Collaboration avec la Colombie

Universités partenaires : Universidad de los Andes et Pontificia Universidad Javeriana

Coordinateur français : Maciej Orkisz.

Universidad de los Andes     Adresse : Carrera 1 N° 18A 10 Bogotá, Colombie

Equipes partenaires : Imagine et Ingeniería Biomédica.

Coordinateur colombien : Marcela Hernández Hoyos (DEA 1998 et  thèse 2002 à CREATIS).

Pontificia Universidad Javeriana     Adresse : Carrera 7 No. 40 - 62 Bogotá, Colombie

Equipe partenaire : Takina.

Coordinateur colombien : Leonardo Flórez Valencia (DEA 2002 et  thèse 2006 à CREATIS).

Accords

  • accord cadre entre Universidad de los Andes et INSA-Lyon, signé pour la première fois le 13/02/2002, renouvellement le plus récent, étendu au Groupe INSA, le 6/12/2016, pour 5 ans
  • accord cadre entre Universidad de los Andes et l'Université Lyon 1, signé le pour la première fois le 3/12/2009, renouvellement le plus récent le 22/06/2015 pour 5 ans
  • accord de double diplôme master, rattaché à l'accord cadre : signé le 30/03/2012 entre le Master EEAP, parcours Images et Systèmes et la Maestría en Ingeniería de Sistemas y Computación
  • accord cadre entre la Pontificia Universidad Javeriana et le Groupe INSA, signé le 14/09/2012 pour 5 ans

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Projets

Programme ECOS Nord (chaque année la mobilité réciproque d’un chercheur confirmé et d’un chercheur junior de chaque côté) :

2003-2004 : C03S02 (Analyse interactive et stockage distribué d'images médicales 3D),

2007-2009 : C07M04 (Génération de fantômes vasculaires patient-spécifiques à partir d’images médicales 3D),

2011-2013 : C11S01 (Détection d’anomalies dans les arbres vasculaires).

2015-2017 : C15M04 (Quantification de l'aération pulmonaire chez les patients avec le syndrome de détresse respiratoire aigüe (SDRA) à partir d'images scanner).

Implication de CREATIS dans des projets soutenus par des organismes colombiens CIFI et Colciencias.

Formation par la recherche

Thèses

  1. Alfredo Morales Pinzón (cotutelle UCBL/UniAndes, soutenue en 2016),
  2. Juan Carlos Prieto Bernal (soutenue en 2014),
  3. Maria Alejandra Zuluaga Valencia (cotutelle UCBL/UniAndes, soutenue en 2011),
  4. Leonardo Flórez Valencia (soutenue en 2006),
  5. Hector Duque (soutenue en 2005),
  6. Marcela Hernández Hoyos (soutenue en 2002).

Master 2 recherche / DEA

  1. Leslie Evelyn Solórzano Vargas (double diplôme UCBL/UniAndes, 2015),
  2. Diego Fernando Cáceres Herrera (2015),
  3. Juan Gabriel Riveros Reyes (double diplôme INSA/Javeriana, 2014),
  4. Juan Sebastián Torres González (double diplôme UCBL/UniAndes, 2013),
  5. Esteban Mauricio Correa Agudelo (double diplôme UCBL/UniAndes, 2013),
  6. Diana Carolina Ortega Muñoz (double diplôme UCBL/UniAndes, 2012),
  7. Ricardo Alberto Corredor Jerez (double diplôme UCBL/UniAndes, 2012),
  8. Fabián Andrés Gutiérrez Ossa (2012),
  9. Edgar José Fernando Delgado Leyton (2011),
  10. Juan Carlos Prieto Bernal (2010),
  11. Fernando Yepez Calderon (2008),
  12. Juan Francisco Carrillo (double diplôme INSA/UniAndes, 2005),
  13. Leonardo Flórez Valencia (double diplôme INSA/UniAndes, 2002),
  14. Eduardo Enrique Dávila Serrano (2002),
  15. Marcela Hernández Hoyos (1998).

