test newsletter CREATIS 2023

[olivier Bernard]

FAITS MARQUANTS 2023

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L'ÉDITO

  Bonjour à toutes et tous,

Au nom de CREATIS, je vous présente mes meilleurs vœux de santé, 
bonheur, prospérité et réussite dans vos projets professionnels et 
personnels pour cette nouvelle année 2024.

Plusieurs évènements professionnels ont marqué l'année du laboratoire et 
nous souhaitions revenir sur les principaux au sein de cette newsletter. 
Que ce soit à travers la qualité de ses publications scientifiques, le 
succès aux appels à projets, l'organisation de conférences ou de 
formations importantes, la dissémination d'outils informatiques, CREATIS 
poursuit son activité de recherche en imagerie pour la santé et conforte 
son statut d'acteur majeur dans ce domaine.

Pour 2024, le recrutement de nouveaux personnels et l'investissement 
dans de nouveaux équipements scientifiques seront poursuivi. En 
parallèle, nous continuerons notre démarche de développement durable et 
de préservation de l'environnement, de nouvelles actions en faveur de la 
parité seront menées et l'amélioration des conditions de travail et de 
qualité de vie à CREATIS reste un objectif.

Très bonne année à tous,
Olivier BEUF

  À LA UNE

ERC STARTING GRANT

Salim Si-Mohamed, enseignant-chercheur de l'Université Claude Bernard 
Lyon 1 et médecin radiologue aux Hospices civils de Lyon (HCL), a obtenu 
une bourse européene ERC Starting Grant intitulée: "KOLOR SPCCT 
Imaging". Ce projet est une étape de plus vers la spécialisation de 
l'imagerie médicale pour les maladies pulmonaires.

  En savoir plus [2]

MÉDAILLE DE CRISTAL DU CNRS

Le 19 décembre, Sophie Gaillard, ingénieure d'étude CNRS, a reçu la 
médaille de cristal du CNRS parmi 30 lauréats nationaux. Cette médaille 
de cristal distingue des femmes et des hommes, personnels d'appui à la 
recherche, qui par leur créativité, leur maîtrise technique et leur sens 
de l'innovation, contribuent à l'avancée des savoirs et des 
savoir-faire.

  Lien video [3]

  En savoir plus [4]

EVENEMENT MICCAI 2023

Le tutoriel "Make your results reproducible with the virtual imaging 
platform" organisé par des membres du laboratoire Creatis (S. Pop, A. 
Bonnet, G. Vila) lors de la conférence MICCAI a été mis en avant au sein 
du quotidien MICCAI 2023 [5]. Ce tutoriel se concentre sur la 
reproductibilité informatique, qui est la capacité d'obtenir des 
résultats identiques en répétant des traitements sur le même ensemble 
d'entrées.

  En savoir plus [6]

  Plateforme PILoT

Certification ISO 9001

La plateforme PILoT du laboratoire CREATIS s'engage dans un processus 
d'amélioration continue pour maintenir sa certification. Dans ce 
contexte, la plateforme PILoT a obtenu la certification ISO 9001:2015 
pour son système de management de la qualité en recherche, équipements 
et formation en imagerie biomédicale.

LABÉLISATION IBISA

La plateforme PILoT du laboratoire a obtenu sa labellisation IBiSA aux 
côtés de huit autres structures en 2023. IBiSA recense, soutien et 
accompagne les infrastructures françaises en biologie, santé et 
agronomie. En plus d'améliorer la visibilité de PILoT sur le plan 
national, la labellisation permet de bénéficier de co-financements pour 
l'achat de nouveaux équipements.

ÉVÈNEMENTS

_DEEP LEARNING FOR MEDICAL IMAGING SCHOOL_

Le laboratoire CREATIS s'est fortement impliqué dans l'organisation et 
l'animation de la 4ème édition de l'école LabEx PRIMES sur 
l'apprentissage profond pour l'imagerie médicale. Plus de soixante-dix 
participants de 13 pays ont participé à cet évenement.

En savoir plus [8]

_FUNCTIONAL IMAGING AND MODELING OF THE HEART - FIMH_

L'édition 2023 de la conférence FIMH s'est tenue du 19 au 22 juin à 
Polytech Lyon sur le campus scientifique de la Doua et a été organisée 
par plusieurs membres du laboratoire CREATIS (O. Bernard, P. Clarysse, 
N. Duchateau, M. Viallon) et J. Ohayon du TIMC Grenoble. Plusieurs 
doctorants et chercheurs ont été impliqués dans l'organisation. Trois 
ateliers associés et un challenge en segmentation d'image IRM par 
réhaussement tardif ont eu lieu impliquant plusieurs personnes du 
laboratoire dans les présentations et/ou l'organisation.

