Newsletter du laboratoire CREATIS

[olivier Bernard]

FAITS MARQUANTS 2025

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L'ÉDITO

  Chers collègues,

Nous venons d'accueillir notre comité d'évaluation par l'Hcéres ainsi 
qu'un certain nombre de représentants de nos tutelles et établissements 
partenaires. A cette occasion, vous avez pu présenter l'activité du 
laboratoire et dessiner les projets à venir. Cet évènement marque le 
début d'une transition entre le présent et le futur pour ce qui concerne 
la direction du laboratoire. Et c'est, je crois, une bonne occasion de 
vous rappeler les étapes marquantes de la construction du laboratoire 
depuis ses débuts et les différentes évolutions qu'il a pu connaitre.

Le laboratoire est né dans sa forme originale en 1957 lors de la 
création de l'INSA Lyon. Créé par Robert Goutte dans le domaine de 
l'optique corpusculaire, celui-ci subit sa première transformation à la 
suite de la rencontre avec le radiologue Michel Amiel, pour devenir le 
laboratoire de traitement du signal et ultrasons auquel s'associe Lyon 1 
Université. En 1986, ce dernier est labellisé par le CNRS puis change de 
nom pour s'intituler CREATIS en 1995. Labellisé Inserm en 2004, CREATIS 
va fusionner en 2007 avec le laboratoire de méthodologie et 
d'instrumentation pour la RMN biomédicale pour atteindre ses contours 
thématiques actuels. Enfin, l'Université Jean Monnet de Saint-Etienne 
rejoint les établissements tutelles de CREATIS en 2016. Ainsi, l'année 
prochaine, le laboratoire ne manquera pas de fêter ses 70 ans dont 20 
années dans sa configuration actuelle par un évènement célébrant ces 
anniversaires. Son histoire est à la fois longue et relativement récente 
; elle est le fruit du travail de femmes et d'hommes voués à la 
recherche et la formation au service de la société et qui a façonné le 
CREATIS d'aujourd'hui. Je vous laisse maintenant découvrir les faits 
remarquables de l'année 2025.

Olivier Beuf pour le laboratoire CREATIS

  À LA UNE

MEMBRES IUF

François Varray, maître de conférences au laboratoire CREATIS et 
enseignant au département Génie électrique et procédés de l'Université 
Claude Bernard Lyon 1, est lauréat au titre de la chaire fondamentale de 
l'Institut Universitaire de France (IUF) et nommé membre junior pour une 
durée de cinq ans. Son projet vise à proposer l'imagerie ultrasonore 3D 
cardiaque de demain, en reconstruisant le flux sanguin 3D avec des 
résolutions adaptées aux exigences cliniques et en explorant la 
cohérence des signaux comme indicateur de qualité et outil d'imagerie 
quantitative.

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Olivier Bernard, professeur des universités à l'INSA Lyon, est également 
lauréat au titre de la chaire fondamentale de l'IUF et nommé membre 
sénior pour une durée de cinq ans. Son projet vise à développer des 
formalismes d'intelligence artificielle intégrant des connaissances 
spécifiques au domaine médical afin de proposer des solutions innovantes 
en matière d'interprétabilité, d'incertitude et d'explicabilité des 
décisions en santé. Ce projet sera notamment appliqué au diagnostic 
étiologique des maladies cardiaques.

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PRIX DE THÈSE

Nathan Painchaud est lauréat du prix de la meilleure thèse de doctorat à 
l'universtié de Sherbrooke (Canada) dans la catégorie médecine et 
sciences de la santé pour sa thèse intitulée "Apprentissage profond de 
variétés pour une meilleure caractérisation de l'hypertension artérielle 
en imagerie échocardiographique".

  En savoir plus [4]

Hang Jung Ling est lauréat du prix Recherche décerné par la société 
française du génie biologique et médicale (SFGBM) pour ses travaux 
intitulés "Écoulement intraventriculaire en échocardiographie Doppler 
avec réseaux de neurones fondés sur la physique".

