Chers collègues,
Nous venons d’accueillir notre comité d’évaluation par l’Hcéres ainsi qu’un certain nombre de représentants de nos tutelles et établissements partenaires. A cette occasion, vous avez pu présenter l’activité du laboratoire et dessiner les projets à venir. Cet évènement marque le début d’une transition entre le présent et le futur pour ce qui concerne la direction du laboratoire. Et c’est, je crois, une bonne occasion de vous rappeler les étapes marquantes de la construction du laboratoire depuis ses débuts et les différentes évolutions qu’il a pu connaitre.
Le laboratoire est né dans sa forme originale en 1957 lors de la création de l’INSA Lyon. Créé par Robert Goutte dans le domaine de l’optique corpusculaire, celui-ci subit sa première transformation à la suite de la rencontre avec le radiologue Michel Amiel, pour devenir le laboratoire de traitement du signal et ultrasons auquel s’associe Lyon 1 Université. En 1986, ce dernier est labellisé par le CNRS puis change de nom pour s’intituler CREATIS en 1995. Labellisé Inserm en 2004, CREATIS va fusionner en 2007 avec le laboratoire de méthodologie et d’instrumentation pour la RMN biomédicale pour atteindre ses contours thématiques actuels. Enfin, l’Université Jean Monnet de Saint-Etienne rejoint les établissements tutelles de CREATIS en 2016. Ainsi, l’année prochaine, le laboratoire ne manquera pas de fêter ses 70 ans dont 20 années dans sa configuration actuelle par un évènement célébrant ces anniversaires. Son histoire est à la fois longue et relativement récente ; elle est le fruit du travail de femmes et d’hommes voués à la recherche et la formation au service de la société et qui a façonné le CREATIS d'aujourd'hui. Je vous laisse maintenant découvrir les faits remarquables de l’année 2025.
Olivier Beuf pour le laboratoire CREATIS
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François Varray, maître de conférences au laboratoire CREATIS et enseignant au département Génie électrique et procédés de l’Université Claude Bernard Lyon 1, est lauréat au titre de la chaire fondamentale de l'Institut Universitaire de France (IUF) et nommé membre junior pour une durée de cinq ans. Son projet vise à proposer l’imagerie ultrasonore 3D cardiaque de demain, en reconstruisant le flux sanguin 3D avec des résolutions adaptées aux exigences cliniques et en explorant la cohérence des signaux comme indicateur de qualité et outil d'imagerie quantitative.
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Olivier Bernard, professeur des universités à l’INSA Lyon, est également lauréat au titre de la chaire fondamentale de l’IUF et nommé membre sénior pour une durée de cinq ans. Son projet vise à développer des formalismes d’intelligence artificielle intégrant des connaissances spécifiques au domaine médical afin de proposer des solutions innovantes en matière d’interprétabilité, d’incertitude et d’explicabilité des décisions en santé. Ce projet sera notamment appliqué au diagnostic étiologique des maladies cardiaques.
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Nathan Painchaud est lauréat du prix de la meilleure thèse de doctorat à l'universtié de Sherbrooke (Canada) dans la catégorie médecine et sciences de la santé pour sa thèse intitulée "Apprentissage profond de variétés pour une meilleure caractérisation de l’hypertension artérielle en imagerie échocardiographique".
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Hang Jung Ling est lauréat du prix Recherche décerné par la société française du génie biologique et médicale (SFGBM) pour ses travaux intitulés "Écoulement intraventriculaire en échocardiographie Doppler avec réseaux de neurones fondés sur la physique".
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Prix de la meilleure présentation
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Antoine Robert a reçu le prix de la meilleure présentation lors de la conférence internationale Fully3D, qui s’est tenue du 27 au 30 mai 2025 à Shanghai (Chine), pour ses travaux intitulés : « Prediction of image noise in two-step K-edge CT imaging using variance reconstruction of the Cramér-Rao lower bound ».
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IRP CNRS SANTAI: fiabilisation et transparence des modèles d’intelligence artificielle en santé
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La collaboration étroite entre le laboratoire CREATIS et le laboratoire VITALab de l’Université de Sherbrooke (Canada) a récemment été renforcée par l’attribution d’un projet IRP (International Research Project) du CNRS, intitulé SANTAI, portant sur la thématique de l’intelligence artificielle en santé appliquée pour l’étude de maladies cardiaques et neuro-dégénératives.