En savoir plus [9]

VIE DU LABORATOIRE

ARRIVÉES

Le laboratoire s'est renforcé cette année avec l'intégration de quatre 
nouvelles personnes: Chantal Muller, Maître de conférences à l'INSA Lyon 
et enseignante au département Télécom, Cedric Ray-Garreau, Maître de 
conférences à l'Université Claude Bernard Lyon 1 et enseignant au 
département Génie BioMédical, Jean-Noël Badel, physicien médical au 
Centre Léon Bérard et Sara Boccalini, Maître de conférences à 
l'Université Claude Bernard Lyon 1 et médecin radiologue aux Hospices 
civils de Lyon (HCL).

_SÉMINAIRE LABORATOIRE_

Un séminaire de laboratoire a eu lieu les 25 et 26 septembre 2023 au 
sein du domaine de Valpré. Il a réuni 115 participants pour effectuer un 
bilan à mi-parcours du contrat en cours, présenter les actions des 
services supports, partager les visions de tous les acteurs contribuant 
à l'activité de recherche du laboratoire et passer du temps ensemble 
dans un environnement privilégié.

Lien vers l'image haute résolution [10]

ACTIONS PARITÉ & ÉGALITÉ

En 2023, plusieurs initiatives ont été mises en place par les 
correspondants Pauline Muleki Seya et Frédéric Cervenansky afin de 
promouvoir la parité et l'égalité. Ces actions visaient à favoriser un 
environnement plus inclusif et à répondre aux besoins spécifiques des 
femmes au sein du laboratoire.

En savoir plus [11]

ACTIONS ÉCO-RESPONSABLES

LIFE est un groupe du laboratoire, majoritairement composé de 
doctorantes et doctorants qui ont pris l'initiative d'essayer de changer 
les pratiques de la recherche pour les rendre plus éco-responsables. En 
2023, plusieurs actions ont été menées dans le but de mettre CREATIS, à 
terme, sur une trajectoire carbone respectant les accords de Paris.

En savoir plus [12]

IMAGE DE L'ANNÉE 2023

Les membres du laboratoire élisent chaque année la plus belle image 
créée au sein du laboratoire au cours de l'année écoulée. Le lauréat 
2023 est issu de travaux menés en imagerie pulmonaire et correspond a 
une analyse spectrale de la forme pour la segmentation a priori des 
poumons chez les patients atteints du syndrome de détresse respiratoire 
aiguë sous oxygénation par membrane extracorporelle.

Lien vers l'image haute résolution [13]

EQUIPEMENTS

_INFORMATIQUES_

Le laboratoire a renforcé la puissance de calculs de son cluster interne 
avec l'achat de 3 nouveaux serveurs Dell Precision 7920 et 7960 et 5 
cartes GPU RTX A6000 48GB, portant sa capacité totale à 26 machines, 660 
CPUs, 10.1 TB de RAM cumulée et 25 GPUs. Le cluster permet une 
centralisation interne de la puissance de calculs et offre à ses membres 
une diversification de l'accès aux ressources CPU / GPU avec d'autres 
services tels que le centre de calculs de l'IN2P3 et Jean Zay.

_EXPERIMENTAUX_

Grâce au soutien financier de l'université Lyon 1 au titre de l'AAP 
équipement 2022, la plateforme PILoT a pu procéder à l'achat d'un nouvel 
échographe Verasonics et d'une sonde haute fréquence, venant compléter 
le parc d'échographe disponible. La plateforme a également été lauréate 
de l'AAP équipement 2023, ce qui lui permettra d'acquérir des 
combinateurs lasers afin de pouvoir améliorer la spécificité dans les 
expériences en optique. Enfin, grâce au concours du LabEx PRIMES et du 
CNRS, un nouveau résonateur volumique double accord (1H et 31P) viendra 
prochainement compléter la gamme de résonateurs sur l'IRM 11,7T de la 
plateforme.

OUTILS INFORMATIQUES

_MATLAB ULTRASOUND TOOLBOX_

Le logiciel de simulation de données/images ultrasonores développé par 
Damien Garcia est arrivé à sa release 3.1. Cette mise à jour majeure 
intègre l'imagerie par ultrasons en 3-D.

Site web MUST [14]

_VIRTUAL IMAGING PLATFORM_

Dans sa dernière version 2.4.1, la plateforme d'imagerie virtuelle VIP 
dévelopée au sein du laboratoire CREATIS a fait peau neuve, avec une 
meilleure ergonomie et une toute nouvelle page d'accueil.