  En savoir plus [5]

PRIX DE LA MEILLEURE PRÉSENTATION

Antoine Robert a reçu le prix de la meilleure présentation lors de la 
conférence internationale Fully3D, qui s'est tenue du 27 au 30 mai 2025 
à Shanghai (Chine), pour ses travaux intitulés : « Prediction of image 
noise in two-step K-edge CT imaging using variance reconstruction of the 
Cramér-Rao lower bound ».

IRP CNRS SANTAI: FIABILISATION ET TRANSPARENCE DES MODÈLES 
D’INTELLIGENCE ARTIFICIELLE EN SANTÉ

La collaboration étroite entre le laboratoire CREATIS et le laboratoire 
VITALab de l'Université de Sherbrooke (Canada) a récemment été renforcée 
par l'attribution d'un projet IRP (International Research Project) du 
CNRS, intitulé SANTAI, portant sur la thématique de l'intelligence 
artificielle en santé appliquée pour l'étude de maladies cardiaques et 
neuro-dégénératives.

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PROJETS PEPR SANTÉ NUMÉRIQUE: LES JUMEAUX NUMÉRIQUES

Deux projets issus du deuxième appel à projets national du PEPR Santé 
Numérique, auxquels des membres du laboratoire sont partenaires, ont été 
financés. Il s'agit des projets BRAINTWIN, dédié à la recherche 
multi-échelle sur les pathologies du système nerveux central, et 
TwinCaRT, portant sur le développement d'un jumeau numérique pour la 
prise en charge personnalisée en radiothérapie du cancer de la prostate.

  Liste des projets sélectionnés [7]

ÉVÈNEMENTS

DEEP LEARNING FOR MEDICAL IMAGING SCHOOL

Plusieurs membres de CREATIS se sont impliqués dans l'organisation et 
l'animation de la 6ème édition de l'école LabEx PRIMES sur 
l'apprentissage profond pour l'imagerie médicale qui s'est déroulée à 
Lyon du 21 au 25 avril 2025. Plus de soixante-dix participants de 
plusieurs pays ont participé à cet évenement.

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CONFÉRENCE ARTIMINO SUR LES TECHNOLOGIES DES ULTRASONS MÉDICAUX

La 22ème édition de la conférence Artimino sur les technologies des 
ultrasons médicaux a été organisée et animée par les membres du 
laboratoire CREATIS à Lyon en juin 2025. Plus de 120 personnes de 13 
pays ont participé à cette conférence biennales consacrée à la physique 
des ultrasons, à la bio-ingénierie et aux applications cliniques.

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LABEX PRIMES: 4ÈME JOURNÉE DE PARTENARIAT INDUSTRIEL

Le Laboratoire d'Excellence PRIMES - Physique, Radiobiologie, Imagerie 
Médicale et Simulation - a organisé le 19 juin 2025 la 4ème édition de 
sa journée de partenariat industriel. Cet évènement a été l'opportunité 
de: 1) découvrir les dernières recherches académiques innovantes menées 
par les équipes du LabEx PRIMES; 2) partager le savoir-faire, les 
compétences, l'expertise et l'activité des industriels; 3) présenter les 
travaux communs réalisés ces dernières années dans le cadre d'un 
partenariat académique-industriel fructueux et durable; 4) nouer de 
nouvelles relations partenariales.

Lien vers le programme [10]

AUTORISATION DE LIEU DE RECHERCHE

CREATIS a obtenu l'autorisation de lieu de recherche impliquant la 
personne humaine sur sa plateforme PILoT. L'autorisation délivrée par la 
préfecture a été obtenue pour une durée de 7 ans. Des recherches sur des 
dispositifs médicaux pourront être menées sur des volontaires sains 
après acceptation des protocoles spécifiques par le Comité de Protection 
des Personnes.

