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INGENIEUR LOGICIEL EN NEUROIMAGERIE – DEVELOPPEMENT BASE DE DONNEES ET LOGICIEL PRECLINIQUE EN IMAGERIE MEDICALE
Le laboratoire CREATIS à Lyon recrute un ingénieur logiciel en neuroimagerie (CDD de 16 mois) à partir de fin 2025.
Contexte :
Un nouveau projet de recherche translationnelle d’une durée de 54 mois vise à développer un outil clinique de dépistage des troubles neurodéveloppementaux chez les grands prématurés, à partir d’images échographiques crâniennes (cUS). Les objectifs scientifiques consistent à : - développer une chaîne de traitement permettant la reconstruction volumique 3D de cUS, - concevoir et valider des algorithmes d’apprentissage profond pour la détection et la segmentation automatiques des lésions de la substance blanche, du thalamus et du système ventriculaire cérébral (CVS), - corréler les évolutions longitudinales du thalamus et du CVS chez les prématurés avec ou sans lésions. Ce projet vise à améliorer la qualité des soins en facilitant l’accès à une imagerie cérébrale avancée et quantitative pour tous les enfants très prématurés, et en renforçant le diagnostic précoce des lésions cérébrales.
Missions :
Reconstruction 3D et recodage logiciel :
- Reprendre et recoder en C++ ou Python le pipeline de reconstruction 3D existant (initialement en Matlab),
- Concevoir une première version préclinique du logiciel intégrant les contraintes des dispositifs médicaux (tests, maintenance, documentation),
- Collaborer avec l’entreprise pour le développement préindustriel complet du pipeline.
Développement de la base de données :
- Mettre en place une architecture de base de données via l’application Kitware GIRDER,
- Développer un tableau de bord pour permettre aux experts d’annoter et de suivre l’état des données (échographies, IRM, annotations),
- Garantir la traçabilité et l’accessibilité des données pour l’ensemble des partenaires du projet.
L’ingénieur participera ainsi directement à la mise en place du logiciel et de la base de données auprès des utilisateurs sous forme de démonstrations et de documents d’aide (tutoriels, vidéos).
Compétences :
Obligatoires :
- Solides compétences en développement logiciel C++ ou Python,
- Expérience en structuration et gestion de bases de données (format BIDS apprécié),
Souhaitées :
- Connaissance des contraintes liées aux logiciels de dispositifs médicaux (tests, documentation, maintenance).
- Maîtrise de Matlab et/ou Python,
- Connaissances en imagerie médicale (DICOM, NIFTI, reconstruction 3D, algorithmes de recalage et de traitement d’images),
- Notions en intelligence artificielle appliquée à l’imagerie (segmentation, détection).
Une première expérience dans un contexte de recherche ou de développement logiciel en santé sera fortement valorisée.
Conditions du poste :
Durée : CDD de 16 mois
Salaire selon expérience et grilles applicables de l’INSA
Employeur : INSA
Localisation : Laboratoire CREATIS, Campus de la Doua (Villeurbanne).
Qualité de vie au travail :
Aides sociales (restauration, transport, périscolaire)
Congés (à partir de 45 jours/an), télétravail sous conditions
Cadre de travail exceptionnel avec infrastructures sportives et culturelles
Engagement institutionnel en faveur de la diversité, de la parité et du handicap.
Encadrement :
Responsable informatique et développement : Frédéric Cervenansky – frederic.cervenansky@creatis.insa-lyon.fr
Responsable scientifique du projet : Philippe Delachartre – philippe.delachartre@creatis.insa-lyon.fr