Collaboration avec la Colombie

Universités partenaires : Universidad de los Andes et Pontificia Universidad Javeriana

Coordinateur français : Maciej Orkisz.


Universidad de los Andes     Adresse : Carrera 1 N° 18A 10 Bogotá, Colombie

Equipes partenaires : Imagine et Ingeniería Biomédica.

Coordinateur colombien : Marcela Hernández Hoyos (DEA 1998 et  thèse 2002 à CREATIS).

Pontificia Universidad Javeriana     Adresse : Carrera 7 No. 40 - 62 Bogotá, Colombie

Equipe partenaire : Takina.

Coordinateur colombien : Leonardo Flórez Valencia (DEA 2002 et  thèse 2006 à CREATIS).


Accords

  • accord cadre entre Universidad de los Andes et INSA-Lyon, signé pour la première fois le 13/02/2002, renouvellement le plus récent, étendu au Groupe INSA, le 6/12/2016, pour 5 ans
  • accord cadre entre Universidad de los Andes et l'Université Lyon 1, signé le pour la première fois le 3/12/2009, renouvellement le plus récent le 22/06/2015 pour 5 ans
  • accord de double diplôme master, rattaché à l'accord cadre : signé le 30/03/2012 entre le Master EEAP, parcours Images et Systèmes et la Maestría en Ingeniería de Sistemas y Computación
  • accord cadre entre la Pontificia Universidad Javeriana et le Groupe INSA, signé le 14/09/2012 pour 5 ans

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Projets

Programme ECOS Nord (chaque année la mobilité réciproque d’un chercheur confirmé et d’un chercheur junior de chaque côté) :

2003-2004 : C03S02 (Analyse interactive et stockage distribué d'images médicales 3D),

2007-2009 : C07M04 (Génération de fantômes vasculaires patient-spécifiques à partir d’images médicales 3D),

2011-2013 : C11S01 (Détection d’anomalies dans les arbres vasculaires).

2015-2017 : C15M04 (Quantification de l'aération pulmonaire chez les patients avec le syndrome de détresse respiratoire aigüe (SDRA) à partir d'images scanner).

Implication de CREATIS dans des projets soutenus par des organismes colombiens CIFI et Colciencias.


Formation par la recherche

Thèses

  1. Duván Alberto Gómez Betancur (thèse UniAndes en cours, coencadrée par Maciej Orkisz, distinction à la conférence ICCVG 2016),
  2. Alfredo Morales Pinzón (cotutelle UCBL/UniAndes, soutenue en 2016),
  3. Juan Carlos Prieto Bernal (soutenue en 2014),
  4. Maria Alejandra Zuluaga Valencia (cotutelle UCBL/UniAndes, soutenue en 2011),
  5. Leonardo Flórez Valencia (soutenue en 2006),
  6. Hector Duque (soutenue en 2005),
  7. Marcela Hernández Hoyos (soutenue en 2002).

Master 2 recherche / DEA

  1. Leslie Evelyn Solórzano Vargas (double diplôme UCBL/UniAndes, 2015),
  2. Diego Fernando Cáceres Herrera (2015),
  3. Juan Gabriel Riveros Reyes (double diplôme INSA/Javeriana, 2014),
  4. Juan Sebastián Torres González (double diplôme UCBL/UniAndes, 2013),
  5. Esteban Mauricio Correa Agudelo (double diplôme UCBL/UniAndes, 2013),
  6. Diana Carolina Ortega Muñoz (double diplôme UCBL/UniAndes, 2012),
  7. Ricardo Alberto Corredor Jerez (double diplôme UCBL/UniAndes, 2012),
  8. Fabián Andrés Gutiérrez Ossa (2012),
  9. Edgar José Fernando Delgado Leyton (2011),
  10. Juan Carlos Prieto Bernal (2010),
  11. Fernando Yepez Calderon (2008),
  12. Juan Francisco Carrillo (double diplôme INSA/UniAndes, 2005),
  13. Leonardo Flórez Valencia (double diplôme INSA/UniAndes, 2002),
  14. Eduardo Enrique Dávila Serrano (2002),
  15. Marcela Hernández Hoyos (1998).

