Développement d'un plugin 3D Slicer pour la correction d'annotations du réseau vasculaire cérébral

Le projet ANR PreSPIN a pour but de créer un simulateur de la chirurgie de l'EVT pour permettre aux chirurgiens de s'entraîner et de planifier cette intervention (voir Figure 1 dans le pdf). Pour cela, un des objectifs de ce projet est de créer des modèles géométriques précis du réseau vasculaire cérébral des patients souffrant d'AVC ischémique. Ces modèles seront créés par apprentissage profond qui nécessite une large base de données d'images IRM de cerveau de ces patients, chacune associée à une image "vérité terrain" localisant la position du réseau vasculaire cérébral (voir Figure 2 dans le pdf). Actuellement, cette image vérité terrain peut être générée de manière semi-automatique, néanmoins elle doit être corrigée et validée manuellement par des médecins experts de ce type d'image. Cette correction manuelle doit être faite pour chaque image 3D de la base de données, coupe par coupe et demande donc un temps très conséquent.

Le logiciel 3D Slicer est un logiciel libre de visualisation et de traitement d'images médicales qui propose notamment des outils de correction d'annotations.

L'objectif de ce stage, est de développer un plugin du logiciel 3D Slicer dédié à la correction des annotations du réseau vasculaire cérébral dans les images IRM. Pour cela, le ou la stagiaire se basera notamment sur les outils de création de lignes centrales disponibles dans le plugin VMTK et développera une interface permettant d'annoter consécutivement plusieurs branches du réseau vasculaire dans un seul modèle de segmentation. La génération d'annotations volumiques devra également être développée en restreignant de manière automatique les outils de croissance de région à des voisinages bien choisis. 

 

Le ou la stagiaire devra avoir une bonne connaissance des langages Python et C++. Une expérience en imagerie médicale et/ou utilisation du logiciel 3D Slicer est un plus. Le ou la stagiaire devra interagir régulièrement avec des médecins. Il ou elle devra être donc être capable de présenter de manière pédagogique son travail à des non-informaticiens et comprendre leurs attentes afin de modifier le plugin en conséquence.