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Projets PEPR Santé Numérique: les jumeaux numériques
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Deux projets issus du deuxième appel à projets national du PEPR Santé Numérique, auxquels des membres du laboratoire sont partenaires, ont été financés. Il s’agit des projets BRAINTWIN, dédié à la recherche multi-échelle sur les pathologies du système nerveux central, et TwinCaRT, portant sur le développement d’un jumeau numérique pour la prise en charge personnalisée en radiothérapie du cancer de la prostate.
Liste des projets sélectionnés
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Deep Learning for Medical Imaging School
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Plusieurs membres de CREATIS se sont impliqués dans l'organisation et l'animation de la 6ème édition de l'école LabEx PRIMES sur l'apprentissage profond pour l'imagerie médicale qui s'est déroulée à Lyon du 21 au 25 avril 2025. Plus de soixante-dix participants de plusieurs pays ont participé à cet évenement.
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Conférence Artimino sur les technologies des ultrasons médicaux
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La 22ème édition de la conférence Artimino sur les technologies des ultrasons médicaux a été organisée et animée par les membres du laboratoire CREATIS à Lyon en juin 2025. Plus de 120 personnes de 13 pays ont participé à cette conférence biennales consacrée à la physique des ultrasons, à la bio-ingénierie et aux applications cliniques.
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LabEx PRIMES: 4ème journée de partenariat industriel
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Le Laboratoire d’Excellence PRIMES - Physique, Radiobiologie, Imagerie Médicale et Simulation - a organisé le 19 juin 2025 la 4ème édition de sa journée de partenariat industriel. Cet évènement a été l’opportunité de: 1) découvrir les dernières recherches académiques innovantes menées par les équipes du LabEx PRIMES; 2) partager le savoir-faire, les compétences, l'expertise et l’activité des industriels; 3) présenter les travaux communs réalisés ces dernières années dans le cadre d’un partenariat académique-industriel fructueux et durable; 4) nouer de nouvelles relations partenariales.
Lien vers le programme
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Autorisation de lieu de recherche
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CREATIS a obtenu l’autorisation de lieu de recherche impliquant la personne humaine sur sa plateforme PILoT. L’autorisation délivrée par la préfecture a été obtenue pour une durée de 7 ans. Des recherches sur des dispositifs médicaux pourront être menées sur des volontaires sains après acceptation des protocoles spécifiques par le Comité de Protection des Personnes.
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VIP renforce sa visibilité à l'échelle européenne
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La plateforme VIP (Virtual Imaging Platform) a été intégrée à la feuille de route "EOSC Macro-Roadmap" en tant que contribution sélectionnée. Cette reconnaissance s’inscrit dans le cadre de l’ambition du Cloud européen pour la science ouverte (EOSC), qui vise à construire un réseau de données et de services FAIR pour la science en Europe. La Macro-Roadmap est un catalogue interactif regroupant des livrables de projets européens, des résultats concrets, ainsi que des contributions "in-kind".
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Le laboratoire s'est renforcé cette année avec l'intégration de 4 nouvelles personnes:
Sara Mejri, gestionnaire financière CNRS et intégrée au sein de l'équipe administrative et financière du laboratoire
Valentin Debarnot, Chaire de Professeur Junior (CPJ) à l'INSA de Lyon et enseignant au département FIMI
Johan Landry, assistant ingénieur UCBL et intégré au sein de la plateforme PILoT. Son temps de travail est partagé entre 2 structures (CREATIS et l’INL). L’unité fonctionnelle a laquelle il est rattaché est CREATIS
Alexandre Bani-Sadr, Praticien hospitalier aux HCL et intégré au sein du laboratoire.
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Omer Eker, PU-PH, Responsable de l’Unité de Neurologie Neuroradiologie Interventionnelle aux HCL a quitté CREATIS et exerce au CHU de Bordeaux
Adeline Bernard, IE Inserm, est partie en mutation interne au sein du laboratoire LABTAU.
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Le laboratoire CREATIS a obtenu un financement via l’appel à projet CNRS (institut INS2I) pour une action de sensibilisation sur les métiers de la recherche, la représentation de femmes scientifiques et la déconstruction des stéréotypes de genre dans les zones éducatives prioritaires. Dans ce cadre, des rencontres ont été organisées avec deux écoles primaires de Vaulx-en-Velin et Villeurbanne : Martin Luther King et Saint-Exupéry. Plus de 17 membres de CREATIS ont partagé leurs connaissances et leurs expériences avec les élèves.