Maestría (diplôme colombien, projets co-encadrés par Maciej Orkisz)

  1. Carolina Pérez Romanello (2013),
  2. Vanessa Pérez Romanello (2013),
  3. Catalina María Rodríguez Useche (2012),
  4. Alfredo Morales Pinzón (2010),
  5. Diego Hernando Cantor Rivera (2007).

Post-docs

  1. Carolina Vallecilla Erazo (2011-2013),
  2. Maria Alejandra Zuluaga Valencia (2011-12),
  3. Marcela Hernández Hoyos (2002-3).

Ingénieurs

  1. Ricardo Alberto Corredor Jerez (2012-14) – informatique, contractuel
  2. William Alberto Romero Ramírez (2011-16) – informatique, contractuel
  3. Eduardo Enrique Dávila Serrano – informatique, IE CNRS

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Autres échanges

Mobilité de chercheurs et d'enseignants-chercheurs

Le programme ECOS Nord prend en charge, chaque année, les séjours de 2 semaines d'un chercheur confirmé français et colombien et les séjours de 2 mois d'un doctorant de chaque pays. Ainsi, plus de trente missions ont été réalisées dans ce cadre. En outre, Leonardo Flórez Valencia a réalisé à CREATIS un séjour de 4 mois, de septembre à décembre 2014, comme enseignant-chercheur invité par l'INSA de Lyon.

Echanges d'élèves ingénieurs colombiens à l'INSA de Lyon

Formation d'étudiants de dernière année de Génie Informatique au développement des outils informatiques spécifiques pour les applications de traitement d’images médicales. Les étudiants suivent généralement des cours au département d’Informatique de l’INSA, puis réalisent leur projet de fin d'études encadré par un des membres du service informatique de CREATIS (info-dev) et en lien avec des projets de recherche du laboratoire.

Pontificia Universidad Javeriana

  1. Monica Lizeth Espinosa Rodríguez (2014-15),
  2. Carlos Felipe Torres Jiménez (2013-14),
  3. Daniel Felipe González Obando (2012-13), diplôme avec distinction,
  4. Juan Gabriel Riveros Reyes (2011-12), prix Otto de Greiff : 3e place dans la catégorie "sciences de la santé"
  5. José Luis Guzmán Rodríguez (2011-12),
  6. Diego Hernando Cáceres Herrera (2010-11).

Universidad de los Andes

  1. Margarita María Gómez Ballén (2017),
  2. María Camila Ángel Flórez (2015-16),
  3. Johann Felipe González Ávila (2014-15),
  4. Juan Pablo Reyes Gómez (2010-11),
  5. José Felipe Vargas Casadiego (2009-10),
  6. Ricardo Alberto Corredor Jerez (2009-10),
  7. Carolina Pérez Romanello (2009-10),
  8. Vanessa Pérez Romanello (2009-10),
  9. José Nicolas Trillos Uribe (2009-10),
  10. Juan Carlos Prieto Bernal (2008-9),
  11. John Harvey Casallas León (2008-9),
  12. Andrés Eugenio Donadio Galvis (2008-9),
  13. Juan Sebastián Caballero (2008-9),
  14. Juan Sebastián Torres González (2007-8),
  15. Silvia Lorena de la Torre Díaz (2007-8),
  16. Mónica María Lozano Romero (2007-8).

Projets de fin d'étude d'élèves ingénieurs colombiens à Bogotá, coencadrés par Maciej Orkisz

  1. Michael Baltaxe Milwer (2007) – lauréat du 2e Prix Otto de Greiff

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Production scientifique

Logiciels

MARACAS : logiciel d’analyse d’images médicales vasculaires

CreaTools : suite logicielle qui constitue la base des travaux de recherche communs.

