Présentations et séminaires à CREATIS

Date Titre Lieu / Résumé
02/06/2017 - 12:00 CLUB des Développeurs

12h-13h

Développement ultra rapide d'une interface Matlab pour tester les paramètres numériques d'une fonction par Clément Daviller (développeur dans l'industrie puis doctorant à CREATIS).

Session interactive : lambda-calcul ou comment compiler des programmes avec du papier et votre crayon (à amener!) par Pierre Gueth.

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19/05/2017 - 12:00 CLUB des Développeurs

12h-13h

GitHub et l'intégration continue (Travis/Appveyor) par Eric Boix (ingénieur de recherche au LIRIS).

AddressSanitizer & ThreadSanitizer, des alternatives rapides à valgrind par Fabrice Bellet (ingénieur de recherche à CREATIS).

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19/05/2017 - 10:00 « Accelerated Clinical Prompt Gamma simulations for Proton Therapy »

The first part of this PhD program is the development, analysis and release of a variance reductionmethod for the simulation of prompt gammas (PGs) in clinical proton therapy simulations. Thevariance reduction method (named vpgTLE) is a two-stage track length estimation methoddeveloped to estimate the PG yield in voxelized volumes. As primary particles are propagatedthroughout the patient CT, the PG yields are computed at each step, resulting in a voxelized imageof PG production yield.

05/05/2017 - 12:00 CLUB des Développeurs

12h-13h

Retour sur les "bonnes" pratiques de partage de code dans l'équipe 3 par François Varray et Hervé Liebgott.

De l'intérêt du développement en Open Source, l'exemple de GDCM par Jean-Pierre Roux.

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18/04/2017 - 14:00 Simulation numérique de la propagation des ondes dans les tissus mous - Application à l’élastographie transitoire par US
10/04/2017 - 09:00 Journée des Doctorants de Première Année

09h00-09h20 PERROT Vincent : Imagerie ultrasonore rapide et modélisation du mouvement vectoriel de la paroi des vaisseaux et du flux (H.Liebgott, D. Vray) Équipe 3

09h20-09h40 POLICHETTI Maxime : Suivi spatio-temporel 3D de la cavitation par imagerie ultrasonore: application au guidage et contrôle de gestes de thérapie (C.Cachard) Équipe 3

07/04/2017 - 12:00 CLUB des Développeurs

Recalage de corps entiers (une centaine de CT-scan 3D) par extraction de points d'intérêt via des optimisations CPU en C/C++ (OpenMP, instructions SIMD, ...) par Rémi Agier.

Comment la documentation peut ressusciter votre code (Elavisu) par Eduardo Davila.

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07/04/2017 - 11:00 Clinical quantitative susceptibility mapping (QSM): Biometal imaging and its emerging roles in patient care

Les travaux de recherche du Dr Wang sont centrés sur l'application de la mathématique, de la physique, de l’ingénierie électronique et de l'informatique dans le développement d'outils visant à améliorer le diagnostique clinique.

 http://vivo.med.cornell.edu/display/cwid-yiwang 

05/04/2017 - 10:30 Conception et développement d'une sonde portable universelle pour l’imagerie optoacoustique-ultrasonore 3D

 L'hybridation de l'imagerie optoacoustique et de l'imagerie ultrasonore pourrait fournir, en plus des informations morphologiques, des informations fonctionnelles et métaboliques des tissus. Cette thèse est principalement consacrée à la conception et à la caractérisation d'une sonde universelle pour l'imagerie volumétrique optoacoustique-ultrasons et le développement d'un algorithme de reconstruction adapté aux contraintes physiques provenant de la conception du système.

24/03/2017 - 12:00 CLUB des Développeurs

Illustration de la Programmation Orientée Objet (POO) en Matlab au travers d'un gestionnaire de figures : création d'un singleton, initialisation des figures, création d’événements communs par Clément Daviller.

Liberté, légalité, efficacité : de Matlab à (num)Python, retour d'expérience par Fabien Millioz.

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23/03/2017 - 14:00 Séminaire : Estimation du risque de fracture dans le cas d'un os métastasé
10/03/2017 - 12:00 CLUB des Développeurs

Quelques exemples de post-traitement de maillages cardiaques avec VTK par Nicolas Duchateau.

Intégration continue : retour d'expérience suite à la mise en place d'un dashboard CDash s'assurant de la compilation multiplateforme et du passage d'une batterie de tests par Claire Mouto

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14/02/2017 - 08:45 Assemblée Générale du Laboratoire CREATIS

8h45 : Accueil

9h15-10h15 : Informations unités

-Informations générales (O. BEUF) (15’+15’)

-Présentation du budget exécuté 2016 et prévisionnel 2017 (S. VIGNON) (10’+5’)

- Règles et procédures (S. VIGNON) (10’+5’)

10h15-11h15 : Profils et projets de recherche des chercheurs et enseignants chercheurs recrutés en 2016

- Nicolas DUCHATEAU : Traitement d’images multi-modalités/dimensionnelles et modélisation (15’+5’)

10/02/2017 - 12:00 CLUB des Développeurs

Une introduction à Docker par Sorina Pop.

Cas d'utilisation de Docker par Geoffroy Berret.

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27/01/2017 - 12:00 CLUB des Développeurs

Tester la compilation de vos logiciels facilement avec Travis : l'exemple de vv par Thomas Baudier.

Système de Trig respiratoire sur une base Arduino : le temps réel à la rescousse de vos manips par Denis Grenier.

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13/01/2017 - 12:00 CLUB des Développeurs

Using Python from Matlab par Simon Rit.

Finite-element modelling of the left ventricle using Abaqus and object-oriented programming in Matlab par Kenny Rumindo.