VIP RENFORCE SA VISIBILITÉ À L'ÉCHELLE EUROPÉENNE

La plateforme VIP (Virtual Imaging Platform) a été intégrée à la feuille 
de route "EOSC Macro-Roadmap" en tant que contribution sélectionnée. 
Cette reconnaissance s'inscrit dans le cadre de l'ambition du Cloud 
européen pour la science ouverte (EOSC), qui vise à construire un réseau 
de données et de services FAIR pour la science en Europe. La 
Macro-Roadmap est un catalogue interactif regroupant des livrables de 
projets européens, des résultats concrets, ainsi que des contributions 
"in-kind".

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VIE DU LABORATOIRE

ARRIVÉES

Le laboratoire s'est renforcé cette année avec l'intégration de 4 
nouvelles personnes:
Sara Mejri, gestionnaire financière CNRS et intégrée au sein de l'équipe 
administrative et financière du laboratoire
Valentin Debarnot, Chaire de Professeur Junior (CPJ) à l'INSA de Lyon et 
enseignant au département FIMI
Johan Landry, assistant ingénieur UCBL et intégré au sein de la 
plateforme PILoT. Son temps de travail est partagé entre 2 structures 
(CREATIS et l'INL). L'unité fonctionnelle a laquelle il est rattaché est 
CREATIS
Alexandre Bani-Sadr, Praticien hospitalier aux HCL et intégré au sein du 
laboratoire.

DÉPARTS

Omer Eker, PU-PH, Responsable de l'Unité de Neurologie Neuroradiologie 
Interventionnelle aux HCL a quitté CREATIS et exerce au CHU de Bordeaux
Adeline Bernard, IE Inserm, est partie en mutation interne au sein du 
laboratoire LABTAU.

ACTIONS PARITÉ & ÉGALITÉ

Le laboratoire CREATIS a obtenu un financement via l'appel à projet CNRS 
(institut INS2I) pour une action de sensibilisation sur les métiers de 
la recherche, la représentation de femmes scientifiques et la 
déconstruction des stéréotypes de genre dans les zones éducatives 
prioritaires. Dans ce cadre, des rencontres ont été organisées avec deux 
écoles primaires de Vaulx-en-Velin et Villeurbanne : Martin Luther King 
et Saint-Exupéry. Plus de 17 membres de CREATIS ont partagé leurs 
connaissances et leurs expériences avec les élèves.

Le laboratoire a également obtenu un financement via l'appel du Fond 
d'Egalité professionnel pour une formation sur le syndrome de 
l'imposture. Cette action résulte de discussions lors d'un repas entre 
femmes avec le laboratoire LIRIS de l'INSA de Lyon en 2024. 27 personnes 
ont ainsi pu assister à une demi-journée de formation avec Marine 
Bruneau du cabinet Egaluce.

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ACTIONS ÉCO-RESPONSABLES

LIFE est un groupe du laboratoire, majoritairement composé de 
doctorantes et doctorants, qui met en place des actions pour la 
sensibilisation des membres du laboratoire aux enjeux de développements 
durables et de responsabilité sociétale ainsi que pour la réduction de 
l'impact de son activité. En 2025, plusieurs actions notamment de 
sensibilisation ont été menées dans le but de mettre CREATIS, à terme, 
sur une trajectoire carbone respectant les accords de Paris.

En savoir plus [13]

ACTIONS MÉDIATRICES

Dans le dernier épisode de « Qu'est-ce que tu cherches? » [14], Jérémy 
Cohen nous embarque dans un voyage captivant au croisement de la 
science, de la musique, de l'intelligence artificielle et de l'imagerie 
médicale. À travers l'analyse de données complexes grâce à la 
factorisation de matrices, il nous montre comment les mathématiques 
permettent de reconnaître des instruments dans un morceau de musique ou 
de détecter des anomalies dans des images médicales

Podcast à écouter [15]

IMAGE DE L'ANNÉE 2025

Les membres du laboratoire élisent chaque année la plus belle image 
créée au sein du laboratoire au cours de l'année écoulée. L'image 2025 
lauréate est issue de travaux menés en oncologie pour la plannification 
du traitement. La partie à gauche correspond à une image par résonance 
magnétique pondérée T1 après injection de gadolinium, avec superposition 
de la carte de la composante de diffusion pure. La partie de droite 
représente une tomodensitométrie synthétique dérivée de l'imagerie par 
résonance magnétique, avec superposition de la distribution des isodoses 
pour la radiothérapie, représentée par un code couleur.

