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Le groupe Microscopies du laboratoire MATEIS a développé une méthode pour analyser des objets nanométriques en 3D dans un liquide. Il s'agit plus spécifiquement de cellules vivantes et des Metal-Organic Frameworks (MOFs) utilisés dans la composition de certains vaccins. Cette méthode est basée sur du développment hardware (platine rotative placée dans un Microscope Electronique à Balayage) et software (script Python). Le code a été implémenté sur deux microscopes différents afin de pouvoir caractériser des échantillons à différentes échelles.
Le script Python a été mis au point par un précédent doctorant et possède de nombreuses fonctionnalités. Au travers de la prise de contrôle de la platine et du microscope, il permet en effet d’acquérir de manière automatisée des images de l’échantillon sous différents angles de vue. Pour garder la zone d’intérêt dans l’image, une correction des mouvements de l’échantillon peut être appliquée.
Suite à plusieurs mises à jour Python, le code n’est plus opérationnel sur l'un des 2 microscopes et le stagiaire aura pour premier objectif de le rendre à nouveau fonctionnel. Il pourra ensuite ajouter de nouvelles options, comme le réglage automatique de la mise au point (focus, éventuellement dynamique) et de l’astigmatisme dans l’image. Toute proposition d’amélioration sera également encouragée et considérée.
Le code pourra être mis à la disposition de la communauté scientifique. Une des applications potentielles est l’automatisation des microscopes, des appareils notoirement compliqués à utiliser.
Ce stage se situe dans le cadre d’un projet financé par l’Agence National de la Recherche (ANR).
Pour candidater, envoyer CV, lettre de motivation et dernier relevé de notes à:
Lucian Roiban : Lucian.Roiban@insa-lyon.fr
Voichita Maxim: Voichita.Maxim@creatis.insa-lyon.fr