Recalage et segmentation d’images scanner de poumons en présence de larges opacités
Recrutement: 
Recrutement en cours/passé: 
Recrutement en cours
Periode: 
2018
Contact: 
Maciej ORKISZ (maciej.orkisz[at]creatis.insa-lyon.fr)

Equipe d’accueil : CREATIS, équipe MOTIVATE, projet encadré par les professeurs Maciej ORKISZ (maciej.orkisz[at]creatis.insa-lyon.fr)  et Jean-Christophe Richard (service de réanimation de l’hôpital de la Croix Rousse, Lyon)

Contexte : Le SDRA peut être provoqué par diverses agressions pulmonaires (bactériologiques, chimiques ou mécaniques) et se manifeste par un effondrement d’alvéoles pulmonaires et par la présence de liquide (œdème). Ces manifestations conduisent à une forte sous-oxygénation du patient, avec un taux de mortalité très élevé. Sur les images scanner, elles entraînent la présence de régions opaques qui dégradent, voire annulent, le contraste entre le parenchyme pulmonaire (normalement presque noir) et les tissus environnants (cf. figures dans le fichier attaché). Or, l’analyse de ces images, dont le premier pas est la segmentation des poumons, vise à aider le choix thérapeutique.

L’équipe de CREATIS a proposé des techniques de segmentation et de quantification d’aération, adaptées au SDRA, basées sur le recalage d’images prises dans des conditions ventilatoires différentes. Cependant, le recalage utilisé reste classique et ses résultats ne sont pas entièrement satisfaisants dans les régions manquant de contraste.

Objectifs : Le principal objectif du projet proposé est de développer une méthode de recalage, plus rapide et plus précise, adaptée à la spécificité du SDRA. Cette méthode pourra s’appuyer sur un a priori anatomique et physiologique, notamment en matière de la nature du mouvement des poumons. Le candidat pourra également développer des outils interactifs permettant au médecin de corriger rapidement d’éventuelles erreurs de segmentation, avant de procéder à la quantification.

Compétences attendues : traitement du signal, traitement de l’image, mathématiques appliquées, informatique (programmation en C++, infographie)

Connaissances et compétences à développer au cours du projet : approfondissement en segmentation et recalage d’images 3D (en particulier, utilisation d'elastix) et en programmation (ITK, VTK), acquisition de connaissances biomédicales, gestion de projet informatique (GIT), développement de qualités humaines (dialogue avec le milieu médical)