Lien vers l'image haute résolution [16]

EQUIPEMENTS

_EXPERIMENTAUX_

Dans le cadre du PIA France 2030 et avec le concours de l'Université 
Lyon 1, l'INSA et du CNRS, la plateforme PILOT a pu procéder à l'achat 
d'un équipement unique au monde pour compléter la gamme de résonateurs 
disponible sur l'IRM 11,7T. La cryosonde 1H avec découplage actif, 
adaptée pour l'IRM ou la spectroscopie par résonance magnétique ciblant 
le cerveau de rat, permet de maximiser le rapport signal sur bruit des 
acquisitions tout en permettant d'avoir une émission homogène grâce à 
l'utilisation d'une bobine volumique adaptée.

OUTILS INFORMATIQUES

_AWESOMME_

La plateforme AWESOMME (Application Web pour la gEneration de maSse de 
dOnnées expertisées en iMagerie MEdicale), a été développée afin 
d'offrir, via une interface web réfléchie pour les praticiens 
hospitaliers, un accès sécurisé et simplifié à des pipelines d'analyses 
avancés. Facilement déployable, s'appuyant sur des outils libres et 
pérennes, Awesomme propose différents modes d'analyses afin de 
s'inscrire dans des projets internes ou nationaux tels que la prédiction 
de réponse au traitement en radiothérapie pour l'ostéosarcome ou 
l'analyse multi-experts d'AVC sur une large cohorte de patients. La 
modularité de la plateforme permet l'intégration de modules pédagogiques 
d'apprentissage patient-spécifique d'actes à visées thérapeutiques pour 
la radiothérapie conformationnelle ou l'insertion d'aiguille 
chirurgicale en neurologie.

Site web Awesomme [17]

FOCUS SUR QUELQUES TRAVAUX PUBLIÉS EN 2025

OUVRAGE : « _DOUZE ANS DU LABEX PRIMES (2012-2024)_ »

Le LabEx PRIMES a rédigé à son initiative un bilan scientifique organisé 
en 13 chapitres sous forme d'articles de revue et qui permet de retracer 
les avancées scientifiques majeures portées par le LabEx sur ses 12 
premières années. La version anglophone "Twelve Years of LabEx PRIMES 
(2012-2024)" pour lequel de nombreux membres de CREATIS ont contribué 
est disponible en ligne sous HAL.

Lien vers l'ouvrage [18]

OUVRAGE : « _APPLICATIONS CLINIQUES DE LA TOMODENSITOMÉTRIE SPECTRALE À 
COMPTAGE DE PHOTONS_ »

Springer a publié l'ouvrage en version anglophone « Clinical 
Applications of Spectral Photon Counting Computed Tomography Technology 
» sous la co-direction de Salim Si-Mohamed. Cet ouvrage présente les 
dernières avancées des systèmes SPCCT (scanner spectral à comptage 
photonique), offrant une précision de pointe pour la détection de 
pathologies chroniques, aiguës ou urgentes. Il met en lumière la 
technique du K-edge imaging associée à de nouveaux agents de contraste, 
ouvrant la voie à une précision diagnostique sans précédent.

