Newsletter du laboratoire CREATIS

[olivier Bernard]

FAITS MARQUANTS 2024

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L'ÉDITO

  Chers collègues,

En ce début d'année civile et après cette période de fêtes passée pour 
la plupart en famille ou entre amis, je vous présente, au nom de tous 
les membres de CREATIS, mes meilleurs vœux pour l'année 2025 accompagnés 
de notre carte de vœux 2025 présente en bas de ce mail et illustrée avec 
l'image de l'année 2024 élue par les membres de CREATIS.

Je souhaite à toutes et tous une belle année scientifique avec des 
réussites à la fois individuelles et surtout collectives accompagnées 
d'aventures humaines enrichissantes.

Le domaine de l'imagerie médicale dans lequel nous évoluons est 
passionnant. Chacun, quel que soit son emploi ou sa fonction au 
laboratoire, y participe d'une manière ou d'une autre.

Que ce soit par notre contribution aux savoirs, les progrès en santé ou 
la transmission des connaissances, notre mission, au carrefour de 
l'ingénierie, des sciences informatiques et de la santé, est d'être au 
service de la société dans le cadre d'un développement durable.

Je vous souhaite une belle et heureuse année 2025 !

Olivier Beuf pour le laboratoire CREATIS

  À LA UNE

  Lauréats

Membre IUF

Carole Frindel, maître de conférences au laboratoire CREATIS et 
enseignante à l'INSA de Lyon, est lauréate au titre de la chaire 
fondamentale de l'Institut Universitaire de France (IUF). À compter du 
1ᵉʳ octobre 2024, elle est nommée membre junior de l'Institut 
universitaire de France, pour cinq ans. Son projet vise à faire 
progresser l'IA éthique dans le domaine de la neuroimagerie en créant 
des méthodologies innovantes d'apprentissage automatique.

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CONCOURS INNOVATION D'ETAT I-PHD

Benoît Allignet est lauréat du Concours d'Innovation d'Etat i-PhD. Cette 
distinction met en lumière l'excellence de son projet innovant de 
biopsie virtuelle et biomarqueurs IRM, réalisé au sein de l'équipe 
MAGICS en collaboration avec les équipes du Centre Léon Bérard et du 
Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon.

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PRIX D'EXCELLENCE DE L'UCB LYON 1

Frédéric Cervenansky ingénieur de recherche et responsable du service 
informatique et développement du laboratoire CREATIS, est lauréat du 
Prix de l'excellence BIATSS décerné par l'Université Claude Bernard Lyon 
1. Ce prix récompense les personnels BIATSS des laboratoires de 
l'université pour leurs contributions remarquables au soutien et au 
développement de la recherche scientifique.

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PRIX DE THÈSE

Une mention spéciale Innovation a été décernée par la société française 
du génie biologique et médicale (SFGBM) en Juin 2024 à Paul NOBRE pour 
ses travaux intitulés "Sondes et capteurs de champs électromagnétiques à 
liaisons optiques pour la sécurité en IRM".

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PRÉSIDENCE DE LA SFSEP

Françoise Durand Dubief, neurologue dans le service de neurologie des 
HCL, responsable du centre de compétence des leucodystrophies et 
leucoencéphalopathies rares et responsable du projet transversal MUSIC 
au sein de CREATIS, a été élue présidente de la Société Francophone de 
Sclérose en Plaques (SFSEP). La SFSEP joue un rôle essentiel en 
soutenant la recherche, en publiant des ressources scientifiques et en 
proposant des formations pour accompagner les professionnels de santé et 
sensibiliser le public.

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PRÉSIDENCE DE LA SFRMBM

Olivier Beuf, directeur de recherche au CNRS et directueur du 
laboratoire, a été élu président de la Société Française de Résonance 
Magnétique en Biologie et Médecine (SFRMBM). La SFRMBM est une 
organisation qui regroupe des chercheurs, cliniciens et industriels 
intéressés par le développement et l'application de la résonance 
magnétique dans les domaines de la biologie et de la médecine.

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PRIX DU MEILLEUR POSTER

Matthis Manthe a reçu le prix du meilleur poster lors de la conférence 
IABM 2024 pour son travail intitulé "Radiomique du cerveau entier pour 
une personnalisation fédérée par cluster dans la segmentation des 
tumeurs cérébrales".

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ÉVÈNEMENTS

INTERNATIONAL CONFERENCE ON THE USE OF COMPUTERS IN RADIATION THERAPY - 
ICCR 2024

L'édition 2024 de la conférence ICCR s'est tenue du 8 au 11 juillet au 
centre de congrès de Lyon et a été co-organisée par deux membres de 
CREATIS (D. Sarrut et S. Rit). Plusieurs chercheurs et doctorants ont 
été impliqués dans l'organisation. Cette conférence, qui a lieu tous les 
trois ans, attire des physiciens médicaux, des cliniciens et des 
scientifiques universitaires du monde entier qui utilisent des outils 
informatiques pour faire progresser la radiothérapie.

