[Dcmlib] libgdcm.so : images syngo MR

[Mathieu Malaterre]

Y'a rien meme dans le dict prive' ? Comment ils font pour relire leur 
propres images ?


Mathieu

Jean-Pierre ROUX wrote:
> At 19:14 +0200 25/04/05, Olivier Stern wrote:
> 
>> En fait, ce n'est pas vraiment une image à proprement parler. La mise au
>> format dicom des fichiers csi est faite pour pouvoir transférer les 
>> fichiers
>> entre les machines médicales. Mais ce que contient le fichier est en fait
>> une série de voxels pour lesquels on a fait un spectro.
> 
> 
> En effet, ce ne sont pas des images (il n'y a meme pas Nb Lignes, Nb 
> Colonnes, etc).C'est surement pour ca qu'ils ont créé un 'SOP Class UID' 
> privé, qu'ils ont nommés 'SIEMENS CSA NON-IMAGE'.
> 
> L'entete est etonament courte, ne contient pas grand chose d'utilisable, 
> et la seule aide que pourra t'apporter gdcm (ou tout autre Dicom Reader) 
> serait de calculer la position, dans le fichier, du premier octet des 
> données, afin d'en faciliter la lecture.
> Il faudrait que Siemens joue le jeu et te donne la structure de ce 
> qu'ils ont effectivement stocké, car c'est pénible de devoir *deviner* 
> ce qu'il y a dans un fichier.
> Bon courage.
> 
> JPRx
> 
>>
>> Mon travail actuellement est de traiter ces données (j'ai un petit 
>> programme
>> de siemens qui me permet de récupérer tant bien que mal les différents 
>> pics
>> des éléments de chaque voxel mais c'est encore loin d'être au point, même
>> sur les machines médicales).
>>
>> En partant de ces données, je vais créer des DICOM avec un code 
>> couleur bien
>> défini que je vais fusionner avec des irm anatomiques de référence.
>>
>> Seulement voilà, je ne trouve pas le moyen de récupérer les 
>> coordonnées de
>> la coupe spectro. Je me demande en fait, si chacun des voxels n'a pas sa
>> propre information spatiale. Je vais regarder plus en profondeur le
>> programme de chez siemens qui lui m'affiche les spectro, peut-être 
>> qu'il y a
>> moyen de trouver la position.
>>
>> Merci pour les informations,
>>     A bientôt,
>>
>>         Olivier Stern
>>
>> -----Message d'origine-----
>> De : Jean-Pierre Roux [mailto:jpr at creatis.univ-lyon1.fr]
>> Envoyé : lundi 25 avril 2005 17:47
>> À : olivier.stern at swing.be
>> Objet : Re: [Dcmlib] libgdcm.so : images syngo MR
>>
>> olivier.stern at swing.be wrote:
>> [...]
>>
>> L'examen du fichier .txt m'a permis de trouver sur internet le
>> Conformance Statement de la Syngo MR.
>>
>> ==> Ils ne mettent effectivement pas la position des coupes, ni leur
>> orientation, ni leur epaisseur, etc.
>> Toutes ces informations sont souvent 'synthetisees' dans le champ 'Image
>> Position Patient' (qui n'existe pas non plus).
>>
>> ==> le 0008|0016[UI] [SOP Class UID] [1.3.12.2.1107.5.9.1 ]  ==>
>> [gdcm::Unfound]
>> dont il ne trouve pas la signification dans mon dictionnaire est une
>> private value Siemens, qui signifie "SIEMENS CSA NON-IMAGE" (?!?).
>> J'ai mis mon dictionnaire a jour.
>>
>> ==> les Pixels de l'image, qui sont de maniere standard dans l'element
>> (0x7fe0, 0x0010), se trouvent chez eux dans le (0x7fe0, 0x1010)
>> On n'est donc pas pret de trouver un Dicom Reader qui puisse lire ces
>> images.
>> Est-on fondés de protester s'il s'agit de 'NON IMAGE' (?!?).
>>
>> ==> Malgre son cote 'inhabituel', ton image peut etre anonymisee avec
>> Example/exAnonymizeNoLoad nomDuFichier.dcm
>> (travailles sur une copie, car ca re-ecrit sur l'image elle même)
>> Tu pourras verifier avec
>> PrintDocument nomDuFichier.dcm
>> que les info patient ont ete effacées.
>>
>> JPRx
> 
> 
>  Jean-Pierre ROUX
>  UMR CNRS 5515-CREATIS
>  Laboratoire de Radiologie Experimentale
>  Hopital Cardiologique
>  28 Avenue du Doyen LEPINE
>  B.P. Lyon-Montchat
>  69394 Lyon Cedex 03
> 
>  Tel      : (+33) 04 72 35 74 12
>  Fax      : (+33) 04 72 68 49 16
>  URL      : http://www.creatis.univ-lyon1.fr
>  e-mail   : jpr at creatis.univ-lyon1.fr
>                                   
> _______________________________________________
> Dcmlib mailing list
> Dcmlib at creatis.insa-lyon.fr
> http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/dcmlib
>