Site web VIP [15]

FOCUS SUR QUELQUES TRAVAUX PUBLIÉS EN 2023

OUVRAGE : « _LES ENJEUX DE L’IRM_ »

ISTE Group a publié l'ouvrage « _Les enjeux de l'IRM_ » sous la 
direction d'Hélène Ratiney et Olivier Beuf du laboratoire CREATIS. Cet 
ouvrage, auquel d'autres membres du laboratoire ont contribué (K. Tse Ve 
Koon, B. Leporq), présente les récentes techniques et méthodes de l'IRM 
ainsi que les applications médicales qui en découlent. Il s'adresse 
autant aux étudiants de master et doctorat qu'aux enseignants-chercheurs 
et ingénieurs en imagerie médicale et hospitalo-universitaires

En savoir plus [16]

OUVRAGE : « _AI AND BIG DATA IN CARDIOLOGY A PRACTICAL GUIDE_ »

Springer a édité ce livre coordonné par Nicolas Duchateau (CREATIS) et 
Andrew King (King's College London) offrant un aperçu clinique et 
technique de l'utilisation de l'IA et du big data dans la médecine 
cardiovasculaire moderne, auquel d'autres membres de CREATIS ont 
contribué (O. Bernard, T. Grenier).

En savoir plus [17]

ARTICLE : « _THÉORIE DE LA DÉCISION POUR L’IDENTIFICATION DE MICROBULLES 
EN IMAGERIE DE LOCALISATION ULTRASONORE_ »

La microscopie de localisation ultrasonore évalue la microstructure 
vasculaire en suivant les microbulles, offrant une haute résolution 
spatiale mais avec une acquisition lente. Pour accélérer le processus, 
des chercheurs de CREATIS ont proposé un détecteur basé sur la théorie 
de la décision. Les tests améliorent la résolution de la carte des 
vaisseaux cérébraux et permettent de détecter plus de vaisseaux sur le 
rein.

En savoir plus [18]

ARTICLE : « _UNE CONTRAINTE FAIBLEMENT SUPERVISÉE SUR LES ATTRIBUTIONS 
BASÉES GRADIENT POUR UNE CLASSIFICATION INTERPRÉTABLE ET LA DÉTECTION 
D'ANOMALIES_ »

Des chercheur de CREATIS ont proposé une méthode d'apprentissage profond 
faiblement supervisée pour la classification (sain/pathologique) et la 
détection d'anomalies médicales. Elle contraint le modèle à prendre des 
décisions basées sur des marqueurs radiologiques, améliorant 
l'interprétabilité. Les résultats montrent une meilleure pertinence 
clinique et une supériorité en détection d'anomalies, notamment dans la 
segmentation des lésions de sclérose en plaques, par rapport aux 
méthodes de l'état de l'art.

En savoir plus [19]

ARTICLE : « _COHÉRENCE DES DONNÉES DANS LA TOMODENSITOMÉTRIE HÉLICOÏDALE 
À FAISCEAU CONIQUE_ »

Des chercheurs de CREATIS ont exploré les "conditions de cohérence des 
données" (DCC) pour les paires de projections dans la tomodensitométrie 
(TDM) hélicoïdale. Les DCC sont étudiées pour leur capacité à détecter 
les mouvements respiratoires, en particulier lorsque la ligne de base et 
le champ de vue ne se croisent pas. Une métrique basée sur la 
normalisation de l'incohérence par l'estimation de l'écart type du bruit 
est proposée pour détecter les incohérences liées au mouvement, offrant 
ainsi une possibilité d'estimer les paramètres du modèle de mouvement 
avant la reconstruction en vue de les compenser.

En savoir plus [20]

ARTICLE : « _ETUDE DE DIFFÉRENTS MODÈLES PARAMÉTRIQUES POUR L’IRM 
PONDÉRÉE EN DIFFUSION APPLIQUÉE AUX MALADIES CHRONIQUES DU FOIE_ »

Cette étude menée par des chercheurs de CREATIS explore l'utilisation de 
l'imagerie par Résonance Magnétique (IRM) pondérée en diffusion (DWI) 
pour évaluer la fibrose hépatique dans les maladies chroniques du foie. 
Plusieurs modèles de diffusion sont testés pour mesurer la pertinence 
des paramètres quantitatifs dans l'évaluation de la fibrose. Les 
méthodes bayésiennes d'ajustement montrent une précision accrue et des 
corrélations significatives entre les paramètres de diffusion, la 
stéatose et la fibrose. La classification des patients selon leur degré 
de fibrose est réalisée avec succès, offrant un potentiel prometteur 
pour le diagnostic non invasif de la fibrose hépatique.

En savoir plus [21]

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  CREATIS [28] | Contact

INSA LYON Bât. Léonard de Vinci, 21 Avenue Jean Capelle, 69621 
Villeurbanne Cedex

Directeur de publication: Olivier Beuf

CREATIS (c) 2024

-- 
Olivier Bernard   Eng. Ph.D.
Professor of university
CREATIS - INSA - University of Lyon

work: +33 (0)4 72 43 75 71
https://olivier-bernard-creatis.github.io/

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https://www.creatis.insa-lyon.fr/newsletter/externe/2023/page_article_magics.html
[22] https://www.unlayer.com
[23] https://www.rhone-auvergne.cnrs.fr/fr
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[26] https://www.univ-lyon1.fr/
[27] https://www.univ-st-etienne.fr/
[28] https://www.creatis.insa-lyon.fr/site7/fr
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