Patrick
CLARYSSE
Né le
3 décembre 1963, à Lille (59), Nationalité française
Adresse professionnelle : CREATIS CNRS UMR 5515, INSERM U630
INSA
– Bât. Blaise Pascal,
69621 Villeurbanne cedex, France
Tél
: 04 72 43 81 48, Fax : 04 72 43
85 26
e-mail
: patrick.clarysse@creatis.insa-lyon.fr
web : http://www.creatis.insa-lyon.fr/~clarysse/
Statut Actuel : Chargé de Recherche, Classe 1, Section 30, Dépt
SDV-STIC
Responsabilités actuelles :
Domaines de compétences :
Analyse d’images médicales : traitement numérique d’images
multi-dimensionnelles et multi-modalités, segmentation, estimation de
mouvement, recalage d’images, imagerie cardiaque
Diplômes
1991 Thèse:
Automatique et Informatique Industrielle, Mention Très Honorable, USTL
1987 DEA de Productique: Automatique Robotique
et Informatique Industrielle, USTL, mention AB
1986 Maîtrise
EEA, filière Automatique, USTL, Mention AB
1983 DUT de Génie Electrique, Université des Sciences
et Technologies de Lille (USTL)
Déroulement de carrière
Octobre
1996- Chargé de Recherche CNRS 1ère
classe, section 22 puis 30, CREATIS, Villeurbanne
1992-1996 Chargé de Recherche CNRS 2ième
classe, Section 22, dept SDV-SPI, LTSU (Laboratoire de Traitement du Signal et
Ultrasons), Villeurbanne
1991-1992 Attaché Temporaire d'Enseignement et de
Recherche (1991-1992), Université des Sciences et Technologies de Lille
1988-1991
Chercheur doctorant au CAL (Centre
d’Automatique de Lille) et au Laboratoire de Biophysique du CHU de Lille,
Université des Sciences et Technologies de Lille. Titulaire d'une allocation du
MESR.
Publications
§
16 publications
dans des revues spécialisées avec comité de lecture
§
33
communications dans des colloques avec actes
§
2 actes de
congrès co-édités (FIMH’01, FIMH’03)
Encadrement
de jeunes chercheurs (voir détail en page suivnate)
·
Thèses soutenues: 5, en cours: 3, Post-doctorants: 2
·
DEA : >10, Stages : >10
Relations internationales
§
Laboratory of Biomedical engineering, Helsinki University
of Technology (depuis 1998)
§
Cardiac Research
Institute Maastricht, Maastricht University, Pays-Bas (depuis 2003)
Animation et administration de la recherche
§
Co-responsable
avec L. Desbat (UJF, Grenoble) du projet "ADéMo : Modélisation et suivi
spatio-temporel pour le diagnostic et le traitement", thématiques de
Recherche de la Région RA, 2000-2003.
§
Co-responsable
avec F. Frouin (INSERM-U494) de l’Action Spécifique du CNRS ICoMIM, 2002-2003
§
Responsable
Français d’un PICS du CNRS avec le Laboratory of Biomedical Engineering,
Helsinki University of Technology, Finlande, 2003-2005
§
Membre de la
commission de spécialistes de la 61ème section CNU de l'INSA de Lyon jusqu’en
1997, de l’UCB Lyon (depuis 1995), université Lyon 2 (depuis 2001), USTL
(1998-2001)
§
Membre de la
commission d’Emergence N°5, «Chirurgie micro-invasive et robotisée » de
l’INSERM depuis 2003
§
Référé de Journaux : IEEE Trans. Med. Imaging, IEEE Trans. Image Processing, IEEE
Trans. Biomed. Eng, IEEE Trans. ITB, MEDIA, J. of Mathematical Imaging and
Vision, Pattern Recognition Letter, Investigative Radiology, Journal of
Electronic Imaging, J. Computing and Information Technology (CIT), Innov.
Techn. Biol. Med.
·
Référé de
Conférences: ICPR'02, ISBI,
ICIP, FIMH, IISPA, ISPA, RFIA, GRETSI, Forum des Jeunes Chercheurs en GBM.
·
Comités de programme : Participation à la création de la conférence
internationale FIMH (3ième édition en 2005), Membre du comité
scientifique de ISPA, FIMH.
·
Jury de thèses: 2
Sociétés savantes :
Membre de la Société
française de Génie Biologique et Médical
Encadrement de jeunes chercheurs
·
Thèses
soutenues : 5
PAUNA Nicoletta, ‘Evaluation des
méthodes de mise en correspondance en imagerie multimodale IRM/TEP thoracique
et cardiaque’. Numéro d'Ordre :
UCBL66-2004, Université Claude Bernard LYON 1 en co-tutelle avec l’Université de Cluj, Roumanie, 2004. Jury :
Mäkelä Timo, double
thèse et co-tutelle
·
‘Data
registration and fusion for cardiac applications’, Helsinki University of
Technology, Mai 2003. Oponent : N. Ayache (INRIA).
·
‘Mise en correspondance en imagerie cardiaque
multimodale : vers un modèle anatomo-fonctionnel individualisé du cœur’. Numéro d'Ordre : ISAL106, INSA LYON, 2004. Jury : P.
Cinquin (R, Pdt), N. Ayache (R), T. Katila (Dir.), I. E. Magnin (Dir.), P.
Clarysse (Co-Dir.), U. Ruotsalainen. Co-encadrement à 50% en collaboration
avec les partenaires Finlandais.
PHAM Quoc-Cuong, Segmentation en imagerie cardiaque multimodale
conduite par un modèle réaliste du cœur, INPG, 2002. Jury : J-M.
