Bonjour à toutes et tous,
Au nom de CREATIS, je vous présente mes meilleurs vœux de santé, bonheur, prospérité et réussite dans vos projets professionnels et personnels pour cette nouvelle année 2024.
Plusieurs évènements professionnels ont marqué l’année du laboratoire et nous souhaitions revenir sur les principaux au sein de cette newsletter. Que ce soit à travers la qualité de ses publications scientifiques, le succès aux appels à projets, l’organisation de conférences ou de formations importantes, la dissémination d’outils informatiques, CREATIS poursuit son activité de recherche en imagerie pour la santé et conforte son statut d’acteur majeur dans ce domaine.
Pour 2024, le recrutement de nouveaux personnels et l’investissement dans de nouveaux équipements scientifiques seront poursuivis. En parallèle, nous continuerons notre démarche de développement durable et de préservation de l’environnement, de nouvelles actions en faveur de la parité seront menées et l’amélioration des conditions de travail et de qualité de vie à CREATIS reste un objectif.
Très bonne année à tous,
Olivier BEUF
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Salim Si-Mohamed, enseignant-chercheur de l'Université Claude Bernard Lyon 1 et médecin radiologue aux Hospices civils de Lyon (HCL), a obtenu une bourse européene ERC Starting Grant intitulée: "KOLOR SPCCT Imaging". Ce projet est une étape de plus vers la spécialisation de l'imagerie médicale pour les maladies pulmonaires.
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Médaille de Cristal du CNRS
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Le 19 décembre, Sophie Gaillard, ingénieure d’étude CNRS, a reçu la médaille de cristal du CNRS parmi 30 lauréats nationaux. Cette médaille de cristal distingue des femmes et des hommes, personnels d’appui à la recherche, qui par leur créativité, leur maîtrise technique et leur sens de l’innovation, contribuent à l’avancée des savoirs et des savoir-faire.
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Le tutoriel "Make your results reproducible with the virtual imaging platform" organisé par des membres du laboratoire Creatis (S. Pop, A. Bonnet, G. Vila) lors de la conférence MICCAI a été mis en avant au sein du quotidien MICCAI 2023. Ce tutoriel se concentre sur la reproductibilité informatique, qui est la capacité d'obtenir des résultats identiques en répétant des traitements sur le même ensemble d'entrées.
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Plateforme PILoT
Certification ISO 9001
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La
plateforme PILoT du laboratoire CREATIS s'engage dans un processus d'amélioration continue pour maintenir sa certification. Dans ce contexte, la plateforme PILoT a obtenu la certification ISO 9001:2015 pour son système de management de la qualité en recherche, équipements et formation en imagerie biomédicale.
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La plateforme PILoT du laboratoire a obtenu sa labellisation IBiSA aux côtés de huit autres structures en 2023. IBiSA recense, soutien et accompagne les infrastructures françaises en biologie, santé et agronomie. En plus d'améliorer la visibilité de PILoT sur le plan national, la labellisation permet de bénéficier de co-financements pour l'achat de nouveaux équipements.
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Deep Learning for Medical Imaging School
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Le laboratoire CREATIS s'est fortement impliqué dans l'organisation et l'animation de la 4ème édition de l'école LabEx PRIMES sur l'apprentissage profond pour l'imagerie médicale. Plus de soixante-dix participants de 13 pays ont participé à cet évenement.
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Functional Imaging and Modeling of the Heart - FIMH
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L'édition 2023 de la conférence FIMH s'est tenue du 19 au 22 juin à Polytech Lyon sur le campus scientifique de la Doua et a été organisée par plusieurs membres du laboratoire CREATIS (O. Bernard, P. Clarysse, N. Duchateau, M. Viallon) et J. Ohayon du TIMC Grenoble. Plusieurs doctorants et chercheurs ont été impliqués dans l'organisation. Trois ateliers associés et un challenge en segmentation d'image IRM par réhaussement tardif ont eu lieu impliquant plusieurs personnes du laboratoire dans les présentations et/ou l'organisation.
