Chers collègues,
En ce début d'année civile et après cette période de fêtes passée pour la plupart en famille ou entre amis, je vous présente, au nom de tous les membres de CREATIS, mes meilleurs vœux pour l’année 2025 accompagnés de notre carte de vœux 2025 présente en bas de ce mail et illustrée avec l’image de l’année 2024 élue par les membres de CREATIS.
Je souhaite à toutes et tous une belle année scientifique avec des réussites à la fois individuelles et surtout collectives accompagnées d'aventures humaines enrichissantes.
Le domaine de l'imagerie médicale dans lequel nous évoluons est passionnant. Chacun, quel que soit son emploi ou sa fonction au laboratoire, y participe d'une manière ou d'une autre.
Que ce soit par notre contribution aux savoirs, les progrès en santé ou la transmission des connaissances, notre mission, au carrefour de l'ingénierie, des sciences informatiques et de la santé, est d'être au service de la société dans le cadre d'un développement durable.
Je vous souhaite une belle et heureuse année 2025 !
Olivier Beuf pour le laboratoire CREATIS
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Carole Frindel, maître de conférences au laboratoire CREATIS et enseignante à l'INSA de Lyon, est lauréate au titre de la chaire fondamentale de l'Institut Universitaire de France (IUF). À compter du 1ᵉʳ octobre 2024, elle est nommée membre junior de l'Institut universitaire de France, pour cinq ans. Son projet vise à faire progresser l'IA éthique dans le domaine de la neuroimagerie en créant des méthodologies innovantes d'apprentissage automatique.
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Concours innovation d'Etat i-PhD
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Benoît Allignet est lauréat du Concours d'Innovation d'Etat i-PhD. Cette distinction met en lumière l'excellence de son projet innovant de biopsie virtuelle et biomarqueurs IRM, réalisé au sein de l'équipe MAGICS en collaboration avec les équipes du Centre Léon Bérard et du Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon.
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Prix d'excellence de l'UCB Lyon 1
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Frédéric Cervenansky ingénieur de recherche et responsable du service informatique et développement du laboratoire CREATIS, est lauréat du Prix de l’excellence BIATSS décerné par l'Université Claude Bernard Lyon 1. Ce prix récompense les personnels BIATSS des laboratoires de l’université pour leurs contributions remarquables au soutien et au développement de la recherche scientifique.
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Une mention spéciale Innovation a été décernée par la société française du génie biologique et médicale (SFGBM) en Juin 2024 à Paul NOBRE pour ses travaux intitulés "Sondes et capteurs de champs électromagnétiques à liaisons optiques pour la sécurité en IRM".
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Françoise Durand Dubief, neurologue dans le service de neurologie des HCL, responsable du centre de compétence des leucodystrophies et leucoencéphalopathies rares et responsable du projet transversal MUSIC au sein de CREATIS, a été élue présidente de la Société Francophone de Sclérose en Plaques (SFSEP). La SFSEP joue un rôle essentiel en soutenant la recherche, en publiant des ressources scientifiques et en proposant des formations pour accompagner les professionnels de santé et sensibiliser le public.
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Olivier Beuf, directeur de recherche au CNRS et directueur du laboratoire, a été élu président de la Société Française de Résonance Magnétique en Biologie et Médecine (SFRMBM). La SFRMBM est une organisation qui regroupe des chercheurs, cliniciens et industriels intéressés par le développement et l'application de la résonance magnétique dans les domaines de la biologie et de la médecine.
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Matthis Manthe a reçu le prix du meilleur poster lors de la conférence IABM 2024 pour son travail intitulé "Radiomique du cerveau entier pour une personnalisation fédérée par cluster dans la segmentation des tumeurs cérébrales".
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International Conference on the use of Computers in Radiation therapy - ICCR 2024
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L'édition 2024 de la conférence ICCR s'est tenue du 8 au 11 juillet au centre de congrès de Lyon et a été co-organisée par deux membres de CREATIS (D. Sarrut et S. Rit). Plusieurs chercheurs et doctorants ont été impliqués dans l'organisation. Cette conférence, qui a lieu tous les trois ans, attire des physiciens médicaux, des cliniciens et des scientifiques universitaires du monde entier qui utilisent des outils informatiques pour faire progresser la radiothérapie.
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Deep Learning for Medical Imaging School - DLMI 2024
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Plusieurs membres de CREATIS se sont impliqués dans l'organisation et l'animation de la 5ème édition de l'école LabEx PRIMES sur l'apprentissage profond pour l'imagerie médicale qui s'est déroulée à Montréal au Canada. Plus de soixante-dix participants de plusieurs pays ont participé à cet évenement.