Maestría (diplôme colombien, projets co-encadrés par Maciej Orkisz)

  1. María Mercedes Márquez Sosa (2023),
  2. Camila García Hernández (2018),
  3. Carolina Pérez Romanello (2013),
  4. Vanessa Pérez Romanello (2013),
  5. Catalina María Rodríguez Useche (2012),
  6. Alfredo Morales Pinzón (2010),
  7. Diego Hernando Cantor Rivera (2007).

Post-docs

  1. Carolina Vallecilla Erazo (2011-2013),
  2. Maria Alejandra Zuluaga Valencia (2011-12),
  3. Marcela Hernández Hoyos (2002-3).

Ingénieurs

  1. Ricardo Alberto Corredor Jerez (2012-14) – informatique, contractuel
  2. William Alberto Romero Ramírez (2011-16) – informatique, contractuel
  3. Eduardo Enrique Dávila Serrano – informatique, IE CNRS

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Autres échanges

Mobilité de chercheurs et d'enseignants-chercheurs

Le programme ECOS Nord prend en charge, chaque année, les séjours de 2 semaines d'un chercheur confirmé français et colombien et les séjours de 2 mois d'un doctorant de chaque pays. Ainsi, plus de trente missions ont été réalisées dans ce cadre. En outre, Leonardo Flórez Valencia a réalisé à CREATIS un séjour de 4 mois, de septembre à décembre 2014, comme enseignant-chercheur invité par l'INSA de Lyon.

Echanges d'élèves ingénieurs colombiens à l'INSA de Lyon

Formation d'étudiants de dernière année de Génie Informatique au développement des outils informatiques spécifiques pour les applications de traitement d’images médicales. Les étudiants suivent généralement des cours au département d’Informatique de l’INSA, puis réalisent leur projet de fin d'études encadré par un des membres du service informatique de CREATIS (info-dev) et en lien avec des projets de recherche du laboratoire.

Pontificia Universidad Javeriana

  1. Monica Lizeth Espinosa Rodríguez (2014-15),
  2. Carlos Felipe Torres Jiménez (2013-14),
  3. Daniel Felipe González Obando (2012-13), diplôme avec distinction,
  4. Juan Gabriel Riveros Reyes (2011-12), prix Otto de Greiff : 3e place dans la catégorie "sciences de la santé"
  5. José Luis Guzmán Rodríguez (2011-12),
  6. Diego Hernando Cáceres Herrera (2010-11).

Universidad de los Andes

  1. Pablo Andrés Garzón Robayo (2023),
  2. Margarita María Gómez Ballén (2017),
  3. María Camila Ángel Flórez (2015-16),
  4. Johann Felipe González Ávila (2014-15),
  5. Juan Pablo Reyes Gómez (2010-11),
  6. José Felipe Vargas Casadiego (2009-10),
  7. Ricardo Alberto Corredor Jerez (2009-10),
  8. Carolina Pérez Romanello (2009-10),
  9. Vanessa Pérez Romanello (2009-10),
  10. José Nicolas Trillos Uribe (2009-10),
  11. Juan Carlos Prieto Bernal (2008-9),
  12. John Harvey Casallas León (2008-9),
  13. Andrés Eugenio Donadio Galvis (2008-9),
  14. Juan Sebastián Caballero (2008-9),
  15. Juan Sebastián Torres González (2007-8),
  16. Silvia Lorena de la Torre Díaz (2007-8),
  17. Mónica María Lozano Romero (2007-8).

Projets de fin d'étude d'élèves ingénieurs colombiens à Bogotá, coencadrés par Maciej Orkisz

  1. Michael Baltaxe Milwer (2007) – lauréat du 2e Prix Otto de Greiff

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Production scientifique

Logiciels

MARACAS : logiciel d’analyse d’images médicales vasculaires

CreaTools : suite logicielle qui constitue la base des travaux de recherche communs.

