[Dcmlib] libgdcm.so : images syngo MR

[Jean-Pierre ROUX]

At 19:14 +0200 25/04/05, Olivier Stern wrote:
>En fait, ce n'est pas vraiment une image à proprement parler. La mise au
>format dicom des fichiers csi est faite pour pouvoir transférer les fichiers
>entre les machines médicales. Mais ce que contient le fichier est en fait
>une série de voxels pour lesquels on a fait un spectro.

En effet, ce ne sont pas des images (il n'y a meme pas Nb Lignes, Nb 
Colonnes, etc).C'est surement pour ca qu'ils ont créé un 'SOP Class 
UID' privé, qu'ils ont nommés 'SIEMENS CSA NON-IMAGE'.

L'entete est etonament courte, ne contient pas grand chose 
d'utilisable, et la seule aide que pourra t'apporter gdcm (ou tout 
autre Dicom Reader) serait de calculer la position, dans le fichier, 
du premier octet des données, afin d'en faciliter la lecture.
Il faudrait que Siemens joue le jeu et te donne la structure de ce 
qu'ils ont effectivement stocké, car c'est pénible de devoir 
*deviner* ce qu'il y a dans un fichier.
Bon courage.

JPRx

>
>Mon travail actuellement est de traiter ces données (j'ai un petit programme
>de siemens qui me permet de récupérer tant bien que mal les différents pics
>des éléments de chaque voxel mais c'est encore loin d'être au point, même
>sur les machines médicales).
>
>En partant de ces données, je vais créer des DICOM avec un code couleur bien
>défini que je vais fusionner avec des irm anatomiques de référence.
>
>Seulement voilà, je ne trouve pas le moyen de récupérer les coordonnées de
>la coupe spectro. Je me demande en fait, si chacun des voxels n'a pas sa
>propre information spatiale. Je vais regarder plus en profondeur le
>programme de chez siemens qui lui m'affiche les spectro, peut-être qu'il y a
>moyen de trouver la position.
>
>Merci pour les informations,
>	A bientôt,
>
>		Olivier Stern
>
>-----Message d'origine-----
>De : Jean-Pierre Roux [mailto:jpr at creatis.univ-lyon1.fr]
>Envoyé : lundi 25 avril 2005 17:47
>À : olivier.stern at swing.be
>Objet : Re: [Dcmlib] libgdcm.so : images syngo MR
>
>olivier.stern at swing.be wrote:
>[...]
>
>L'examen du fichier .txt m'a permis de trouver sur internet le
>Conformance Statement de la Syngo MR.
>
>==> Ils ne mettent effectivement pas la position des coupes, ni leur
>orientation, ni leur epaisseur, etc.
>Toutes ces informations sont souvent 'synthetisees' dans le champ 'Image
>Position Patient' (qui n'existe pas non plus).
>
>==> le 0008|0016[UI] [SOP Class UID] [1.3.12.2.1107.5.9.1 ]  ==>
>[gdcm::Unfound]
>dont il ne trouve pas la signification dans mon dictionnaire est une
>private value Siemens, qui signifie "SIEMENS CSA NON-IMAGE" (?!?).
>J'ai mis mon dictionnaire a jour.
>
>==> les Pixels de l'image, qui sont de maniere standard dans l'element
>(0x7fe0, 0x0010), se trouvent chez eux dans le (0x7fe0, 0x1010)
>On n'est donc pas pret de trouver un Dicom Reader qui puisse lire ces
>images.
>Est-on fondés de protester s'il s'agit de 'NON IMAGE' (?!?).
>
>==> Malgre son cote 'inhabituel', ton image peut etre anonymisee avec
>Example/exAnonymizeNoLoad nomDuFichier.dcm
>(travailles sur une copie, car ca re-ecrit sur l'image elle même)
>Tu pourras verifier avec
>PrintDocument nomDuFichier.dcm
>que les info patient ont ete effacées.
>
>JPRx

  Jean-Pierre ROUX
  UMR CNRS 5515-CREATIS
  Laboratoire de Radiologie Experimentale
  Hopital Cardiologique
  28 Avenue du Doyen LEPINE
  B.P. Lyon-Montchat
  69394 Lyon Cedex 03

  Tel      : (+33) 04 72 35 74 12
  Fax      : (+33) 04 72 68 49 16
  URL      : http://www.creatis.univ-lyon1.fr
  e-mail   : jpr at creatis.univ-lyon1.fr