unice.fr/ johan/publis/MIR04.pdf
  28. [BRET-04]V. Breton, Blanchet, C., Maigne, L., et Montagnat, J., « Grid technology for biomedical applications », in VECPAR'04, Valencia, Spain, 2004.
  29. [QIU-04]B. Qiu, Clarysse, P., Montagnat, J., Janier, M., et Vray, D., « Comparison of 3D Deformable Models For in vivo Measurements of Mouse Embryo from 3D Ultrasound Images », in IEEE International Ultrasonics Symposium, Montréal, Canada, 2004, p. 748-751.
  30. [VICA-04]P. Vicat-Blanc, Montagnat, J., et Chanussot, F., « Flexible and Dynamic Control of Network QoS in Grid environments: the QoSINUS approach », in Proceedings of Cluster'04, San Diego, USA, 2004.
  31. [CHAR-03]A. Charnoz, Lingrand, D., et Montagnat, J., « A LevelSet Based Method for Segmenting the Heart in 3D+T gated SPECT images », in Functional Imaging and Modeling of the Heart (FIMH'03), Lyon, France, 2003, vol. 2674, p. 50-59.
  32. [MONT-03c]J. Montagnat, Duque, H., Pierson, J. M., Breton, V., Brunie, L., et Magnin, I. E., « Medical Image Content-Based Queries using the Grid », in HealthGrid'03, Lyon, France, 2003, p. 138-147.
  33. [DUQU-03]H. Duque, Montagnat, J., Pierson, J. M., Brunie, L., et Magnin, I. E., « DM2: A Distributed Medical Data Manager for Grids », in Biogrid'03, proceedings of the IEEE CCGrid03, Tokyo, Japan, 2003, p. 606-611.
  34. [MONT-03b]J. Montagnat, Breton, V., et Magnin, I. E., « Using grid technologies to face medical image analysis challenges », in Biogrid'03, proceedings of the IEEE CCGrid03, Tokyo, Japan, 2003, p. 588-593.
  35. [MONT-03d]J. Montagnat, Dávila Serrano, E. E., et Magnin, I. E., « Efficient visualization of 3D medical scenes for remote interactive applications », in ISPA'03, Roma, Italy, 2003.
  36. [BENO-03]H. Benoit-Cattin, Bellet, F., Montagnat, J., et Odet, C., « Magnetic Resonance Imaging (MRI) Simulation on a Grid Computing Architecture », in Biogrid'03, proceedings of the IEEE CCGrid03, Tokyo, Japan, 2003, p. 582-587.
  37. [FLOR-02]L. Flórez-Valencia, Montagnat, J., et Orkisz, M., « 3D graphical models for vascular-stent pose simulation », in Int Conf Comput Vision Graphics, Zakopane, Poland, 2002, p. 259-266.
  38. [VRAY-02]D. Vray, Discher, A., Le Floc'h, J., Mai, W., Clarysse, P., Pham, Q. C., Montagnat, J., et Janier, M., « 3D quantification of ultrasound images : application to mouse embryo imaging in vivo », in IEEE International Ultrasonics Symposium (UFFC), Munich, Germany, 2002.
  39. [MONT-02]J. Montagnat, Dávila Serrano, E. E., et Magnin, I. E., « 3D objects visualization for remote interactive medical applications », in 3D Data Visualization, Processing, and Transmission (3DPVT'02), Padova, Italy, 2002, p. 75-48.

Conference Proceedings

  1. [GESI-12]S. Gesing, Glatard, T., Krüger, J., Olabarriaga, S. D., Solomonides, T., Silverstein, C., Montagnat, J., Gaignard, A., et Krefting, D., « HealthGrid Applications and Technologies meet Science Gateways for Life Sciences, proceedings of HealthGrid 2012 », HealthGrid, vol. 175. 2012.
  2. [MAGN-03]I. E. Magnin, Montagnat, J., Clarysse, P., Nenonen, J., et Katila, T., « Proceedings of the Second International Workshop on Functional Imaging and Modeling of the Heart (FIMH'03), LNCS 2674, 300 pages ». Springer Verlag, Publ, Some City, Some Country, 2003.
  3. [KATI-01]T. Katila, Magnin, I. E., Clarysse, P., Montagnat, J., et Nenonen, J., « Proceedings of the First International Workshop on Functional Imaging and Modeling of the Heart (FIMH'01), LNCS 2432, 158 pages », Lecture Notes in Computer Sciences, LNCS 2432. Springer Verlag, Publ., Some City, Some Country, 2001.

Book Chapter

  1. [GERM-09]C. Germain-Renaud, Breton, V., Clarysse, P., Delhay, B., Gaudeau, Y., Glatard, T., Jeannot, E., Legré, Y., Montagnat, J., Moureaux, J. M., Osorio, A., Pennec, X., Schaerer, J., et Texier, R., « Grid Analysis of Radiological Data », in Handbook of Research on Computational Grid Technologies for Life Sciences, Biomedicine and Healthcare, M. Cannataro IGI, 2009.

Invited Conference

  1. [MAGN-06a]I. E. Magnin et Montagnat, J., « The grid and the biomedical community: achievements and open issues », EGEE user Forum. Genève, Switzerland, 2006.
  2. [MAGN-06b]I. E. Magnin, Benoit-Cattin, H., et Montagnat, J., « Medical grids », AIRS'06 Asia Information Retrieval Symposium. Singapore, Singapore, 2006.

Miscellaneous

  1. [GIBA-12]B. Gibaud, Forestier, G., Benoit-Cattin, H., Cervenansky, F., Clarysse, P., Friboulet, D., Gaignard, A., Hugonnard, P., Lartizien, C., Liebgott, H., Montagnat, J., Tabary, J., et Glatard, T., « Design of an ontology for the annotation of object models used for medical image simulation ». Lyon, 2012.
  2. [GLAT-09c]T. Glatard, Camarasu-Pop, S., Benoit-Cattin, H., Clarysse, P., Montagnat, J., Moscicki, J., Olabarriaga, S., et Sarrut, D., « Integrating pilot-jobs, workflows and virtual resource browser to foster medical image analysis on EGEE ». Catania, Italie, 2009.
  3. [LING-08a]D. Lingrand, Montagnat, J., et Glatard, T., « Estimation of latency on production grid over several weeks ». Oncomedia, Manila, Philippines, 2008.
    http://rainbow.polytech.unice.fr/publis/lingrand-montagnat-etal:2008a.pdf
  4. [BRET-03a]V. Breton, Medina, R., et Montagnat, J., « DataGrid, Prototype of a Biomedical Grid ». 2003.