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Le laboratoire s'est renforcé cette année avec l'intégration de quatre nouvelles personnes: Chantal Muller, Maître de conférences à l'INSA Lyon et enseignante au département Télécom, Cedric Ray-Garreau, Maître de conférences à l'Université Claude Bernard Lyon 1 et enseignant au département Génie BioMédical, Jean-Noël Badel, physicien médical au Centre Léon Bérard et Sara Boccalini, Maître de conférences à l'Université Claude Bernard Lyon 1 et médecin radiologue aux Hospices civils de Lyon (HCL).
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Un séminaire de laboratoire a eu lieu les 25 et 26 septembre 2023 au sein du domaine de Valpré. Il a réuni 115 participants pour effectuer un bilan à mi-parcours du contrat en cours, présenter les actions des services supports, partager les visions de tous les acteurs contribuant à l’activité de recherche du laboratoire et passer du temps ensemble dans un environnement privilégié.
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En 2023, plusieurs initiatives ont été mises en place par les correspondants Pauline Muleki Seya et Frédéric Cervenansky afin de promouvoir la parité et l'égalité. Ces actions visaient à favoriser un environnement plus inclusif et à répondre aux besoins spécifiques des femmes au sein du laboratoire.
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LIFE est un groupe du laboratoire, majoritairement
composé de doctorantes et doctorants qui ont pris l'initiative d'essayer de changer les pratiques de la recherche pour les
rendre plus éco-responsables. En 2023, plusieurs actions ont été menées dans le but de mettre CREATIS, à terme, sur une trajectoire carbone respectant les accords de Paris.
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Les membres du laboratoire élisent chaque année la plus belle image créée au sein du laboratoire au cours de l'année écoulée. Le lauréat 2023 est issu de travaux menés en imagerie pulmonaire et correspond a une analyse spectrale de la forme pour la segmentation a priori des poumons chez les patients atteints du syndrome de détresse respiratoire aiguë sous oxygénation par membrane extracorporelle.
Lien vers l'image haute résolution
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Le laboratoire a renforcé la puissance de calculs de son cluster interne avec l'achat de 3 nouveaux serveurs Dell Precision 7920 et 7960 et 5 cartes GPU RTX A6000 48GB, portant sa capacité totale à 26 machines, 660 CPUs, 10.1 TB de RAM cumulée et 25 GPUs. Le cluster permet une centralisation interne de la puissance de calculs et offre à ses membres une diversification de l'accès aux ressources CPU / GPU avec d'autres services tels que le centre de calculs de l'IN2P3 et Jean Zay.
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Grâce au soutien financier de l'université Lyon 1 au titre de l'AAP équipement 2022, la plateforme PILoT a pu procéder à l'achat d'un nouvel échographe Verasonics et d'une sonde haute fréquence, venant compléter le parc d'échographe disponible. La plateforme a également été lauréate de l'AAP équipement 2023, ce qui lui permettra d'acquérir des combinateurs lasers afin de pouvoir améliorer la spécificité dans les expériences en optique. Enfin, grâce au concours du LabEx PRIMES et du CNRS, un nouveau résonateur volumique double accord (1H et 31P) viendra prochainement compléter la gamme de résonateurs sur l'IRM 11,7T de la plateforme.
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Matlab UltraSound Toolbox
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Le logiciel de simulation de données/images ultrasonores développé par Damien Garcia est arrivé à sa release 3.1. Cette mise à jour majeure intègre l'imagerie par ultrasons en 3-D.
Site web MUST
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Dans sa dernière version 2.4.1, la plateforme d'imagerie virtuelle VIP dévelopée au sein du laboratoire CREATIS a fait peau neuve, avec une meilleure ergonomie et une toute nouvelle page d'accueil.