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DEEP LEARNING FOR MEDICAL IMAGING SCHOOL - DLMI 2024

Plusieurs membres de CREATIS se sont impliqués dans l'organisation et 
l'animation de la 5ème édition de l'école LabEx PRIMES sur 
l'apprentissage profond pour l'imagerie médicale qui s'est déroulée à 
Montréal au Canada. Plus de soixante-dix participants de plusieurs pays 
ont participé à cet évenement.

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VIE DU LABORATOIRE

ARRIVÉES

Le laboratoire s'est renforcé cette année avec l'intégration de 8 
nouvelles personnes:
Paul Nobre, maître de conférences à l'INSA de Lyon et enseignant au 
département FIMI
Valentine Wargnier-Dauchelle, maître de conférences à l'INSA Lyon et 
enseignante au département FIMI
Arthur Gautheron, maître de conférences à CPE Lyon
Valentin Debarnot, chaire de professeur junior (CPJ) à l'INSA Lyon et 
enseignant au département FIMI
Johan Landry, assistant ingénieur UCBL en mesures physiques
Mira Cassan et Noura Bouhila, techniciennes en gestion respectivement 
administrative UCBL et financière CNRS
Pushot Angalan, adjoint technique intervenant sur la plateforme 
d'imagerie PILoT.

SÉMINAIRE LABORATOIRE

Le séminaire du laboratoire a eu lieu les 23 et 24 septembre 2024 au 
sein du domaine Saint Joseph. Il a réuni 115 participants pour échanger 
autour du futur projet du laboratoire et passer du temps ensemble dans 
un environnement privilégié. Ce séminaire a également été l'opportunité 
de lancer le processus de préparation de l'évaluation HCERES.

ACTIONS PARITÉ & ÉGALITÉ

En 2024, plusieurs initiatives ont été mises en place par les 
correspondants Pauline Muleki Seya et Frédéric Cervenansky afin de 
promouvoir la parité et l'égalité. Ces actions visaient à favoriser un 
environnement plus inclusif et à répondre aux besoins spécifiques des 
femmes au sein du laboratoire.

En savoir plus [11]

ACTIONS ÉCO-RESPONSABLES

LIFE est un groupe du laboratoire, majoritairement composé de 
doctorantes et doctorants qui ont pris l'initiative d'essayer de changer 
les pratiques de la recherche pour les rendre plus éco-responsables. En 
2024, plusieurs actions ont été menées dans le but de mettre CREATIS, à 
terme, sur une trajectoire carbone respectant les accords de Paris.

En savoir plus [12]

IMAGE DE L'ANNÉE 2024

Les membres du laboratoire élisent chaque année la plus belle image 
créée au sein du laboratoire au cours de l'année écoulée. L'image 2024 
lauréate est issue de travaux menés en imagerie cardiovasculaire et 
montre la dynamique complexe de l'écoulement sanguin chez un patient 
avec une valve aortique bicuspide. Cette image met en évidence une plage 
dynamique étendue des vitesses en systole et diastole et un rapport 
vitesse-bruit élevé, permettant une analyse détaillée des 
caractéristiques hémodynamiques à travers différentes vitesses 
d'écoulement.

Lien vers l'image haute résolution [13]

EQUIPEMENTS

_INFORMATIQUES_

Le laboratoire a renforcé la puissance de calculs de son cluster interne 
avec l'achat de 2 nouveaux serveurs, chacun avec 2 CPU Intel Xeon Gold 
24 cores et 2 cartes GPU NVIDIA A6000 48GB, portant sa capacité totale à 
27 machines, 744 CPUs, 12 TB de RAM cumulée et 29 GPUs. Le cluster 
permet une centralisation interne de la puissance de calculs et offre à 
ses membres une diversification de l'accès aux ressources CPU / GPU avec 
d'autres services tels que les centres de calculs de l'IN2P3 et Jean 
Zay.

_EXPERIMENTAUX_

Avec le concours du LabEx PRIMES, du CNRS et de l'INSA, la plateforme 
PILoT a investi dans deux nouveaux résonateurs double accord permettant 
d'étoffer les noyaux ciblés sur l'IRM 11,7T en mettant l'accent sur le 
suivi de l'activité métabolique: un résonateur volumique 1H/31P 
compatible souris/tête de rat et un résonateur volumique 1H/2H 
compatible souris/rat avec découplage actif. D'ici peu, avec le concours 
de l'UCBL la plateforme devrait finaliser l'achat de deux combinateurs 
lasers afin de pouvoir améliorer la spécificité des expériences en 
spectroscopie optique.