Publications

Thesis

[MORA-16]A. Morales Pinzón, « Lung segmentation and airway tree matching : Application to aeration quantification in CT images of subjects with ARDS », Université Claude Bernard Lyon 1; Universidad de los Andes, Lyon, Bogotá, 2016.
Jury: Anna Fabijanska, Łódz University of Technology, Rapporteur Isabelle Bloch, Telecom ParisTech, Rapporteur Fraçoise Prêteux, École des Ponts ParisTech Examinateur Jean-Christophe Richard, Université Lyon 1, Hôpital de la Croix Rousse, Examinateur José Tiberio Hernández, Universidad de los Andes, Examinateur Leonardo Flórez Valencia, Pontificia Universidad Javeriana, Examinateur Maciej Orkisz, Université Lyon 1, Directeur de thèse Marcela Hernández Hoyos, Universidad de los Andes, Directeur de thèse
PDF icon Alfredo MORALES PINZON.pdf (20.9 MB)
[PRIE-14]J. C. Prieto, « Multiparametric organ modeling for shape statistics and simulation procedures », INSA Lyon, Lyon, 2014.
Jury : Martin Styner (rapporteur), Christian Germain (rapporteur), François Cotton, David Rousseau, Charles Guttmann, Stephen Pizer, Christophe Odet (directeur), Chantal Muller (co-directeur)
[ZULU-11d]M. A. Zuluaga, « Methods for the automation of vascular lesions detection in computed tomography images », Université Claude Bernard Lyon 1, Lyon, 2011.
Bloch I. (rap.), Hernández J.T. (Pdt), Hernández Hoyos M.(co-Dir.), Magnin I.E., Orkisz M. (co-Dir.), Romero E.E. et Salvado O. (rap.)
[FLOR-06]L. Flórez-Valencia, « Modèle d'état de cylindre généralisé et la quantification de sténoses artérielles en imagerie 3D », INSA Lyon, 2006.
Jacques Demongeot (rap.), Philippe Douek, José Tiberio Hernández, Isabelle Magnin (prés.), Maciej Orkisz, Jean Sequeira (rap.)
[DUQU-05b]H. Duque, « Conception et mise en oeuvre d'un environnement logiciel de manipulation et d'accès à des données réparties. Application aux grilles d'images médicales: le système DSEM/DM2 », Université Claude-Bernard Lyon I, 2005.
L. Brunie (dir.), I.E. Magnin (dir), J. Montagnat, J.F. Mehaut, V. Breton (rap.), R Namyst (rap.)
[HERN-02d]M. Hernández Hoyos, « Segmentation anisotrope 3D pour la quantification en imagerie vasculaire par résonnance magnétique », INSA-Lyon, 2002.
Bloch I. (rap.), Douek P., Hernandez J.T., Magnin I.E., Nahum R., Orkisz M. et Sequeira J. (rap.)

Journal Article

Invited Conference

[COUR-15]G. Courbebaisse, « Déploiement virtuel interactif d’un stent à dérivation de flux ». SFNR 2015 (42 ème Congrès de la Société Française de Neuroradilogie), Paris, France, 2015.
[COUR-14b]G. Courbebaisse, Corredor Jerez, R. A., et Flórez-Valencia, L., « Modelling of flow diverter & CFD ». ICS 14 (Interdisciplinary Cerebrovascular Symposium - Intracranial Stent Meeting), Zurich, Switzerland, 2014.
[ORKI-09a]M. Orkisz, « Medical imaging in CREATIS-LRMN », Inauguration de COLIVRI, Universidad de los Andes. Bogota, Colombia, 2009.
[ORKI-02b]M. Orkisz et Hernández Hoyos, M., « From inertia matrix to the analysis of vascular pathologies », Int Conf Computer Vision and Graphics. Zakopane, Poland, p. 6-15, 2002.
[ORKI-01f]M. Orkisz et Hernández Hoyos, M., « Models for 3D Vascular Image Analysis », Computer Graphics, Image Processing and Recognition. Warsaw, Poland, 2001.
[ORKI-01b]M. Orkisz et Hernández Hoyos, M., « Models for 3D vascular image analysis », Med. Informatics and Technologies, vol. 2. Jaszowiec, Poland, p. IP13-IP22, 2001.
[ORKI-98d]M. Orkisz et Hernández Hoyos, M., « Développements récents dans le traitement d'images : principes des techniques de segmentation d'images vasculaires 3D », 2-èmes Journées du Groupe de Recherche et de Réflexion en Angiographie par Résonance Magnétique. Paris, France, p. 94-103, 1998.