Site web VIP
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Focus sur quelques travaux publiés en 2023
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Ouvrage : « Les enjeux de l’IRM »
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ISTE Group a publié l’ouvrage « Les enjeux de l’IRM » sous la direction d’Hélène Ratiney et Olivier Beuf du laboratoire CREATIS. Cet ouvrage, auquel d'autres membres du laboratoire ont contribué (K. Tse Ve Koon, B. Leporq), présente les récentes techniques et méthodes de l'IRM ainsi que les applications médicales qui en découlent. Il s’adresse autant aux étudiants de master et doctorat qu’aux enseignants-chercheurs et ingénieurs en imagerie médicale et hospitalo-universitaires
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Ouvrage : « AI and Big Data in Cardiology A Practical Guide »
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Springer a édité ce livre coordonné par Nicolas Duchateau (CREATIS) et Andrew King (King's College London) offrant un aperçu clinique et technique de l'utilisation de l'IA et du big data dans la médecine cardiovasculaire moderne, auquel d'autres membres de CREATIS ont contribué (O. Bernard, T. Grenier).
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Article : « Théorie de la décision pour l’identification de microbulles en imagerie de localisation ultrasonore »
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La microscopie de localisation ultrasonore évalue la microstructure vasculaire en suivant les microbulles, offrant une haute résolution spatiale mais avec une acquisition lente. Pour accélérer le processus, des chercheurs de CREATIS ont proposé un détecteur basé sur la théorie de la décision. Les tests améliorent la résolution de la carte des vaisseaux cérébraux et permettent de détecter plus de vaisseaux sur le rein.
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Article : « Une contrainte faiblement supervisée sur les attributions basées Gradient pour une classification interprétable et la détection d'anomalies »
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Des chercheur de CREATIS ont proposé une méthode d'apprentissage profond faiblement supervisée pour la classification (sain/pathologique) et la détection d'anomalies médicales. Elle contraint le modèle à prendre des décisions basées sur des marqueurs radiologiques, améliorant l'interprétabilité. Les résultats montrent une meilleure pertinence clinique et une supériorité en détection d'anomalies, notamment dans la segmentation des lésions de sclérose en plaques, par rapport aux méthodes de l'état de l'art.
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Article : « Cohérence des données dans la tomodensitométrie hélicoïdale à faisceau conique »
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Des chercheurs de CREATIS ont exploré les "conditions de cohérence des données" (DCC) pour les paires de projections dans la tomodensitométrie (TDM) hélicoïdale. Les DCC sont étudiées pour leur capacité à détecter les mouvements respiratoires, en particulier lorsque la ligne de base et le champ de vue ne se croisent pas. Une métrique basée sur la normalisation de l'incohérence par l'estimation de l'écart type du bruit est proposée pour détecter les incohérences liées au mouvement, offrant ainsi une possibilité d'estimer les paramètres du modèle de mouvement avant la reconstruction en vue de les compenser.
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Article : « Etude de différents modèles paramétriques pour l’IRM pondérée en diffusion appliquée aux maladies chroniques du foie »
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Cette étude menée par des chercheurs de CREATIS explore l'utilisation de l'imagerie par Résonance Magnétique (IRM) pondérée en diffusion (DWI) pour évaluer la fibrose hépatique dans les maladies chroniques du foie. Plusieurs modèles de diffusion sont testés pour mesurer la pertinence des paramètres quantitatifs dans l'évaluation de la fibrose. Les méthodes bayésiennes d'ajustement montrent une précision accrue et des corrélations significatives entre les paramètres de diffusion, la stéatose et la fibrose. La classification des patients selon leur degré de fibrose est réalisée avec succès, offrant un potentiel prometteur pour le diagnostic non invasif de la fibrose hépatique.
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INSA
LYON Bât. Léonard de Vinci, 21 Avenue Jean
Capelle, 69621 Villeurbanne Cedex
Directeur de publication: Olivier Beuf
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