OUTILS INFORMATIQUES

_GATE_

GATE est une plateforme de simulation Monte Carlo open-source dédiée à 
la modélisation et à la simulation des systèmes d'imagerie médicale, de 
la radiothérapie et de la dosimétrie des rayonnements. Largement 
utilisée dans la recherche en physique médicale, GATE prend en charge 
des applications avancées telles que la TEP, la TEMP, le scanner CT, 
ainsi que la radiothérapie avec faisceaux internes et externes. Ce 
projet, impliquant des membres du laboratoire CREATIS dès son lancement, 
continue de bénéficier de leur forte implication dans son développement. 
Récemment, la version GATE 10 a été publiée, marquant une avancée 
majeure. Fruit de quatre années de travail, cette nouvelle version 
repose sur un redéveloppement complet et une modernisation significative 
de la plateforme.

Site web GATE [14]

FOCUS SUR QUELQUES TRAVAUX PUBLIÉS EN 2024

OUVRAGE : « _TRUSTWORTHY AI IN MEDICAL IMAGING_ »

Elsevier a publié ce livre auquel plusieurs membres du laboratoire (C. 
Frindel, M. Sdika, A. Bonnet, S. Pop) ont contribué. Cet ouvrage permet 
d'acquérir les notions de base sur la fiabilité en intelligence 
artificielle et de comprendre ses applications concrètes en imagerie 
médicale. Il aide également à identifier les points sensibles et les 
solutions pour améliorer la fiabilité des applications dans ce domaine. 
. Il s'adresse autant aux étudiants en licence, master et doctorat 
qu'aux enseignants-chercheurs/chercheurs spécialisés en IA pour 
l'imagerie médicale.

En savoir plus [15]

ARTICLE : « _STRATÉGIE MID-P VERSUS STRATÉGIE DE VOLUME CIBLE INTERNE 
DANS LE CANCER DU POUMON AVEC DES CELLULES QUI NE SONT PAS DE PETITE 
TAILLE ET LOCALEMENT AVANCÉES: RÉSULTATS CLINIQUES DE L'ÉTUDE DE PHASE 
II RANDOMISÉE NON COMPARATIVE MID-P_ »

Les cancers du poumon non à petites cellules et localement avancées 
(LA-NSCLC) présentent des taux de survie à 5 ans faibles avec des 
récidives fréquentes. Cette étude clinique a comparé l'efficacité et la 
tolérance de la stratégie "Mid-position" (Mid-P) à celle du volume cible 
interne conventionnel (ITV) chez des patients atteints de LA-NSCLC 
traités par radiothérapie conformale définitive. L'approche Mid-P a 
nécessité la mise en routine d'outils de recalage déformable et de 
traitement d'images développés dans l'équipe. Les résultats montrent que 
le contrôle local et la survie restent faibles avec la stratégie Mid-P, 
qui ne peut être recommandée en dehors des essais cliniques en raison de 
sa complexité et de son intégration limitée dans les logiciels courants.

En savoir plus [16]

ARTICLE : « _ÉLASTOGRAPHIE PAR RÉSONANCE MAGNÉTIQUE À TEMPS D'ÉCHO 
ULTRA-COURT POUR LA QUANTIFICATION DES PROPRIÉTÉS MÉCANIQUES DES TISSUS 
À T2 COURT VIA DES IMPULSIONS RADIOFRÉQUENCE BASÉES SUR LE CONTRÔLE 
OPTIMAL_ »

Cette étude vise à démontrer la faisabilité d'utiliser des impulsions 
radiofréquence générées via un algorithme de contrôle optimal pour 
l'élastographie par résonance magnétique (ERM) appliquée à la 
quantification des propriétés mécaniques de matériaux ou tissus aux 
temps de relaxation transverses très courts (T2 < 5 ms). Les impulsions 
de contrôle optimal permettent de sélectionner les tranches et d'encoder 
les mouvements sans avoir besoin de gradients d'encodage de mouvement 
supplémentaires, ce qui permet de réduire les temps d'écho. Les 
expériences menées sur des fantômes d'agar à T2 très court et sur un 
tendon de bovin ex vivo ont montré que les séquences à temps d'écho 
ultra courts préparé pour l'elastographie par contrôle optimal 
fournissent les meilleures images et le meilleur rapport signal/bruit, 
démontrant ainsi leur capacité à caractériser les tissus à T2 court, 
avec des résultats en accord avec les valeurs de la littérature et les 
mesures de rhéométrie.