Le laboratoire a également obtenu un financement via l’appel du Fond d’Egalité professionnel pour une formation sur le syndrome de l’imposture. Cette action résulte de discussions lors d’un repas entre femmes avec le laboratoire LIRIS de l'INSA de Lyon en 2024. 27 personnes ont ainsi pu assister à une demi-journée de formation avec Marine Bruneau du cabinet Egaluce.
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LIFE est un groupe du laboratoire, majoritairement composé de doctorantes et doctorants, qui met en place des actions pour la sensibilisation des membres du laboratoire aux enjeux de développements durables et de responsabilité sociétale ainsi que pour la réduction de l'impact de son activité. En 2025, plusieurs actions notamment de sensibilisation ont été menées dans le but de mettre CREATIS, à terme, sur une trajectoire carbone respectant les accords de Paris.
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Dans le dernier épisode de « Qu’est-ce que tu cherches? », Jérémy Cohen nous embarque dans un voyage captivant au croisement de la science, de la musique, de l’intelligence artificielle et de l’imagerie médicale. À travers l’analyse de données complexes grâce à la factorisation de matrices, il nous montre comment les mathématiques permettent de reconnaître des instruments dans un morceau de musique ou de détecter des anomalies dans des images médicales
Podcast à écouter
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Les membres du laboratoire élisent chaque année la plus belle image créée au sein du laboratoire au cours de l'année écoulée. L'image 2025 lauréate est issue de travaux menés en oncologie pour la plannification du traitement. La partie à gauche correspond à une image par résonance magnétique pondérée T1 après injection de gadolinium, avec superposition de la carte de la composante de diffusion pure. La partie de droite représente une tomodensitométrie synthétique dérivée de l’imagerie par résonance magnétique, avec superposition de la distribution des isodoses pour la radiothérapie, représentée par un code couleur.
Lien vers l'image haute résolution
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Dans le cadre du PIA France 2030 et avec le concours de l'Université Lyon 1, l'INSA et du CNRS, la plateforme PILOT a pu procéder à l'achat d'un équipement unique au monde pour compléter la gamme de résonateurs disponible sur l'IRM 11,7T. La cryosonde 1H avec découplage actif, adaptée pour l'IRM ou la spectroscopie par résonance magnétique ciblant le cerveau de rat, permet de maximiser le rapport signal sur bruit des acquisitions tout en permettant d'avoir une émission homogène grâce à l'utilisation d'une bobine volumique adaptée.
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La plateforme AWESOMME (Application Web pour la gEneration de maSse de dOnnées expertisées en iMagerie MEdicale), a été développée afin d’offrir, via une interface web réfléchie pour les praticiens hospitaliers, un accès sécurisé et simplifié à des pipelines d'analyses avancés. Facilement déployable, s’appuyant sur des outils libres et pérennes, Awesomme propose différents modes d’analyses afin de s’inscrire dans des projets internes ou nationaux tels que la prédiction de réponse au traitement en radiothérapie pour l’ostéosarcome ou l’analyse multi-experts d’AVC sur une large cohorte de patients. La modularité de la plateforme permet l’intégration de modules pédagogiques d’apprentissage patient-spécifique d’actes à visées thérapeutiques pour la radiothérapie conformationnelle ou l’insertion d'aiguille chirurgicale en neurologie.
Site web Awesomme
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Focus sur quelques travaux publiés en 2025
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Ouvrage : « Douze ans du LabEx PRIMES (2012-2024) »
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Le LabEx PRIMES a rédigé à son initiative un bilan scientifique organisé en 13 chapitres sous forme d'articles de revue et qui permet de retracer les avancées scientifiques majeures portées par le LabEx sur ses 12 premières années. La version anglophone "Twelve Years of LabEx PRIMES (2012-2024)" pour lequel de nombreux membres de CREATIS ont contribué est disponible en ligne sous HAL.
Lien vers l'ouvrage
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Ouvrage : « Applications cliniques de la tomodensitométrie spectrale à comptage de photons »
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Springer a publié l'ouvrage en version anglophone « Clinical Applications of Spectral Photon Counting Computed Tomography Technology » sous la co-direction de Salim Si-Mohamed. Cet ouvrage présente les dernières avancées des systèmes SPCCT (scanner spectral à comptage photonique), offrant une précision de pointe pour la détection de pathologies chroniques, aiguës ou urgentes. Il met en lumière la technique du K-edge imaging associée à de nouveaux agents de contraste, ouvrant la voie à une précision diagnostique sans précédent.