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Le laboratoire s'est renforcé cette année avec l'intégration de 8 nouvelles personnes:
Paul Nobre, maître de conférences à l'INSA de Lyon et enseignant au département FIMI
Valentine Wargnier-Dauchelle, maître de conférences à l'INSA Lyon et enseignante au département FIMI
Arthur Gautheron, maître de conférences à CPE Lyon
Valentin Debarnot, chaire de professeur junior (CPJ) à l'INSA Lyon et enseignant au département FIMI
Johan Landry, assistant ingénieur UCBL en mesures physiques
Mira Cassan et Noura Bouhila, techniciennes en gestion respectivement administrative UCBL et financière CNRS
Pushot Angalan, adjoint technique intervenant sur la plateforme d'imagerie PILoT.
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Le séminaire du laboratoire a eu lieu les 23 et 24 septembre 2024 au sein du domaine Saint Joseph. Il a réuni 115 participants pour échanger autour du futur projet du laboratoire et passer du temps ensemble dans un environnement privilégié. Ce séminaire a également été l'opportunité de lancer le processus de préparation de l'évaluation HCERES.
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En 2024, plusieurs initiatives ont été mises en place par les correspondants Pauline Muleki Seya et Frédéric Cervenansky afin de promouvoir la parité et l'égalité. Ces actions visaient à favoriser un environnement plus inclusif et à répondre aux besoins spécifiques des femmes au sein du laboratoire.
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LIFE est un groupe du laboratoire, majoritairement composé de doctorantes et doctorants qui ont pris l'initiative d'essayer de changer les pratiques de la recherche pour les rendre plus éco-responsables. En 2024, plusieurs actions ont été menées dans le but de mettre CREATIS, à terme, sur une trajectoire carbone respectant les accords de Paris.
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Les membres du laboratoire élisent chaque année la plus belle image créée au sein du laboratoire au cours de l'année écoulée. L'image 2024 lauréate est issue de travaux menés en imagerie cardiovasculaire et montre la dynamique complexe de l'écoulement sanguin chez un patient avec une valve aortique bicuspide. Cette image met en évidence une plage dynamique étendue des vitesses en systole et diastole et un rapport vitesse-bruit élevé, permettant une analyse détaillée des caractéristiques hémodynamiques à travers différentes vitesses d'écoulement.
Lien vers l'image haute résolution
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Le laboratoire a renforcé la puissance de calculs de son cluster interne avec l'achat de 2 nouveaux serveurs, chacun avec 2 CPU Intel Xeon Gold 24 cores et 2 cartes GPU NVIDIA A6000 48GB, portant sa capacité totale à 27 machines, 744 CPUs, 12 TB de RAM cumulée et 29 GPUs. Le cluster permet une centralisation interne de la puissance de calculs et offre à ses membres une diversification de l'accès aux ressources CPU / GPU avec d'autres services tels que les centres de calculs de l'IN2P3 et Jean Zay.
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Avec le concours du LabEx PRIMES, du CNRS et de l'INSA, la plateforme PILoT a investi dans deux nouveaux résonateurs double accord permettant d'étoffer les noyaux ciblés sur l'IRM 11,7T en mettant l'accent sur le suivi de l'activité métabolique: un résonateur volumique 1H/31P compatible souris/tête de rat et un résonateur volumique 1H/2H compatible souris/rat avec découplage actif. D'ici peu, avec le concours de l'UCBL la plateforme devrait finaliser l'achat de deux combinateurs lasers afin de pouvoir améliorer la spécificité des expériences en spectroscopie optique.
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GATE est une plateforme de simulation Monte Carlo open-source dédiée à la modélisation et à la simulation des systèmes d'imagerie médicale, de la radiothérapie et de la dosimétrie des rayonnements. Largement utilisée dans la recherche en physique médicale, GATE prend en charge des applications avancées telles que la TEP, la TEMP, le scanner CT, ainsi que la radiothérapie avec faisceaux internes et externes. Ce projet, impliquant des membres du laboratoire CREATIS dès son lancement, continue de bénéficier de leur forte implication dans son développement. Récemment, la version GATE 10 a été publiée, marquant une avancée majeure. Fruit de quatre années de travail, cette nouvelle version repose sur un redéveloppement complet et une modernisation significative de la plateforme.
Site web GATE
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Focus sur quelques travaux publiés en 2024
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Ouvrage : « Trustworthy AI in Medical Imaging »
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Elsevier a publié ce livre auquel plusieurs membres du laboratoire (C. Frindel, M. Sdika, A. Bonnet, S. Pop) ont contribué. Cet ouvrage permet d'acquérir les notions de base sur la fiabilité en intelligence artificielle et de comprendre ses applications concrètes en imagerie médicale. Il aide également à identifier les points sensibles et les solutions pour améliorer la fiabilité des applications dans ce domaine. . Il s'adresse autant aux étudiants en licence, master et doctorat qu'aux enseignants-chercheurs/chercheurs spécialisés en IA pour l'imagerie médicale.