Lien vers l'ouvrage [19]

ARTICLE : « _SPYRIT 3.0: PACKAGE OPEN SOURCE POUR L’IMAGERIE MONOCAPTEUR 
BASÉE SUR L’APPRENTISSAGE PROFOND_ »

Cette étude présente SPyRiT [20] 3.0, un logiciel open source basé sur 
PyTorch, conçu pour la recherche reproductible et l'évaluation 
comparative des méthodes de reconstruction en imagerie monocapteur 
(single-pixel) basées sur l'apprentissage profond. SPyRiT est utilisé 
pour implémenter et comparer six méthodes de reconstruction, incluant 
des approches supervisées et plug-and-play, sur des données simulées et 
expérimentales. Les résultats montrent que les méthodes supervisées sont 
performantes lorsque le rapport signal-sur-bruit des données est 
similaire ou supérieur à celui de l'entraînement, tandis que les 
approches plug-and-play s'adaptent mieux aux bruits plus élevés via 
l'ajustement des hyperparamètres. Parmi les méthodes supervisées, DC-Net 
se distingue par sa robustesse aux variations de bruit, atteignant des 
résultats similaires aux méthodes plug-and-play sans sélection 
d'hyperparamètres, tout en offrant des temps de reconstruction courts et 
une faible consommation de mémoire.

En savoir plus [21]

ARTICLE : « _JEÛNE PROLONGÉ ET MUSCLES: COMMENT LE CORPS S’ADAPTE 
ADMIRABLEMENT, PRÉSERVE SES MUSCLES ET LEUR FORCE? UNE ÉTUDE PAR 
IMAGERIE ET SPECTROSCOPIE AVANCÉES_ »

Cette étude, menée par des chercheurs de CREATIS avec la clinique 
Buchinger-Wilhelmi (Allemagne), le CHU de Saint-Étienne et Siemens 
Healthcare, est publiée dans le Journal of Cachexia, Sarcopenia and 
Muscle (Wiley). Elle montre que le jeûne prolongé de 12 jours, souvent 
critiqué pour ses effets supposés sur les muscles, n'entraîne ni perte 
de force ni altération métabolique, même après 50 ans. Réalisée sur 32 
participants avec l'IRM et la spectroscopie, elle révèle qu'une 
réduction musculaire légère (5,4 %) résulte surtout de la perte de 
glycogène et d'eau, sans affecter l'intégrité ni la fonction musculaire. 
La force maximale et le VO₂ max restent stables, tandis que le 
métabolisme s'adapte en utilisant plus efficacement les graisses, 
notamment chez les femmes. Ces résultats, contraires aux idées reçues, 
ouvrent de nouvelles perspectives pour la santé métabolique et le 
vieillissement, et ont été mis en lumière par un documentaire sur Arte 
et divers articles grand public.

En savoir plus [22]

ARTICLE : « _UNE NOUVELLE SONDE ULTRASONORE 3D INNOVANTE, FRUIT D’UN 
PARTENARIAT ACADÉMIQUE-INDUSTRIEL_ »

Deux étudiants et trois chercheurs de Creatis ont conçu, simulé et 
fabriqué une nouvelle sonde ultrasonore apériodique, la LDESA (Large 
Divergent Element Sparse Array), optimisée pour l'imagerie volumique 
B-mode. Grâce à 256 éléments équipés d'une lentille divergente et à une 
disposition en spirale de Fermat, la sonde combine un gain de 
sensibilité, une ouverture angulaire large et une capacité de 
directivité étendue. Elle ouvre la voie à de l'imagerie 3D grand champ 
avec un nombre réduit de canaux. Le prototype a été développé et 
manufacturé en collaboration avec Imasonic dans le cadre d'une 
convention CIFRE.

En savoir plus [23]

ARTICLE : « _SYNTHÈSE D’IMAGES TEP RÉALISTES POUR L’ENTRAÎNEMENT DE 
MODÈLES DÉTECTION D’ANOMALIES PAR APPRENTISSAGE PROFOND_ »