Publications

Thesis

[MORA-16]A. Morales Pinzón, « Lung segmentation and airway tree matching : Application to aeration quantification in CT images of subjects with ARDS », Université Claude Bernard Lyon 1; Universidad de los Andes, Lyon, Bogotá, 2016.
Jury: Anna Fabijanska, Łódz University of Technology, Rapporteur Isabelle Bloch, Telecom ParisTech, Rapporteur Fraçoise Prêteux, École des Ponts ParisTech Examinateur Jean-Christophe Richard, Université Lyon 1, Hôpital de la Croix Rousse, Examinateur José Tiberio Hernández, Universidad de los Andes, Examinateur Leonardo Flórez Valencia, Pontificia Universidad Javeriana, Examinateur Maciej Orkisz, Université Lyon 1, Directeur de thèse Marcela Hernández Hoyos, Universidad de los Andes, Directeur de thèse
PDF icon Alfredo MORALES PINZON.pdf (20.9 MB)
[PRIE-14]J. C. Prieto, « Multiparametric organ modeling for shape statistics and simulation procedures », INSA Lyon, Lyon, 2014.
Jury : Martin Styner (rapporteur), Christian Germain (rapporteur), François Cotton, David Rousseau, Charles Guttmann, Stephen Pizer, Christophe Odet (directeur), Chantal Muller (co-directeur)
[ZULU-11d]M. A. Zuluaga, « Methods for the automation of vascular lesions detection in computed tomography images », Université Claude Bernard Lyon 1, Lyon, 2011.
Bloch I. (rap.), Hernández J.T. (Pdt), Hernández Hoyos M.(co-Dir.), Magnin I.E., Orkisz M. (co-Dir.), Romero E.E. et Salvado O. (rap.)
[FLOR-06]L. Flórez-Valencia, « Modèle d'état de cylindre généralisé et la quantification de sténoses artérielles en imagerie 3D », INSA Lyon, 2006.
Jacques Demongeot (rap.), Philippe Douek, José Tiberio Hernández, Isabelle Magnin (prés.), Maciej Orkisz, Jean Sequeira (rap.)
[DUQU-05b]H. Duque, « Conception et mise en oeuvre d'un environnement logiciel de manipulation et d'accès à des données réparties. Application aux grilles d'images médicales: le système DSEM/DM2 », Université Claude-Bernard Lyon I, 2005.
L. Brunie (dir.), I.E. Magnin (dir), J. Montagnat, J.F. Mehaut, V. Breton (rap.), R Namyst (rap.)
[HERN-02d]M. Hernández Hoyos, « Segmentation anisotrope 3D pour la quantification en imagerie vasculaire par résonnance magnétique », INSA-Lyon, 2002.
Bloch I. (rap.), Douek P., Hernandez J.T., Magnin I.E., Nahum R., Orkisz M. et Sequeira J. (rap.)