Conference Paper

[RIVE-14]J. G. Riveros Reyes, Flórez-Valencia, L., Corredor Jerez, R. A., et Courbebaisse, G., « Virtual Stent Deployment », in ICFD 2014, Eleventh International Conference on Flow Dynamics, Sendai, Japon, 2014.
[COUR-13]G. Courbebaisse, Ohta, M., Chen, Y., Vallecilla, C., et Kuze, M., « Flow Analysis for Coiled Intracranial Aneurysms », in ICFD 2013, Tenth International Conference on Flow Dynamics, Sendai, Japon, 2013.
[PRIE-12e]J. C. Prieto, Pérez Romanello, C., Pérez Romanello, V., Revol-Muller, C., Odet, C., Orkisz, M., et Hernández Hoyos, M., « Segmentación del árbol vascular pulmonar », in XXXVIII Conferencia Latinoamericana en Informática (CLEI), Medellín, Colombia, 2012, p. 1-7.
[ZULU-11b]M. A. Zuluaga, Hush, D., Delgado Leyton, E. J. F., Hernández Hoyos, M., et Orkisz, M., « Learning from Only Positive and Unlabeled Data to Detect Lesions in Vascular CT Images », in Medical Image Computing and Computer Assisted Interventions - MICCAI , Toronto, Canada, 2011, vol. LNCS 6893, Part III, p. 9-16.
[GUTI-11]F. A. Gutiérrez Ossa, Ortega, D. C., Orkisz, M., Uriza, L. F., et Hernández Hoyos, M., « Automatic segmentation of pulmonary arterial tree in Computed Tomography images », in Sexto Congreso Colombiano de Computación (6CCC), Manizales, Colombia, 2011, p. 6 in electronic proc.
[ZULU-10b]M. A. Zuluaga, Orkisz, M., Hernández Hoyos, M., Lozano Martínez, F., et Magnin, I. E., « Towards vascular abnormality detection: an SVM approach », in 24rth CARS - Comput Assisted Radiol Surg, Geneva, Switzerland, 2010, vol. 5-suppl.1, p. S355-6 (abstract).
[FLOR-10c]L. Flórez-Valencia, Azencot, J., et Orkisz, M., « Carotid arteries segmentation in CT images with use of a right generalized cylinder model », in Quinto Congreso Colombiano de Computación (5CCC), Cartagena de Indias, Colombia, 2010, p. 6 in electronic proc.
[ZULU-10e]M. A. Zuluaga, Delgado Leyton, E. J. F., Hernández Hoyos, M., et Orkisz, M., « Feature selection for SVM-based vascular anomaly detection », in MICCAI Workshop on Medical Computer Vision, Beijing, China, 2010, vol. LNCS 6533, p. 141-152.
[MORA-10]A. Morales Pinzón, Orkisz, M., Teillaud, S., Sánchez, J. A., et Hernández Hoyos, M., « Extracción semi-automática de ejes de canales de corales », in Sexto Seminario Internacional de Procesamiento de y Análisis de Imágenes Médicas, Bogotá, Colombia, 2010, p. 10 pages in electronic proceedings.
[ZULU-09d]M. A. Zuluaga, Hernández Hoyos, M., et Orkisz, M., « Evaluación del efecto de volumen parcial en imágenes TAC para el mejoramiento de la segmentación arterial coronaria », in Quinto Seminario de Ingeniería Biomédica y Quinto Seminario Internacional de Procesamiento de y Análisis de Imágenes Médicas, Bogota, Colombia, 2009, p. 4 in electronic proc.
[FLOR-09]L. Flórez-Valencia, Azencot, J., et Orkisz, M., « Carotid arteries segmentation in CT images with use of a right generalized cylinder model », in MICCAI Workshop - 3D Segmentation in the Clinic: A Grand Challenge III, London, GB, 2009, p. 8 on-line.
[ZULU-09c]M. A. Zuluaga, Orkisz, M., Delgado Leyton, E. J. F., Doré, V., Morales Pinzón, A., et Hernández Hoyos, M., « Adaptación del algoritmo MARACAS para la segmentación de la bifurcación de la arteria carótida y cuantificación de estenosis en imágenes TAC », in Quinto Seminario de Ingeniería Biomédica y Quinto Seminario Internacional de Procesamiento de y Análisis de Imágenes Médicas, Bogota, Colombia, 2009, p. 5 in electronic proc.