Lien vers l'ouvrage
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Article : « SPyRiT 3.0: package open source pour l’imagerie monocapteur basée sur l’apprentissage profond »
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Cette étude présente SPyRiT 3.0, un logiciel open source basé sur PyTorch, conçu pour la recherche reproductible et l'évaluation comparative des méthodes de reconstruction en imagerie monocapteur (single-pixel) basées sur l'apprentissage profond. SPyRiT est utilisé pour implémenter et comparer six méthodes de reconstruction, incluant des approches supervisées et plug-and-play, sur des données simulées et expérimentales. Les résultats montrent que les méthodes supervisées sont performantes lorsque le rapport signal-sur-bruit des données est similaire ou supérieur à celui de l'entraînement, tandis que les approches plug-and-play s'adaptent mieux aux bruits plus élevés via l'ajustement des hyperparamètres. Parmi les méthodes supervisées, DC-Net se distingue par sa robustesse aux variations de bruit, atteignant des résultats similaires aux méthodes plug-and-play sans sélection d'hyperparamètres, tout en offrant des temps de reconstruction courts et une faible consommation de mémoire.
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Article : « Jeûne prolongé et muscles: comment le corps s’adapte admirablement, préserve ses muscles et leur force? Une étude par imagerie et spectroscopie avancées »
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Cette étude, menée par des chercheurs de CREATIS avec la clinique Buchinger-Wilhelmi (Allemagne), le CHU de Saint-Étienne et Siemens Healthcare, est publiée dans le Journal of Cachexia, Sarcopenia and Muscle (Wiley). Elle montre que le jeûne prolongé de 12 jours, souvent critiqué pour ses effets supposés sur les muscles, n’entraîne ni perte de force ni altération métabolique, même après 50 ans. Réalisée sur 32 participants avec l’IRM et la spectroscopie, elle révèle qu’une réduction musculaire légère (5,4 %) résulte surtout de la perte de glycogène et d’eau, sans affecter l’intégrité ni la fonction musculaire. La force maximale et le VO₂ max restent stables, tandis que le métabolisme s’adapte en utilisant plus efficacement les graisses, notamment chez les femmes. Ces résultats, contraires aux idées reçues, ouvrent de nouvelles perspectives pour la santé métabolique et le vieillissement, et ont été mis en lumière par un documentaire sur Arte et divers articles grand public.
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Article : « Une nouvelle sonde ultrasonore 3D innovante, fruit d’un partenariat académique-industriel »
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Deux étudiants et trois chercheurs de Creatis ont conçu, simulé et fabriqué une nouvelle sonde ultrasonore apériodique, la LDESA (Large Divergent Element Sparse Array), optimisée pour l’imagerie volumique B-mode. Grâce à 256 éléments équipés d’une lentille divergente et à une disposition en spirale de Fermat, la sonde combine un gain de sensibilité, une ouverture angulaire large et une capacité de directivité étendue. Elle ouvre la voie à de l’imagerie 3D grand champ avec un nombre réduit de canaux. Le prototype a été développé et manufacturé en collaboration avec Imasonic dans le cadre d’une convention CIFRE.
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Article : « Synthèse d’images TEP réalistes pour l’entraînement de modèles détection d’anomalies par apprentissage profond »
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L’IA générative s’avère performante pour générer des images médicales réalistes, en particulier pour traduire une modalité d'imagerie en une autre, par exemple convertir une image IRM en une image TEP, et pallier ainsi au problème de données manquantes, particulièrement pour l’entraînement de modèles d’IA nécessitant de grandes bases de données multimodales. Dans ce travail, nous avons proposé un modèle génératif d’images cérébrales TEP FDG, à partir d’images IRM T1, basé sur un réseau antagoniste génératif (GAN). Au-delà-de la qualité visuelle des images générées, quantifiées par les métriques classiques telles que PSNR et SSIM, nous avons évalué la qualité de ces données synthétiques pour la tâche diagnostique considérée, ici l’entraînement d’un modèle de détection d’anomalies cérébrales non supervisé (UAD), d’abord en proposant des métriques adaptées. Puis, le modèle UAD a été entraîné uniquement sur des images de sujets sains, en utilisant soit de vraies paires d’images IRM et TEP, soit des paires d’images constituées d’une vraie IRM combinée à une image TEP synthétique. Les performances évaluées sur des couples d’IRM et TEP de patients épileptiques ont démontré l’apport des données TEP synthétiques pour cette tâche diagnostique.
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Directeur de publication: Olivier Beuf
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