Journal Article

[MORA-17b]A. Morales Pinzón, Orkisz, M., Richard, J. C., et Hernández Hoyos, M., « Lung Segmentation by Cascade Registration », IRBM, vol. 38, p. 266-280, 2017.
[MORA-17a]A. Morales Pinzón, Hernández Hoyos, M., Richard, J. C., Flórez-Valencia, L., et Orkisz, M., « A tree-matching algorithm: Application to airways in CT images of subjects with the acute respiratory distress syndrome », Medical Image Analysis, vol. 35, p. 101 - 115, 2017.
[RIBE-15]D. Ribeiro de Sousa, Vallecilla, C., Chodzynski, K. J., Corredor Jerez, R. A., Malaspinas, O., Eker, O., Ouared, R., Vanhamme, L., Legrand, A., Chopard, B., Courbebaisse, G., et Zouaoui Boudjeltia, K., « Determination of a shear rate threshold for thrombus formation in intracranial aneurysms », JNIS 'Journal of NeuroInterventional Surgery', p. 1-6, 2015.
[RICH-14]J. C. Richard, Pouzot, C., Morales Pinzón, A., Torres González, J. S., Orkisz, M., Neyran, B., Hernández Hoyos, M., Lavenne, F., et Guérin, C., « Reliability of the nitrogen washout-washin technique to assess end-expiratory lung volume at variable PEEP and tidal volumes », Intensive Care Medicine Experimental, vol. 2, 2014.
[ORKI-14]M. Orkisz, Hernández Hoyos, M., Pérez Romanello, V., Pérez Romanello, C., Prieto, J. C., et Revol-Muller, C., « Segmentation of the pulmonary vascular trees in 3D CT images using variational region-growing », IRBM, vol. 35, p. 11-19, 2014.
[MORA-14]A. Morales Pinzón, Orkisz, M., Rodríguez Useche, C. M., Torres González, J. S., Teillaud, S., Sánchez, J. A., et Hernández Hoyos, M., « A semi-automatic method to extract canal pathways in 3D micro-CT images of octocorals », PLoS ONE, 2014.
[RUDY-14]R. D. Rudyanto, Kerkstra, S., Rikxoort, E. M., Fetita, C., Brillet, P., Lefevre, C., Xue, W., Zhu, X., Liang, J., Öksüz, I., Ünay, D., Kadipasaoglu, K., San José Estépar, R., Ross, J. C., Washko, G. R., Prieto, J. C., Hernández Hoyos, M., Orkisz, M., Meine, H., Hüllebrand, M., Stöcker, C., Lopez Mir, F., Naranjo, V., Villanueva, E., Staring, M., Xiao, C., Stoel, B. C., Fabijanska, A., Smistad, E., Elster, A. C., Lindseth, F., Foruzan, A. H., Kiros, R., Popuri, K., Cobzas, D., Jimenez-Carretero, D., Santos, A., Ledesma-Carbayo, M. J., Helmberger, M., Urschler, M., Pienn, M., Bosboom, D. G. H., Campo, A., Prokop, M., Jong, P. A., Ortiz-de-Solorzano, C., Muñoz-Barrutia, A., et van Ginneken, B., « Comparing algorithms for automated vessel segmentation in computed tomography scans of the lung: The VESSEL12 study », Medical Image Analysis, vol. 18, p. 1217-1232, 2014.
[ZULU-14]M. A. Zuluaga, Orkisz, M., Dong, P., Pacureanu, A., Gouttenoire, P. J., et Peyrin, F., « Bone canalicular network segmentation in 3D nano-CT images through geodesic voting and image tessellation », Physics in Medicine and Biology, vol. 59, p. 2155–2171, 2014.
[ZULU-14a]M. A. Zuluaga, Hernández Hoyos, M., et Orkisz, M., « Feature selection based on empirical-risk function to detect lesions in vascular Computed Tomography images », IRBM, vol. 35, p. 244-254, 2014.
[KIRI-2013]H. A. Kirişli, Schaap, M., Metz, C., Dharampal, A. S., Meijboom, W. B., Papadopoulou, S. L., Dedic, A., Nieman, K., de Graaf, M. A., Meijs, M. F. L., Cramer, M. J., Broersen, A., Cetin, S., Eslami, A., Flórez-Valencia, L., Lor, K. L., Matuszewski, B., Melki, I., Mohr, B., Öksüz, I., Shahzad, R., Wang, C., Kitslaar, P. H., Unal, G., Katouzian, A., Orkisz, M., Chen, C. M., Precioso, F., Najman, L., Masood, S., Ünay, D., van Vliet, L., Moreno, R., Goldenberg, R., Vuçini, E., Krestin, G. P., Niessen, W. J., et van Walsum, T., « Standardized evaluation framework for evaluating coronary artery stenoses detection, stenoses quantification and lumen segmentation algorithms in Computed Tomography Angiography », Medical Image Analysis, vol. 17, p. 859-876, 2013.