[BENM-09]F. Benmansour, Cohen, L. D., Dávila Serrano, E. E., Douek, P., Orkisz, M., et Zuluaga, M. A., « New Interactive Methods for Tubular Structure Segmentation on Medical Images », in 12th ISRACAS - Israeli Symposium on Computer-Aided Surgery, Medical Robotics, and Medical Imaging, Tel-Aviv, Israel, 2009, p. 10 in CD.
[CANT-07d]D. Cantor Rivera, Orkisz, M., Uriza Carrasco, L. F., et Hernández Hoyos, M., « Generación de modelos vasculares específicos al paciente a partir de IRM 3D usando el algoritmo de fast-marching », in Cuarto Seminario de Ingeniería Biomédica y Quinto Seminario Internacional de Procesamiento de y Análisis de Imágenes Médicas, Bogota, Colombia, 2007, p. 2 in electronic proc.
[CARR-06a]J. F. Carrillo, Hernández Hoyos, M., et Orkisz, M., « Automatic vascular tree segmentation », in XXXII Conferencia Latinoamericana de Informática CLEI, Santiago de Chile, Chile, 2006, p. 174 (abstract; 8 p. full paper on CD).
[CARR-06b]J. F. Carrillo, Dávila Serrano, E. E., Hernández Hoyos, M., et Orkisz, M., « Vascular tree extraction from 3D images », in 20th CARS - Computer Assisted Radiology and Surgery, Osaka, Japan, 2006, p. 462 (abstract).
[CARR-06c]J. F. Carrillo, Hernández Hoyos, M., Dávila Serrano, E. E., et Orkisz, M., « Segmentación y visualización arterial en ARM y TAC », in XXXI Congreso Colombiano de Radiología, Cartagena, Colombia, 2006, p. 21-22 (abstract).
[PIER-05]J. M. Pierson, Seitz, L., Duque, H., et Montagnat, J., « MetaData for Efficient, Secure and Extensible Access to Data in a Medical Grid », in Database and Expert System Applications (DEXA'04), Zaragoza, Spain, 2005, p. 562-566.
[FLOR-04a]L. Flórez-Valencia, Vincent, F., et Orkisz, M., « Fast 3D pre-segmentation of arteries in computed tomography angiograms », in Int Conf Comput Vision Graphics, Warsaw, Poland, 2004, Computational Imaging and Vision., vol. 32, p. 361-366.
[DUQU-03]H. Duque, Montagnat, J., Pierson, J. M., Brunie, L., et Magnin, I. E., « DM2: A Distributed Medical Data Manager for Grids », in Biogrid'03, proceedings of the IEEE CCGrid03, Tokyo, Japan, 2003, p. 606-611.
[ORKI-02c]M. Orkisz et Hernández Hoyos, M., « Suivi de vaisseaux sanguins dans des images 3D à l'aide d'un modèle de base de moments », in Mathématiques et Imagerie, Journée 'Application à la modélisation et l'imagerie en Cardio-Vasculaire', Lyon, France, 2002.
[FLOR-02]L. Flórez-Valencia, Montagnat, J., et Orkisz, M., « 3D graphical models for vascular-stent pose simulation », in Int Conf Comput Vision Graphics, Zakopane, Poland, 2002, p. 259-266.
[MONT-02]J. Montagnat, Dávila Serrano, E. E., et Magnin, I. E., « 3D objects visualization for remote interactive medical applications », in 3D Data Visualization, Processing, and Transmission (3DPVT'02), Padova, Italy, 2002, p. 75-48.
[ORKI-01c]M. Orkisz et Hernández Hoyos, M., « Models for 3D Vascular Image Analysis », in Computer Graphics, Image Processing and Recognition, Warsaw, Poland, 2001.

Book Chapter

[FLOR-17a]L. Flórez-Valencia et Orkisz, M., « Right generalized cylinder model for vascular segmentation », in Computing and Visualization for Intravascular Imaging and Computer-Assisted Stenting, 1ᵉʳ éd., Elsevier, 2017, p. 131-156.
[ORKI-04]M. Orkisz et Hernández Hoyos, M., « Podstawy technik segmentacji stosowanych w przetwarzaniu obrazow 3D naczyn krwionosnych », in Polska Akademia Nauk Biocybernetyka i Inzynieria Biomedyczna 2000, Obrazowanie biomedyczne, vol. 8, M. Nalecz, Chmielewski, L., Kulikowski, J. M., et Nowakowski, A. Warszawa, Poland: Akademicka Oficyna Wydawnicza EXIT, Publ., 2004, p. 351–372.