L'IA générative s'avère performante pour générer des images médicales 
réalistes, en particulier pour traduire une modalité d'imagerie en une 
autre, par exemple convertir une image IRM en une image TEP, et pallier 
ainsi au problème de données manquantes, particulièrement pour 
l'entraînement de modèles d'IA nécessitant de grandes bases de données 
multimodales. Dans ce travail, nous avons proposé un modèle génératif 
d'images cérébrales TEP FDG, à partir d'images IRM T1, basé sur un 
réseau antagoniste génératif (GAN). Au-delà-de la qualité visuelle des 
images générées, quantifiées par les métriques classiques telles que 
PSNR et SSIM, nous avons évalué la qualité de ces données synthétiques 
pour la tâche diagnostique considérée, ici l'entraînement d'un modèle de 
détection d'anomalies cérébrales non supervisé (UAD), d'abord en 
proposant des métriques adaptées. Puis, le modèle UAD a été entraîné 
uniquement sur des images de sujets sains, en utilisant soit de vraies 
paires d'images IRM et TEP, soit des paires d'images constituées d'une 
vraie IRM combinée à une image TEP synthétique. Les performances 
évaluées sur des couples d'IRM et TEP de patients épileptiques ont 
démontré l'apport des données TEP synthétiques pour cette tâche 
diagnostique.

En savoir plus [24]

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  CREATIS [30] | Contact

INSA LYON Bât. Léonard de Vinci, 21 Avenue Jean Capelle, 69621 
Villeurbanne Cedex

Directeur de publication: Olivier Beuf

CREATIS (c) 2026



Links:
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[1] https://www.creatis.insa-lyon.fr/newsletter/externe/2025/index.html
[2] 
https://www.iufrance.fr/les-membres-de-liuf/membre/2847-francois-varray.html
[3] 
https://www.iufrance.fr/les-membres-de-liuf/membre/2981-olivier-bernard.html
[4] 
https://www.usherbrooke.ca/recherche/fr/etudier/pourquoi-choisir-udes/reconnaissance-reussites-etudiantes/concours-diffusion-travaux/meilleure-these-doctorat
[5] 
https://www.sfgbm.fr/archives/11621?utm_source=mailpoet&utm_medium=email&utm_source_platform=mailpoet&utm_campaign=newsletter%20Septembre%202022
[6] 
https://www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/irp-cnrs-santai-fiabilisation-et-transparence-des-modeles-dintelligence-artificielle-en-sante
[7] 
https://anr.fr/fileadmin/aap/2024/france2030-aap-pepr-sante-num-2024-projets-selectionnes.pdf
[8] https://deepimaging2025.sciencesconf.org/
[9] https://artimino2025.sciencesconf.org/
[10] 
https://www.creatis.insa-lyon.fr/newsletter/docs/labex_primes_programme_19_06_2025.pdf
[11] https://eosc.eu/use-case/virtual-imaging-platform/
[12] 
https://www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/nouvelles-actions-de-parite
[13] 
https://www.creatis.insa-lyon.fr/newsletter/externe/2025/page-life.html
[14] https://www.cnrs.fr/fr/podcast-quest-ce-que-tu-cherches
[15] 
https://smartlink.ausha.co/cnrs-qu-est-ce-que-tu-cherches/du-son-au-soin-quand-l-ia-decompose-le-monde-jeremy-cohen-cnrs
[16] 
https://www.creatis.insa-lyon.fr/newsletter/imgs/creatis-image-annee-2026-full.png
[17] https://covid.creatis.insa-lyon.fr/awesomme/
[18] https://zenodo.org/records/14806063
[19] https://link.springer.com/book/10.1007/978-3-031-85078-3
[20] https://github.com/openspyrit/spyrit
[21] https://hal.science/hal-04662876v4
[22] https://hal.science/hal-05132099v1
[23] https://hal.science/hal-05135761/document
[24] https://hal.science/hal-05061806v1
[25] https://www.rhone-auvergne.cnrs.fr/fr
[26] https://www.inserm.fr/
[27] https://www.insa-lyon.fr/
[28] https://www.univ-lyon1.fr/
[29] https://www.univ-st-etienne.fr/
[30] https://www.creatis.insa-lyon.fr/site7/fr
[31] https://www.unlayer.com
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