[HERN-12b]M. Hernández Hoyos, Dávila Serrano, E. E., Correa Agudelo, E. M., Torres González, J. S., Corredor Jerez, R. A., Gutiérrez Ossa, F. A., Flórez-Valencia, L., Mouton, C., et Orkisz, M., « CreaTools: una plataforma para desarrollo de software de procesamiento de imágenes médicas. Aplicación a la segmentación de arterias coronarias y a la detección automática de lesiones en imágenes de angioTAC », Revista Colombiana de Radiología, vol. 23, p. 3521-3528, 2012.
[ZULU-11e]M. A. Zuluaga, Larrue, A., Rattner, A., Vico, L., et Peyrin, F., « Acquisition of Synchrotron Radiation micro-CT images for the investigation of bone micro-cracks », The MIDAS Journal - Medical Image Computing, p. 7, 2011.
[ZULU-11a]M. A. Zuluaga, Magnin, I. E., Hernández Hoyos, M., Delgado Leyton, E. J. F., Lozano, F., et Orkisz, M., « Automatic detection of abnormal vascular cross-sections based on Density Level Detection and Support Vector Machines », Int J Comput Assist Radiol Surg, vol. 6, p. 163-174, 2011.
[HAME-11]K. Hameeteman, Zuluaga, M. A., Freiman, M., Joskowicz, L., Cuisinaire, O., Flórez-Valencia, L., Gülsün, M. A., Krissian, K., Mille, J., Wong, W. C. K., Orkisz, M., Tek, H., Hernández Hoyos, M., Benmansour, F., Chung, A. C. S., Rozie, S., van Gils, M., van den Borne, L., Sosna, J., Berman, P., Cohen, N., Douek, P., Sánchez, I., Aissat, M., Schaap, M., Metz, C. T., van der Lugt, A., Krestin, G., Niessen, W. J., et van Walsum, T., « Evaluation Framework for Carotid Bifurcation Lumen Segmentation and Stenosis Grading », Med Image Anal, vol. 15, p. 477-488, 2011.
[ZULU-11d]M. A. Zuluaga, Ibañez, L., et Peyrin, F., « Large Image Streaming using ITKv4 », The Insight Journal, vol. January-June, 2011.
[FLOR-10a]L. Flórez-Valencia, Azencot, J., et Orkisz, M., « Carotid arteries segmentation in CT images with use of a right generalized cylinder model », Revista Colombiana de Computación, vol. 11, p. 79-93, 2010.
[ZULU-10d]M. A. Zuluaga, Orkisz, M., Delgado Leyton, E. J. F., Doré, V., Morales Pinzón, A., et Hernández Hoyos, M., « Adaptación del algoritmo MARACAS para la segmentación de la bifurcación de la arteria carótida y cuantificación de estenosis en imágenes TAC », Actas Biol Colombianas, vol. 15, p. 195 - 210, 2010.
[SCHA-09]M. Schaap, Metz, C. T., van Walsum, T., van der Giessen, A. G., Weustink, A. C., Mollet, N. R., Bauer, C., Bogunović, H., Castro, C., Deng, X., Dikici, E., O'Donnell, T., Frenay, M., Friman, O., Hernández Hoyos, M., Kitslaar, P. H., Krissian, K., Kühnel, C., Luengo-Oroz, M. A., Orkisz, M., Smedby, Ö., Styner, M., Szymczak, A., Tek, H., Wang, C., Warfield, S. K., Zhang, Y., Zambal, S., Krestin, G. P., et Niessen, W. J., « Standardized evaluation methodology and reference database for evaluating coronary artery centerline extraction algorithms », Med Image Anal, vol. 13, p. 701–714, 2009.
[ZULU-09e]M. A. Zuluaga, Orkisz, M., et Hernández Hoyos, M., « Mejoramiento de la segmentación arterial coronaria a traves del modelamiento del volumen parcial en imágenes TAC », Revista Colombiana de Radiología, vol. 20, p. 2702-2707, 2009.
