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Le RHU PRIMUS (PRojection In MUltiple Sclerosis) vise à mettre au point un outil d’aide à la décision médicale destiné aux neurologues prenant en charge des patients atteints de sclérose en plaques (SEP). Dans cette pathologie, les métriques issues de l'imagerie par résonance magnétique (IRM) du cerveau et de la moelle épinière des patients sont aujourd’hui essentielles pour le diagnostic, le pronostic et l'optimisation thérapeutique. Cependant, leur utilisation reste sous-optimale en pratique clinique.
L'objectif général du groupe de travail concerné par ce poste est d’optimiser leur utilisation en extrayant automatiquement les métriques pertinentes des données d'imagerie. La cohorte OFSEP-HD (base de donnée nationale sur la sclérose en plaques) comprenant notamment le suivi d’imagerie d’environ3.000 patients va être traiter avec plusieurs algorithmes spécialisés pour extraire ces mesures dans le contexte de ce poste.
VIP (Virtual Imaging Platform) est un portail web développé au laboratoire CREATIS pour la simulation et le traitement de données massives en imagerie médicale. Dans le cadre du RHU PRIMUS, l’instance VIP déployée sur l’infrastructure Eskemm Data permet de traiter les données utilisées dans le cadre du projet et stockées sur une instance Shanoir déployée sur la même infrastructure. Pour cela, les applications de traitement utilisées dans le cadre du projet sont importées dans VIP et déployées sur l’infrastructure existante.
Dans ce contexte, l’ingénieur sera accueilli au laboratoire CREATIS et sera rémunéré par l’UCBL. Il sera sous la supervision de Sorina Pop et interagira avec les autres membres du laboratoire CREATIS, du RHU PRIMUS et ses partenaires.
Missions
Les deux missions principales porteront sur :
- Le déploiement de nouvelles applications de traitement et le support des exécutions à travers VIP
- L’amélioration de l’intégration VIP – Shanoir
Activités
La mission de déploiement et support comprend les activités suivantes
- Familiarisation avec les outils et la documentation existante
- Déploiement des applications conformément aux procédures établies
- Suivi et support concernant les exécutions lancées sur VIP
- Administration et support des VMs VIP déployées sur l’infrastructure Eskemm Data
La mission d’amélioration de l’intégration VIP - Shanoir comprend les activités suivantes :
- Analyse des besoins
o Compréhension du projet et prise en main des outils existants
o Proposition et choix des solutions à mettre en oeuvre et cahier des charges - Développement, intégration et tests de logiciels
o Développement de la ou des solutions choisies
o Mise en place des tests associés
o Intégration continue (CI) - Rédaction de la documentation