Chassery (Pdt), F. Heitz (R), H. Delingette (R), I. E. Magnin (Dir.), P.
Clarysse (Co-Dir.), J. Pousin, P. Croisille, T. Katila. INPG, 2002. Co-encadrement à 80% avec I. Magnin.
VINCENT Fabrice,
Gabarits déformables élastiques pour la segmentation et le suivi de mouvement
du cœur en Imagerie par Résonance Magnétique. Numéro d'ordre : 01ISAL0079, INSA
LYON, 2001. Jury
: J. Pousin (Pdt), N. Ayache (R), Ph. Cinquin (R), I. Magnin (Dir), P. Clarysse
(Co-Dir), P. Croisille. Co-encadrement à 80% avec I. Magnin.
HAN Meimei,
Analyse exploratoire de la déformation spatio-temporelle du myocarde à partir
de l'Imagerie par Résonance Magnétique de Marquage tissulaire. Numéro
d'Ordre : ISALY004, INSA LYON, 1999. Jury : I. Magnin (Pdt), M. Lamure
(R), J-G. Postaire (R), P. Clarysse (Dir.), P. Croisille, D. Revel, J.
Rousseau. Co-encadrement à 80% avec I. Magnin.
§
Thèses en cours :3
HADDAD Rana, 3ème année thèse Images &
Systèmes, ‘Modèle anthropomorphique de cœur battant’. Co-encadrement à 80% avec I. Magnin.
DELHAY Bertrand, 2ème année thèse
Images & Systèmes, ‘Estimation conjointe forme et mouvement en 3D –
Application au mouvement du thorax et du cœur’. Co-encadrement à 80% avec I. Magnin.
SCHAERER Joël, 1ère année thèse Instrumentation, Système, Signal
& Image,
‘Modèle spatio-temporel pour la segmentation de structures en mouvement –
application à l’imagerie du cœur’. Co-encadrement à 80% avec I. Magnin.
§
Post-doctorants
: 2
MILLES Julien, nationalité Française,
Univ. Maastricht, Pays-Bas. Co-encadrement à 50% avec T. Arts, 2003-2004 :
QIU Bo,
nationalité Chinoise, Creatis. Co-encadrement à 50% avec D. Vray, 2003-2004
Notre travail de thèse a porté sur le développement d’un système d’aide au repérage en imagerie stéréotaxique cérébrale. Sa principale fonctionnalité était de permettre la mise en correspondance d’une imagerie pré-opératoire en IRM ou en Tomodensitométrie avec des images per-opératoires acquises en radiographie standard en condition stéréotaxique par l’intermédiaire de marqueurs externes positionnées dans les fixations d’un cadre stéréotaxique de Talairach. Ce travail a été réalisé au Laboratoire de Biophysique de la Faculté de Médecine de Lille et au Centre d’Automatique de Lille (actuellement I3D). Le système a été validé et installé en salle d’opération du service de neurochirurgie du CHU de Lille. Depuis son installation, il permis de réaliser plus de 1000 interventions. Son extension à la radiochirurgie multifaisceaux, développée par David Gibon dans le cadre de sa thèse, a permis la réalisation du traitement de plus de 2500 patients. Ma thèse a été soutenue en décembre 1991. J’ai poursuivi mon activité de recherche dans ce domaine quelques mois en tant qu’ATER à l’Université de Sciences et Technologies de Lille.
A l’issu du concours CNRS 1992, j’ai été recruté en tant Chargé de Recherche et affecté au Laboratoire de Traitement de Signal et Ultrasons qui deviendra Creatis. J’appartiens à la section 30 (Thérapeutique, médicaments et bioingénierie : concepts et moyens, ex section 22) du département des Sciences de la Vie du CNRS. De formation STIC, mon activité de recherche est toutefois orientée vers une thématique médicale.
Mes travaux de recherche ont pour objectif le développement de nouvelles méthodes d'analyse d'images médicales multi-modalités, anatomiques et fonctionnelles, dans les buts d'améliorer la connaissance du fonctionnement du muscle cardiaque, et d’aider le praticien hospitalier dans la détection et l’évaluation de pathologies cardiaques en particulier les pathologies ischémiques.
Les travaux de cette période sont présentés dans la première partie de ce document.
Depuis mon arrivée au Laboratoire CREATIS (Centre de REcherche et d'Applications en Traitement de l'Image et du Signal), j'ai été intégré au thème scientifique « Imagerie Dynamique » sous la responsabilité de Isabelle Magnin. Ce thème a pour objectif le développement de nouveaux modèles pour la segmentation, l'estimation de mouvement, et la caractérisation de phénomènes évolutifs complexes à partir d'images médicales. De part ma position de chercheur SDV-STIC, j'ai été impliqué dans les développements liés à des problématiques SDV, en particulier en imagerie cardiaque. J'ai été ainsi amené à prendre la co-responsabilité avec Marc Janier du projet médical « Imagerie Fonctionnelle de l’Ischémie et de ses Conséquences ». Ce projet avait pour objectif la caractérisation des différents états des tissus ischémiés à partir d’une exploration en imagerie multi-modalités (Tomographie par Emission de Positons, Imagerie par Résonance Magnétique, échocardiographie) du métabolisme, de la perfusion et de la fonction contractile. Mon activité de recherche a donc été entièrement orientée par les recherches menées dans ce projet. Dans la nouvelle structure validée par le CNRS en 2002 (voir organigramme en page suivante), je suis co-responsable avec Pierre Croisille du sous-thème SDV « Ischémie myocardique » et responsable du thème STIC « Imagerie dynamique » (avec Maciej Orkisz, responsable adjoint) en remplacement d’Isabelle Magnin, devenue Directeur de l'Unité.