[ORKI-08]M. Orkisz, Flórez-Valencia, L., et Hernández Hoyos, M., « Models, algorithms and applications in vascular image segmentation », Mach Graph Vision, vol. 17, p. 5-33, 2008.
[CANT-07c]D. Cantor Rivera, Orkisz, M., Arias, J. A., Uriza, L. F., et Hernández Hoyos, M., « Modelamiento en 3D de patologías vasculares a partir de imágenes de resonancia magnética sustraídas », Revista Colombiana de Radiología, vol. 18, p. 2225-2232, 2007.
[FLOR-07b]L. Flórez-Valencia, Montagnat, J., et Orkisz, M., « 3D models for vascular lumen segmentation in MRA images and for artery-stenting simulation », Innov Tech Biol Med - RBM, vol. 28, p. 65-71, 2007.
[CARR-07]J. F. Carrillo, Hernández Hoyos, M., Dávila Serrano, E. E., et Orkisz, M., « Recursive tracking of vascular tree axes in 3D medical images », Int J Comput Assist Radiol Surg, vol. 1, p. 331-339, 2007.
[HERN-06a]M. Hernández Hoyos, Orlowski, P., Piatkowska-Janko, E., Bogorodzki, P., et Orkisz, M., « Vascular centreline extraction in 3D MR angiograms applied to select acquisition plane for blood flow measurement by phase contrast MRI », Int J Comput Assist Radiol Surg, vol. 1, p. 51-61, 2006.
[HERN-06b]M. Hernández Hoyos, Serfaty, J. M., Maghiar, A., Mansard, C., Orkisz, M., Magnin, I. E., et Douek, P., « Evaluation of semi-automatic arterial stenosis quantification », Int J Comput Assist Radiol Surg, vol. 1, p. 167-175, 2006.
[CARR-06d]J. F. Carrillo, Hernández Hoyos, M., Dávila Serrano, E. E., et Orkisz, M., « Segmentación y visualización arterial en ARM y TC », Revista Colombiana de Radiología, vol. 17, p. 2028-2036, 2006.
[HERN-05]M. Hernández Hoyos, Orkisz, M., Douek, P., et Magnin, I. E., « Assessment of carotid artery stenoses in 3D contrast-enhanced magnetic resonance angiography, based on improved generation of the centerline », Mach Graph Vision, vol. 14, p. 349-378, 2005.
[FLOR-04b]L. Flórez-Valencia, Montagnat, J., et Orkisz, M., « 3D graphical models for vascular-stent pose simulation », Mach Graph Vision, vol. 13, p. 235-248, 2004.
[MONT-04h]J. Montagnat, Bellet, F., Benoit-Cattin, H., Breton, V., Brunie, L., Duque, H., Legre, Y., Magnin, I. E., Miguet, S., Pierson, J. M., Seitz, L., et Tweed, T., « Medical images simulation, storage, and processing on the European DataGrid testbed », Journal of Grid Computing, vol. 2, p. 387-400, 2004.
[HERN-02a]M. Hernández Hoyos, Orkisz, M., Puech, P., Mansard, C., Douek, P., et Magnin, I. E., « Computer assisted analysis of 3D MRA images », Radiographics, vol. 22, p. 421-436, 2002.
[MARC-02]B. Marchand, Douek, P., Robert, P., Corot, C., Roux, J. P., Adeleine, P., Hernández Hoyos, M., Crémillieux, Y., Orkisz, M., et Canet-Soulas, E., « Standardized MR protocol for the evaluation of MRA sequences and/or contrast agents effects in high-degree arterial stenosis analysis », Magma, vol. 14, p. 259–267, 2002.
[ORKI-01a]M. Orkisz et Hernández Hoyos, M., « Models for 3D vascular image analysis », J Med Inform Technol, vol. 2, p. 13-22, 2001.
[MARC-01a]B. Marchand, Hernández Hoyos, M., Orkisz, M., et Douek, P., « Diagnostic des sténoses de l'artère rénale en Angiographie par Résonance Magnétique et appréciation du degré de sténose », J Mal Vasc, vol. 25, p. 312-320, 2001.
[ORKI-00a]M. Orkisz, Hernández Hoyos, M., Douek, P., et Magnin, I. E., « Advances of blood vessel morphology analysis in 3D magnetic resonance images », Mach Graph Vision, vol. 9, p. 463–471, 2000.