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16/12/2016 - 14:00 Fourier-based reconstruction of ultrafast sectorial images in ultrasound

Résumé :Three-dimensional echocardiography is one of the most widely used modality in real time heart imaging thanks to its noninvasive and low cost. However, the real-time property is limited because of the limited speed of sound. To increase the frame rate, plane wave and diverging wave in transmission have been proposed to drastically reduce the number of transmissions to reconstruct one image. In this thesis, starting with the 2D plane wave imaging methods, the reconstruction of 2D/3D echocardiographic sequences in Fourier domain using diverging waves is addressed.

09/12/2016 - 12:00 CLUB des Développeurs

Modern C++, including news from C++14 ("auto" keyword, range based loop, etc.) par David Sarrut.

C++ HTML5 - le meilleur des deux mondes… / C++ HTML5 - the best of both worlds… par Bertrand David.

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07/12/2016 - 14:00 Nouveaux matériaux pour la conception de fantôme anthropomorphique pour la détection et la biopsie du cancer du sein
02/12/2016 - 13:30 Classification non supervisée de données spatio-temporelles multidimensionnelles. Applications à l'imagerie.

Avec l'augmentation considérable d'acquisitions de données temporelles dans les dernières décennies comme les systèmes GPS, les séquences vidéos ou les suivis médicaux de pathologies ; le besoin en algorithmes de traitement et d'analyse efficaces d'acquisition longitudinales n'a fait qu'augmenter. Dans cette thèse, nous proposons une extension du formalisme "mean-shift", classiquement utilisé en traitement d'images, pour le groupement de séries temporelles multidimensionnelles.

29/11/2016 - 15:30 MEMS-Based Transducers (CMUT) and Integrated Electronics for Medical Ultrasound Imaging
29/11/2016 - 15:00 Delay Multiply And Sum non-linear beamforming in ultrasound medical imaging
29/11/2016 - 10:00 Optimisation et pilotage de sondes parcimonieuses 2D pour l’imagerie ultrasonore 3D temps-réel

Résumé : "Aujourd’hui l’utilisation de l’échographie 3D en cardiologie est limitée car l’imagerie de la totalité du myocarde sur un cycle cardiaque, sans apnée, reste un défi technologique. Une solution consiste à réduire le nombre de capteurs dans les sondes échographiques matricielles afin d'alléger le procédé d’acquisition: ces sondes sont dites parcimonieuses.

28/11/2016 - 14:00 Soutenance de Thèse : Imagerie endoluminale multimodale IRM-optique pour la caractérisation et la stadification in vivo des anomalies tissulaires colorectales

Composition du jury :

M. Olivier BEUF, Directeur de Recherche, CREATIS CNRS UMR 5220 INSERM U1206

M. Walter BLONDEL, Professeur des Universités, Université de Lorraine

M. Jean-Marie BONNY, Directeur de Recherche, INRA de Clermont-Ferrand- U370 QUAPA

Mme Marine HUGONNARD, Maître de Conférences, VetAgro Sup

Mme Driffa MOUSSATA, Professeur des Universités, Praticien Hospitalier Université de Tours

M. Franck PILLEUL, Praticien Hospitalier, Centre Léon Bérard, Lyon

25/11/2016 - 10:00 Fast centerline detection and segmentation algorithm for anatomical tree structures

Kristı́na Lidayová is currently pursuing the Ph.D. at Uppsala University, Sweden. She received her BS degree in computer science and MS degree in mathematics from Comenius University, Bratislava, Slovakia in 2009 and 2012, respectively. Her current research interests include medical image analysis and segmentation.

Summary of the presentation :

18/11/2016 - 12:00 CLUB des Développeurs

Utilisation du cluster à CREATIS par Eduardo Davila.

Gérer votre projet avec Redmine par Claire Mouton.

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17/11/2016 - 14:15 Soutenance de Thèse: Parcimonie structurée anisotrope pour l'estimation non paramétrique

Composition du Jury :

M.CARRE Philippe Professeur des Universités Rapporteur

M. CHAINAIS Pierre Maître de Conférences HDR Rapporteur

M. VAN DE VILLE Dimitri Professeur des Universités Examinateur

MME PERRIER Valérie Professeur des Universités Examinateur

M. FERRATY Frédéric Professeur des Universités Examinateur

M. NAVARRO Laurent Maître de Conférences Examinateur

MME CLAUSEL Marianne  Maître de Conférences Examinateur

M. DELACHARTRE Philippe Professeur des Universités Directeur de Thèse

15/11/2016 - 14:00 Atelier Git

Que vous travailliez sur un article ou sur le code d'un logiciel, seul ou avec des collaborateurs, un gestionnaire de versions tel que Git peut vous être très utile! Vous pouvez ainsi conserver un historique et facilement vous synchroniser avec d'autres contributeurs.

C'est pourquoi je vous convie à une initiation à Git le mardi 15 novembre de 14h à 16h. Vous pourrez venir y pratiquer les commandes de base (clone, add, commit, pull, push, status, log, help), seul puis à plusieurs.

07/11/2016 - 09:00 Passeport Informatique - 7 et 8 novembre

Le Passeport Informatique vise à donner à chaque membre CREATIS, ancien ou nouveau, les clés informatiques pour la vie et le travail au laboratoire. 2 matinées de 9h à 12h les 7 et 8 novembre 2016.

https://intranet.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/PasseportInformatique

04/11/2016 - 12:00 CLUB des Développeurs

La ligne de commande sous linux : quelques principes et des exemples simples par Fabrice Bellet.

Retour d'expérience : "_\{(.*)(?=\})\}" ou comment les expressions régulières facilitent la vie, démonstration via des exemples pratiques par Sami Qorchi.

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