En savoir plus [17]

ARTICLE : « _RÉSEAUX NEURONAUX GUIDÉS PAR LA PHYSIQUE POUR LA 
CARTOGRAPHIE DU FLUX VECTORIEL INTRAVENTRICULAIRE_ »

La cartographie du flux vectoriel intraventriculaire (iVFM) vise à 
améliorer et quantifier le Doppler couleur en imagerie cardiaque. Cette 
étude propose des alternatives à l'optimisation traditionnelle de l'iVFM 
en utilisant des réseaux neuronaux informés par la physique (PINNs) et 
une approche supervisée basée sur nnU-Net guidée par la physique. Les 
évaluations sur des images Doppler couleur simulées et des acquisitions 
Doppler in vivo montrent que les deux approches offrent des performances 
de reconstruction comparables à l'algorithme iVFM original, avec une 
efficacité accrue des PINNs grâce à une optimisation en deux étapes, 
tandis que la méthode nnU-Net excelle par ses capacités de 
généralisation et sa production de résultats en temps réel.

En savoir plus [18]

ARTICLE : « _LA CARTOGRAPHIE DE LA FRACTION D'EXTRACTION D'OXYGÈNE SUR 
L'IRM À L'ADMISSION PEUT PRÉDIRE LA RÉCUPÉRATION DES LÉSIONS CÉRÉBRALES 
ISCHÉMIQUES HYPERAIGUËS APRÈS UNE THROMBECTOMIE RÉUSSIE : UNE ÉTUDE 
OBSERVATIONNELLE RÉTROSPECTIVE_ »

Cette étude a cherché à comprendre comment un marqueur de la privation 
d'oxygène dans le cerveau, appelé la fraction d'extraction d'oxygène 
(OEF), influence la récupération des lésions cérébrales après un AVC 
traité par thrombectomie (une intervention pour déboucher une artère 
obstruée). Pour ce faire, des chercheurs du laboratoire ont utilisé deux 
types d'IRM pour analyser les patients avant et après le traitement. Ils 
ont constaté que dans les zones du cerveau présentant des lésions 
(mesurées par l'imagerie de diffusion), celles où l'OEF était élevé 
avaient plus de chances de se réparer avec le temps. Concrètement, les 
patients dont les lésions avaient un OEF plus élevé ont montré une 
réduction du volume des lésions au bout de 6 jours, par rapport à ceux 
dont l'OEF était faible. Cela suggère que l'OEF pourrait être un 
indicateur utile pour prédire quelles lésions cérébrales ont plus de 
chances de récupérer après un AVC traité, ce qui pourrait aider à mieux 
guider le traitement des patients. Cet article a fait la couverture de 
la revue internationale STROKE, mettant en évidence le caractère 
novateur et le fort potentiel de cette étude.

En savoir plus [19]

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  CREATIS [26] | Contact

INSA LYON Bât. Léonard de Vinci, 21 Avenue Jean Capelle, 69621 
Villeurbanne Cedex

Directeur de publication: Olivier Beuf

CREATIS (c) 2025



Links:
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[1] https://www.creatis.insa-lyon.fr/newsletter/externe/2024/index.html
[2] 
https://www.iufrance.fr/les-membres-de-liuf/membre/2710-carole-frindel.html
[3] 
https://www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/benoit-allignet-laureat-du-concours-dinnovation-detat-i-phd-2024
[4] https://www.sfgbm.fr/archives/11569
[5] https://sfsep.org/presentation-de-la-sfsep/
[6] https://sfrmbm.fr/home-2/
[7] https://iabm2024.sciencesconf.org/?lang=fr
[8] https://iccr2024.org/index.html
[9] https://event.fourwaves.com/dlmi2024/
[10] 
https://www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/conference-le-jeune-au-dela-des-prejuges-un-outil-efficace-de-sante-et-prevention
[11] 
https://www.creatis.insa-lyon.fr/newsletter/externe/2024/page-parite-egalite.html
[12] 
https://www.creatis.insa-lyon.fr/newsletter/externe/2024/page-life.html
[13] 
https://www.creatis.insa-lyon.fr/newsletter/imgs/creatis-image-annee-2025-full.jpg
[14] http://www.opengatecollaboration.org/
[15] 
https://shop.elsevier.com/books/trustworthy-ai-in-medical-imaging/lorenzi/978-0-443-23761-4
[16] 
https://www.thegreenjournal.com/article/S0167-8140(24)00705-9/abstract
[17] https://hal.science/CREATIS/hal-04646232v1
[18] https://hal.sorbonne-universite.fr/I3M_UMR5149/hal-04627945v1
[19] https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39391984/
[20] https://www.unlayer.com
[21] https://www.rhone-auvergne.cnrs.fr/fr
[22] https://www.inserm.fr/
[23] https://www.insa-lyon.fr/
[24] https://www.univ-lyon1.fr/
[25] https://www.univ-st-etienne.fr/
[26] https://www.creatis.insa-lyon.fr/site7/fr
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