Invited Conference

[COUR-15]G. Courbebaisse, « Déploiement virtuel interactif d’un stent à dérivation de flux ». SFNR 2015 (42 ème Congrès de la Société Française de Neuroradilogie), Paris, France, 2015.
[ORKI-15]M. Orkisz, Hernández Hoyos, M., et Flórez-Valencia, L., « Angiographic image processing to detect and quantify arterial lesions ». GdR ISIS et STIC Santé, ANR VIVABRAIN, Paris 23-25 June 2015, 2015.
[COUR-14b]G. Courbebaisse, Corredor Jerez, R. A., et Flórez-Valencia, L., « Modelling of flow diverter & CFD ». ICS 14 (Interdisciplinary Cerebrovascular Symposium - Intracranial Stent Meeting), Zurich, Switzerland, 2014.
[PEYR-12c]F. Peyrin, Pacureanu, A., Zuluaga, M. A., Dong, P., et Langer, M., « 3D X-ray CT imaging of the bone lacunar-canalicular network ». Proceedings IEEE 9th ISBI 2012, Barcelona, Spain , p. 1788-1791, 2012.
[ORKI-09a]M. Orkisz, « Medical imaging in CREATIS-LRMN », Inauguration de COLIVRI, Universidad de los Andes. Bogota, Colombia, 2009.
[ORKI-02b]M. Orkisz et Hernández Hoyos, M., « From inertia matrix to the analysis of vascular pathologies », Int Conf Computer Vision and Graphics. Zakopane, Poland, p. 6-15, 2002.
[ORKI-01f]M. Orkisz et Hernández Hoyos, M., « Models for 3D Vascular Image Analysis », Computer Graphics, Image Processing and Recognition. Warsaw, Poland, 2001.
[ORKI-01b]M. Orkisz et Hernández Hoyos, M., « Models for 3D vascular image analysis », Med. Informatics and Technologies, vol. 2. Jaszowiec, Poland, p. IP13-IP22, 2001.
[ORKI-00b]M. Orkisz, Hernández Hoyos, M., Magnin, I. E., et Douek, P., « Advances in image processing techniques applied to 3D MRA images enhancement, segmentation and quantification - A survey and contributions », XII Int. Workshop on MRA, vol. 12. Lyon, France, p. 44, 2000.
[ORKI-99b]M. Orkisz, Hernández Hoyos, M., et Douek, P., « Automatic vessel axis extraction and equivalent diameter estimation from 3D MRA data », XI Int. Workshop on MRA, vol. 41. Lund, Sweden, p. 63, 1999.
[ORKI-98d]M. Orkisz et Hernández Hoyos, M., « Développements récents dans le traitement d'images : principes des techniques de segmentation d'images vasculaires 3D », 2-èmes Journées du Groupe de Recherche et de Réflexion en Angiographie par Résonance Magnétique. Paris, France, p. 94-103, 1998.

Conference Paper

[MORA-16b]A. Morales Pinzón, Gómez Betancur, D. A., Solórzano Vargas, L. E., Richard, J. C., Orkisz, M., et Hernández Hoyos, M., « A novel hybrid registration method: Application to lung segmentation in CT images of subjects with ARDS », in Octavo Seminario de Ingeniería Biomédica, Bogotá, Colombia, 2016.
[SOLO-16]L. E. Solórzano Vargas, Morales Pinzón, A., Richard, J. C., Orkisz, M., et Hernández Hoyos, M., « Localized visualization and quantification of pulmonary parenchyma properties in CT scans in presence of Acute Respiratory Distress Syndrome (ARDS) », in Octavo Seminario de Ingeniería Biomédica, Bogotá, Colombia, 2016.
[FLOR-15]L. Flórez-Valencia, Morales Pinzón, A., Richard, J. C., Hernández Hoyos, M., et Orkisz, M., « Simultaneous skeletonization and graph description of airway trees in 3D CT images », in GRETSI, Lyon, France, 2015.
[CORR-14b]E. M. Correa Agudelo, Flórez-Valencia, L., Orkisz, M., Mouton, C., Dávila Serrano, E. E., et Hernández Hoyos, M., « A modular workflow architecture for coronary centerline extraction in Computed Tomography Angiography data », in International Conference on Computer Vision and Graphics, Warsaw, Poland, 2014, vol. LNCS 8671, p. 155-162.
[MORA-14c]A. Morales Pinzón, Orkisz, M., Richard, J. C., Guérin, C., et Hernández Hoyos, M., « Lung segmentation in 3D CT Images of Induced Acute Respiratory Distress Syndrome », in MICCAI NCIGT and NIH Image Guided Therapy Workshop, Boston, USA, 2014, p. 51.
[MORA-14b]A. Morales Pinzón, Orkisz, M., Richard, J. C., et Hernández Hoyos, M., « Lung segmentation in 3D CT images from induced Acute Respiratory Distress Syndrome », in IEEE International Symposium on Biomedical Imaging - ISBI, Beijing, China, 2014.
[CORR-14a]E. M. Correa Agudelo, Hernández Hoyos, M., Flórez-Valencia, L., et Orkisz, M., « An interactive coronary centerline extraction framework for CTA image analysis », in Seminario Internacional de Ingeniería Biomédica, Bogotá, Colombie, 2014.
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