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Article : « Stratégie Mid-P versus stratégie de volume cible interne dans le cancer du poumon avec des cellules qui ne sont pas de petite taille et localement avancées: résultats cliniques de l'étude de phase II randomisée non comparative Mid-P »
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Les cancers du poumon non à petites cellules et localement avancées (LA-NSCLC) présentent des taux de survie à 5 ans faibles avec des récidives fréquentes. Cette étude clinique a comparé l'efficacité et la tolérance de la stratégie "Mid-position" (Mid-P) à celle du volume cible interne conventionnel (ITV) chez des patients atteints de LA-NSCLC traités par radiothérapie conformale définitive. L'approche Mid-P a nécessité la mise en routine d'outils de recalage déformable et de traitement d'images développés dans l'équipe. Les résultats montrent que le contrôle local et la survie restent faibles avec la stratégie Mid-P, qui ne peut être recommandée en dehors des essais cliniques en raison de sa complexité et de son intégration limitée dans les logiciels courants.
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Article : « Élastographie par résonance magnétique à temps d'écho ultra-court pour la quantification des propriétés mécaniques des tissus à T2 court via des impulsions radiofréquence basées sur le contrôle optimal »
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Cette étude vise à démontrer la faisabilité d'utiliser des impulsions radiofréquence générées via un algorithme de contrôle optimal pour l'élastographie par résonance magnétique (ERM) appliquée à la quantification des propriétés mécaniques de matériaux ou tissus aux temps de relaxation transverses très courts (T2 < 5 ms). Les impulsions de contrôle optimal permettent de sélectionner les tranches et d'encoder les mouvements sans avoir besoin de gradients d'encodage de mouvement supplémentaires, ce qui permet de réduire les temps d'écho. Les expériences menées sur des fantômes d'agar à T2 très court et sur un tendon de bovin ex vivo ont montré que les séquences à temps d'écho ultra courts préparé pour l'elastographie par contrôle optimal fournissent les meilleures images et le meilleur rapport signal/bruit, démontrant ainsi leur capacité à caractériser les tissus à T2 court, avec des résultats en accord avec les valeurs de la littérature et les mesures de rhéométrie.
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Article : « Réseaux neuronaux guidés par la physique pour la cartographie du flux vectoriel intraventriculaire »
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La cartographie du flux vectoriel intraventriculaire (iVFM) vise à améliorer et quantifier le Doppler couleur en imagerie cardiaque. Cette étude propose des alternatives à l'optimisation traditionnelle de l'iVFM en utilisant des réseaux neuronaux informés par la physique (PINNs) et une approche supervisée basée sur nnU-Net guidée par la physique. Les évaluations sur des images Doppler couleur simulées et des acquisitions Doppler in vivo montrent que les deux approches offrent des performances de reconstruction comparables à l'algorithme iVFM original, avec une efficacité accrue des PINNs grâce à une optimisation en deux étapes, tandis que la méthode nnU-Net excelle par ses capacités de généralisation et sa production de résultats en temps réel.
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Article : « La cartographie de la fraction d'extraction d'oxygène sur l'IRM à l'admission peut prédire la récupération des lésions cérébrales ischémiques hyperaiguës après une thrombectomie réussie : une étude observationnelle rétrospective »
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Cette étude a cherché à comprendre comment un marqueur de la privation d’oxygène dans le cerveau, appelé la fraction d'extraction d'oxygène (OEF), influence la récupération des lésions cérébrales après un AVC traité par thrombectomie (une intervention pour déboucher une artère obstruée). Pour ce faire, des chercheurs du laboratoire ont utilisé deux types d'IRM pour analyser les patients avant et après le traitement. Ils ont constaté que dans les zones du cerveau présentant des lésions (mesurées par l’imagerie de diffusion), celles où l’OEF était élevé avaient plus de chances de se réparer avec le temps. Concrètement, les patients dont les lésions avaient un OEF plus élevé ont montré une réduction du volume des lésions au bout de 6 jours, par rapport à ceux dont l'OEF était faible. Cela suggère que l'OEF pourrait être un indicateur utile pour prédire quelles lésions cérébrales ont plus de chances de récupérer après un AVC traité, ce qui pourrait aider à mieux guider le traitement des patients. Cet article a fait la couverture de la revue internationale STROKE, mettant en évidence le caractère novateur et le fort potentiel de cette étude.
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Directeur de publication: Olivier Beuf
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